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Yorodumi- PDB-7mkv: Engineered PLP-dependent decarboxylative aldolase from Aspergillu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mkv | ||||||
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Title | Engineered PLP-dependent decarboxylative aldolase from Aspergillus flavus, UstD2.0, bound as the internal aldimine | ||||||
Components | Cysteine desulfurase-like protein ustD | ||||||
Keywords | LYASE / TRANSFERASE / internal aldimine / PLP / enamine / directed evolution | ||||||
Function / homology | Transferases / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / transferase activity / Cysteine desulfurase-like protein ustD Function and homology information | ||||||
Biological species | Aspergillus flavus (mold) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Ellis, J.M. / Buller, A.R. / Bingman, C.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Catal / Year: 2022 Title: Biocatalytic synthesis of non-standard amino acids by a decarboxylative aldol reaction Authors: Ellis, J.M. / Campbell, M.E. / Kumar, P. / Geunes, E.P. / Bingman, C.A. / Buller, A.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mkv.cif.gz | 476.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7mkv.ent.gz | 406.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mkv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/7mkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/7mkv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49595.137 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: I391T C392L L393M C122A C227A C236S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus flavus (mold) / Gene: ustD, AFLA_095040 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B8NM72, Transferases #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.94 % / Description: Tetragonal prisms |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M HEPES, 6% Tacsimate, 16% PEG-MME 5K, 4.5% Ethylene Glycol Temp details: Room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.004 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2021 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.004 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→40 Å / Num. obs: 133166 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 14.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.31 Å / Redundancy: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 9727 / CC1/2: 0.443 / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 2.25→39.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 14.71 / SU ML: 0.179 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.218 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.29 Å2 / Biso mean: 42.72 Å2 / Biso min: 21.73 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→39.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.254→2.312 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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