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- PDB-7mlw: Burkholderia sp. TJI49 Guanidine-I riboswitch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mlw
タイトルBurkholderia sp. TJI49 Guanidine-I riboswitch
要素Guanidine-I riboswitch
キーワードRNA / Riboswitch / guanidine / potassium / ion / A-minor
機能・相同性GUANIDINE / : / PHOSPHATE ION / STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Burkholderia sp. TJI49 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Trachman, R.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2021
タイトル: An uncommon [K + (Mg 2+ ) 2 ] metal ion triad imparts stability and selectivity to the Guanidine-I riboswitch.
著者: Trachman 3rd, R.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2021年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Guanidine-I riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,27014
ポリマ－41,4661
非ポリマー80413
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.703, 51.703, 266.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 F

#1: RNA鎖 Guanidine-I riboswitch


分子量: 41465.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia sp. TJI49 (バクテリア)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)

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非ポリマー , 6種, 26分子

#2: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH5N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES (pH 7.5), 200 mM ammonium sulfate, 10 mM strontium chloride, 30% PEG 3350, 3% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→7 Å / Num. obs: 11350 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 67.71 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 936 / CC1/2: 0.92 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4080精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T83

5t83


解像度: 2.7→6.99 Å / SU ML: 0.3528 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.8037
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2703 1143 10.07 %
Rwork0.2181 10207 -
obs0.2232 11350 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2680 32 13 2725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00563039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15494732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0488629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.30841499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.820.37311400.34831241X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.950.35271380.30581243X-RAY DIFFRACTION99.93
2.95-3.120.26451430.2891256X-RAY DIFFRACTION99.43
3.12-3.340.28541370.21731256X-RAY DIFFRACTION99.15
3.34-3.630.27321440.22781272X-RAY DIFFRACTION99.51
3.63-4.060.24011430.20341293X-RAY DIFFRACTION99.79
4.07-4.820.24571480.20011297X-RAY DIFFRACTION100
4.82-6.990.27041500.18281349X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.8534670905 Å / Origin y: 3.73034604913 Å / Origin z: -18.2165343402 Å
111213212223313233
T0.509819820509 Å2-0.0443216223163 Å2-0.0981496360206 Å2-0.849977218286 Å20.073044706201 Å2--0.417252805292 Å2
L1.26654887555 °20.29059107518 °20.190243280122 °2-1.02776674007 °20.640861134726 °2--3.23098813948 °2
S-0.0534112445843 Å °0.242455832669 Å °0.0717136406825 Å °-0.13831231811 Å °0.313241710716 Å °0.207410270496 Å °-0.116994830733 Å °-1.338783507 Å °-0.0923387249597 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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