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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mkv | ||||||
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タイトル | Engineered PLP-dependent decarboxylative aldolase from Aspergillus flavus, UstD2.0, bound as the internal aldimine | ||||||
要素 | Cysteine desulfurase-like protein ustD | ||||||
キーワード | LYASE / TRANSFERASE / internal aldimine / PLP / enamine / directed evolution | ||||||
機能・相同性 | 転移酵素 / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / transferase activity / Cysteine desulfurase-like protein ustD 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aspergillus flavus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Ellis, J.M. / Buller, A.R. / Bingman, C.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022 タイトル: Biocatalytic synthesis of non-standard amino acids by a decarboxylative aldol reaction 著者: Ellis, J.M. / Campbell, M.E. / Kumar, P. / Geunes, E.P. / Bingman, C.A. / Buller, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mkv.cif.gz | 476.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mkv.ent.gz | 406.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mkv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/7mkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/7mkv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49595.137 Da / 分子数: 3 / 変異: I391T C392L L393M C122A C227A C236S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: ustD, AFLA_095040 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8NM72, 転移酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 % / 解説: Tetragonal prisms |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 6% Tacsimate, 16% PEG-MME 5K, 4.5% Ethylene Glycol Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.004 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 133166 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 9727 / CC1/2: 0.443 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.25→39.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 14.71 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.29 Å2 / Biso mean: 42.72 Å2 / Biso min: 21.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→39.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.254→2.312 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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