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- PDB-7mku: Crystal Structure of ENOYL COA-HYDRATASE2 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mku
タイトルCrystal Structure of ENOYL COA-HYDRATASE2 from Arabidopsis thaliana
要素Enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal
キーワードLYASE (リアーゼ) / hydratase (水和反応) / hot-dog fold / PLANT PROTEIN (植物)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / enoyl-CoA hydratase 2 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / ペルオキシソーム / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.648 Å
データ登録者Power, S.K. / Korasick, D.A. / Jez, J.M. / Strader, L.C.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM136338 米国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS-1453750 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1614539 米国
United States Department of Agriculture (USDA)MOW-2014-01877 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2011101911 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of ENOYL COA-HYDRATASE2 from Arabidopsis thaliana
著者: Korasick, D.A. / Powers, S.K. / Jez, J.M. / Strader, L.C.
履歴
登録2021年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal
B: Enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9562
ポリマ－72,9562
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.744, 134.744, 127.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 16 or (resid 17...
21(chain B and (resid 7 through 193 or resid 195...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 7 through 16 or (resid 17...A7 - 16
121(chain A and (resid 7 through 16 or (resid 17...A17
131(chain A and (resid 7 through 16 or (resid 17...A7 - 308
141(chain A and (resid 7 through 16 or (resid 17...A7 - 308
151(chain A and (resid 7 through 16 or (resid 17...A7 - 308
211(chain B and (resid 7 through 193 or resid 195...B7 - 193
221(chain B and (resid 7 through 193 or resid 195...B195 - 225
231(chain B and (resid 7 through 193 or resid 195...B227

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal /


分子量: 36477.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ECH2, At1g76150, T23E18.38, T23E18.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VYI3, enoyl-CoA hydratase 2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% (v/v) reagent alcohol, 100 mM CHES pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.648→40 Å / Num. obs: 38368 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.839 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.76.40.82519000.8630.3550.8990.951100
2.7-2.746.40.6219350.9390.2660.6760.853100
2.74-2.86.40.55118740.9220.2370.6010.862100
2.8-2.856.40.45418980.9590.1950.4950.892100
2.85-2.926.40.43319260.9560.1860.4720.85100
2.92-2.986.40.31719280.9760.1360.3450.831100
2.98-3.066.50.29119020.9750.1240.3170.815100
3.06-3.146.50.22619160.9870.0960.2460.831100
3.14-3.236.60.20119070.9840.0840.2180.816100
3.23-3.346.60.15919020.990.0660.1720.784100
3.34-3.466.70.13219300.990.0550.1430.888100
3.46-3.66.90.10819060.9960.0440.1170.891100
3.6-3.7670.09919180.9930.040.1071.073100
3.76-3.967.10.08919380.9930.0360.0961.114100
3.96-4.217.20.0718980.9950.0280.0750.979100
4.21-4.537.40.05719330.9960.0220.0610.964100
4.53-4.987.30.04619250.9980.0180.0490.762100
4.98-5.77.30.04219160.9970.0170.0450.639100
5.7-7.187.50.0419450.9980.0150.0430.559100
7.18-407.40.02819710.9980.0110.0310.50299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.648→38.897 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.22 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1746 1922 5.48 %
Rwork0.1496 33147 -
obs0.151 35069 91.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.5 Å2 / Biso mean: 42.6272 Å2 / Biso min: 17.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.648→38.897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4686 0 0 153 4839
Biso mean---40.71 -
残基数----603
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2692X-RAY DIFFRACTION6.57TORSIONAL
12B2692X-RAY DIFFRACTION6.57TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.648-2.71410.2922810.2253138054
2.7141-2.78750.28541080.2117179970
2.7875-2.86950.21861330.208209582
2.8695-2.96210.24731390.2089231590
2.9621-3.06790.22871360.196242893
3.0679-3.19070.23281390.1883246195
3.1907-3.33580.21131410.1817253198
3.3358-3.51160.20081480.1612256099
3.5116-3.73140.18561470.1495257399
3.7314-4.01920.15121500.1328257399
4.0192-4.42320.12941490.10962592100
4.4232-5.06210.12661470.10212593100
5.0621-6.37310.15471530.13412615100
6.3731-38.8970.13261510.14182632100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3158-0.6284-0.45581.932-0.13922.17890.04190.11070.27840.03-0.0181-0.06260.001-0.0893-0.00520.21560.03030.0070.23050.00520.209137.484150.372660.2734
22.9441-0.21120.34271.13720.32341.8117-0.022-0.09090.29380.03740.0371-0.11140.0460.0164-0.01530.1917-0.00810.02580.2504-0.03050.235913.153361.591980.2177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 7 through 308)A7 - 308
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 7 through 307)B7 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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