PDB-7mmz: Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase from Legionella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mmz

タイトル

Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with ethyl-AMP

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Acetyl-coenzyme A synthetase / ACS-1 / Legionella pneumophila / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Bacterial structural genomics target enabled by a recently discovered potent fungal acetyl-CoA synthetase inhibitor.
著者: DeBouver, N.D. / Bolejack, M.J. / Esan, T.E. / Krysan, D.J. / Hagen, T.J. / Abendroth, J.

履歴

登録	2021年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mmz.cif.gz	279.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mmz.ent.gz	185.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mmz_validation.pdf.gz	797.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mmz_full_validation.pdf.gz	801 KB	表示
XML形式データ	7mmz_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	7mmz_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/7mmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/7mmz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1pg4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ele-d 2e08-d 3pps-1 3ufg-d 2dsh-d 2gf6-2 2pb4-d 5hlj-1 1zj9-2 2p6k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: LepnA.00629.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

71.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.930, 74.930, 228.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 70631.477 Da / 分子数: 1 / 断片: LepnA.00629.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: acsB, lpg0127 / プラスミド: LepnA.00629.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZZ84, acetate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-WTA / 5'-O-[(S)-ethoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine / 5′-アデニル酸エチル分子量: 375.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: RigakuReagents Wizard JCSG Top96 screen, condition B6: 100mM HEPES free acid / sodium hydroxide pH 7.5, 20% (w/V) PEG 4000, 20% (V/V) isopropanol: LepnA.00629.a.B1.PW38314 at 20mg/ml + 2mM ...詳細: RigakuReagents Wizard JCSG Top96 screen, condition B6: 100mM HEPES free acid / sodium hydroxide pH 7.5, 20% (w/V) PEG 4000, 20% (V/V) isopropanol: LepnA.00629.a.B1.PW38314 at 20mg/ml + 2mM TCEP + 3mM ethylAMP (BSI111322): tray 319765 B6, cryo 20% EG + compound: puck hyq3-9.

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: RigakuReagents Wizard JCSG Top96 screen, condition B6: 100mM HEPES free acid / sodium hydroxide pH 7.5, 20% (w/V) PEG 4000, 20% (V/V) isopropanol: LepnA.00629.a.B1.PW38314 at 20mg/ml + 2mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月11日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 26436 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.846 % / B_iso Wilson estimate: 53.085 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 0.935 / Net I/σ(I): 20.74

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	8.156	0.618	4.42	1908	0.927	0.662	100
2.46-2.53	8.112	0.473	5.68	1874	0.949	0.508	99.9
2.53-2.6	8.111	0.39	6.54	1817	0.949	0.418	100
2.6-2.68	8.091	0.323	7.56	1767	0.958	0.347	99.8
2.68-2.77	8.061	0.246	9.4	1710	0.979	0.264	99.8
2.77-2.87	7.998	0.189	11.44	1660	0.988	0.203	99.8
2.87-2.98	7.932	0.148	13.98	1595	0.991	0.159	99.7
2.98-3.1	7.925	0.115	17.09	1555	0.993	0.124	99.7
3.1-3.24	7.904	0.093	20.48	1478	0.995	0.099	99.5
3.24-3.39	7.809	0.073	24.11	1428	0.997	0.079	99.4
3.39-3.58	7.757	0.062	28.18	1367	0.997	0.066	99.3
3.58-3.79	7.719	0.053	32.21	1290	0.998	0.057	99.5
3.79-4.06	7.696	0.047	36.35	1212	0.997	0.05	99.5
4.06-4.38	7.564	0.043	38.47	1155	0.997	0.046	99.1
4.38-4.8	7.626	0.04	39.47	1065	0.998	0.043	99.7
4.8-5.37	7.551	0.039	40.42	977	0.998	0.042	99.4
5.37-6.2	7.575	0.039	39.4	865	0.998	0.042	99.7
6.2-7.59	7.326	0.035	40.68	758	0.999	0.037	99.7
7.59-10.73	7.122	0.032	42.68	605	0.998	0.034	99.2
10.73-50	6.317	0.033	41.44	350	0.998	0.036	90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19 dev 4205	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1pg4 as per Morda

1pg4

解像度: 2.4→45.47 Å / SU ML: 0.2678 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.5599
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2254	2041	7.74 %	0
R_work	0.1875	24321	-	-
obs	0.1904	26362	99.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4214	0	29	122	4365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	4367
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7574	5981
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	676
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.6756	1509

