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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mla | |||||||||||||||
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タイトル | Solution NMR structure of HDMX in complex with Zn and MCo-52-2 | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / E3 Ligase (ユビキチンリガーゼ) / Zinc-binding protein (ジンクフィンガー) / Cyclotide (シクロチド) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of protein catabolic process ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / cellular response to hypoxia / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | |||||||||||||||
データ登録者 | Ramirez, L.S. / Theophall, G. / Chaudhuri, D. / Camarero, J.C. / Shekhtman, A. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Solution NMR structure of HDMX in complex with Zn and cyclotide 52-2 著者: Chaudhuri, D. / Ramirez, L.S. / Theophall, G. / Shekhtman, A. / Camarero, J.C. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mla.cif.gz | 589.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mla.ent.gz | 511.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/7mla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/7mla | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7797.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15151 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3598.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.15 M / Label: 1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Ascend / 製造業者: Bruker / モデル: Ascend / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: target function | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |