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- PDB-7mku: Crystal Structure of ENOYL COA-HYDRATASE2 from Arabidopsis thaliana -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mku | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of ENOYL COA-HYDRATASE2 from Arabidopsis thaliana | ||||||||||||||||||
![]() | Enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal | ||||||||||||||||||
![]() | LYASE / hydratase / hot-dog fold / PLANT PROTEIN | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() : / fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / enoyl-CoA hydratase 2 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / peroxisome / mitochondrion Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Power, S.K. / Korasick, D.A. / Jez, J.M. / Strader, L.C. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of ENOYL COA-HYDRATASE2 from Arabidopsis thaliana Authors: Korasick, D.A. / Powers, S.K. / Jez, J.M. / Strader, L.C. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 249 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 207.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 430.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 433.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 36477.898 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.9 Å3/Da / Density % sol: 74.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 15% (v/v) reagent alcohol, 100 mM CHES pH 9.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.648→40 Å / Num. obs: 38368 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.839 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 121.5 Å2 / Biso mean: 42.6272 Å2 / Biso min: 17.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.648→38.897 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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