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.2651	150	0.2434	1561	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.46-2.52	0.2739	133	0.2125	1590	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.52-2.59	0.2701	122	0.2104	1613	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.59-2.66	0.2427	142	0.212	1574	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.66-2.75	0.2799	137	0.2035	1581	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.75-2.85	0.2192	133	0.2245	1593	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.85-2.96	0.2618	120	0.2274	1610	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.96-3.09	0.2531	145	0.2265	1604	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.09-3.26	0.2974	111	0.2078	1636	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.26-3.46	0.2504	140	0.1961	1591	X-RAY DIFFRACTION	99.43
3.46-3.73	0.2248	153	0.1854	1612	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.73-4.1	0.214	136	0.1687	1623	X-RAY DIFFRACTION	99.49
4.1-4.69	0.203	134	0.1494	1654	X-RAY DIFFRACTION	99.44
4.7-5.91	0.1845	130	0.1595	1690	X-RAY DIFFRACTION	99.56
5.92-45.47	0.1962	155	0.1933	1789	X-RAY DIFFRACTION	99.03

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.33754437007	1.12568214192	0.91809156178	2.70757002661	0.580749807643	3.89297361142	-0.177245094102	-0.294532258811	0.456553074003	0.239765981998	-0.00763507243159	0.668808835042	-0.096698524512	-0.474205134844	0.22093303286	0.37173744259	0.00581859824973	0.109716328285	0.368868461322	-0.0721190872537	0.667815848833	-29.4086490143	30.7991064803	28.6413355481
2	3.02642866649	0.101628526066	-0.355516884039	2.58128455992	0.407278252668	1.49532269261	-0.543202331715	0.834136490571	0.020154829102	-0.619718750231	0.408243852654	0.297479509445	0.0737809158401	-0.152252860014	0.126251205116	0.613834995263	-0.284028877671	-0.0243533264215	0.479036175268	0.0293146906151	0.35537610875	-19.9951987591	23.0329358358	5.39796073012
3	2.07138150085	0.0476740912359	0.199976034302	1.80702796788	0.11135144007	1.90145401909	-0.863711300101	1.25882228005	-0.595450848812	-0.927107734071	0.764051844831	-0.207849629311	0.560874748771	-0.0799406032309	-0.0557060860946	0.96216202527	-0.466759147974	0.16906228988	0.757869599897	-0.198553860237	0.530833491888	-15.2715074288	11.8412991251	-1.40858600684
4	2.96695045909	0.537951930171	0.0369834838395	2.62475719384	0.572631478455	1.891198036	-0.239162274386	0.111638221379	-0.0622291176586	-0.0283132336584	0.0521254266659	0.452213796528	0.199769025811	-0.26916625663	0.112950053193	0.427579953524	-0.103156210515	0.0413780870736	0.265424436005	-0.0103554639459	0.368934032225	-21.9593504712	23.2811618426	18.9871031183
5	2.80925126276	1.20771920052	-0.464014849102	2.77834426155	0.132030461758	1.80696550808	-0.553684095651	0.595574376321	0.282874450117	-0.659529070552	0.435285738391	-0.143047645263	-0.279594791651	0.134068721821	0.0694138396249	0.526960692427	-0.19718462534	0.0076455326412	0.332443543562	0.0492745345611	0.381067095826	-3.66354088522	36.6786625825	10.8021824001
6	2.94476514063	2.58214184075	-0.697859290927	3.913754593	0.617571628419	1.48388205439	0.0241016709645	-0.0236790808712	0.637084760524	0.285159206432	-0.00561042706462	0.331339873329	-0.100367790618	0.197423578727	0.0939061561545	0.456228017828	-0.0468367414077	-0.00729388244493	0.290902203159	-0.00601759851091	0.437021616272	-7.41751206736	37.464995463	26.0967679374
7	4.46678987368	1.2103169093	-0.213517915864	3.24305862258	0.485653151495	2.27983348074	-0.15913450628	-0.371211018964	-0.393757347917	0.554888060961	0.0550580784134	-0.245389034005	0.434896329962	0.236227055825	0.0543424686575	0.53123469431	0.0262729495058	0.0116715863721	0.275139759215	0.0323482564079	0.307647489448	-6.44672699461	22.3056677261	32.0055664418
8	2.51090235689	-3.87609942677	-0.457305127889	6.15255384677	1.15938121238	4.78154645475	-0.372659704224	0.878350030014	-1.20470641667	-0.216127200898	0.810522417284	-1.75904970386	-0.0521963671036	1.04840364668	-0.173821163486	0.515269798671	0.0246315772543	0.214960049251	0.622042975952	-0.296521175829	1.2543091541	9.58469585258	10.0479871182	17.121416998

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 12 through 63 )	12 - 63	1 - 52
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 160 )	64 - 160	53 - 149
3	3	chain 'A' and (resid 161 through 221 )	161 - 221	150 - 210
4	4	chain 'A' and (resid 222 through 270 )	222 - 270	211 - 259
5	5	chain 'A' and (resid 271 through 385 )	271 - 385	260 - 374
6	6	chain 'A' and (resid 386 through 416 )	386 - 416	375 - 405
7	7	chain 'A' and (resid 417 through 528 )	417 - 528	406 - 517
8	8	chain 'A' and (resid 529 through 575 )	529 - 575	518 - 559

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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