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- PDB-7mla: Solution NMR structure of HDMX in complex with Zn and MCo-52-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mla
タイトルSolution NMR structure of HDMX in complex with Zn and MCo-52-2
要素
  • MCo-52-2
  • Protein Mdm4
キーワードLIGASE / E3 Ligase / Zinc-binding protein / Cyclotide
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of cell cycle / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MDM4 / : / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily ...MDM4 / : / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Ramirez, L.S. / Theophall, G. / Chaudhuri, D. / Camarero, J.C. / Shekhtman, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM08500606A1 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1P01HL146367 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM113636 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM135174 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure of HDMX in complex with Zn and cyclotide 52-2
著者: Chaudhuri, D. / Ramirez, L.S. / Theophall, G. / Shekhtman, A. / Camarero, J.C.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Mdm4
B: MCo-52-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5264
ポリマ－11,3952
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area970 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6980 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4


分子量: 7797.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15151
#2: タンパク質・ペプチド MCo-52-2


分子量: 3598.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-15N HSQC
141isotropic13D 1H-13C NOESY
151isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D HN(CA)CB
1101isotropic13D CBCA(CO)NH
1112isotropic12D 1H-13C HSQC
1122isotropic12D 1H-15N HSQC
1132isotropic13D 1H-13C NOESY
1142isotropic13D 1H-15N NOESY
1152isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1162isotropic13D HNCA
1172isotropic13D CBCA(CO)NH
1182isotropic13D HN(CA)CB
1192isotropic13D HN(CO)CA
1201isotropic13D H(CCO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.100 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Hdmx, 0.100 mM MCo-52-2, 90% H2O/10% D2O100 micromolar U-100% 13C, U-100% 15N HDMX, 100 micromolar natural abundance MCo-52-2 in 10 mM HEPES buffer, 100 nM zinc sulfate, 0.5 mM TCEP, 150 mM sodium chloride, 100 mM HMPA, pH 7.0, 298 K190% H2O/10% D2O
solution20.100 mM Hdmx, 0.100 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MCo-52-2, 90% H2O/10% D2O100 micromolar natural abundance HDMX, 100 micromolar U-100% 13C, U-100% 15N MCo-52-2 in 10 mM HEPES buffer, 100 nM zinc sulfate, 0.5 mM TCEP, 150 mM sodium chloride, 100 mM HMPA, pH 7.0, 298 K290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.100 mMHdmx[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.100 mMMCo-52-2natural abundance1
0.100 mMHdmxnatural abundance2
0.100 mMMCo-52-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 0.15 M / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Ascend / 製造業者: Bruker / モデル: Ascend / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichchemical shift assignment
YASARA20.4.24Krieger et al.精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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