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- PDB-7mkt: Crystal structure of r(GU)11G-NMM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mkt
タイトルCrystal structure of r(GU)11G-NMM complex
要素RNA (5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3')
キーワードRNA / RNA-porpyrin complex
機能・相同性: / N-METHYLMESOPORPHYRIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Roschdi, S. / Nomura, Y. / Butcher, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: An atypical RNA quadruplex marks RNAs as vectors for gene silencing.
著者: Roschdi, S. / Yan, J. / Nomura, Y. / Escobar, C.A. / Petersen, R.J. / Bingman, C.A. / Tonelli, M. / Vivek, R. / Montemayor, E.J. / Wickens, M. / Kennedy, S.G. / Butcher, S.E.
履歴
登録2021年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2818
ポリマ－7,4651
非ポリマー8157
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.475, 42.483, 21.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3')


分子量: 7465.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MMP / N-METHYLMESOPORPHYRIN / 3,8,13,17,23-ペンタメチル-7,12-ジエチル-21H,23H-ポルフィリン-2,18-ジプロパン酸


分子量: 580.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H40N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The RNA smaple was prepared by mixing 1.44mM (GU)11G RNA and 1.44 mM NMM in 10 mM Tris, pH 7.03, and 100 mM KCl. An equal volume of RNA sample solution and reservoir solution were mixed and ...詳細: The RNA smaple was prepared by mixing 1.44mM (GU)11G RNA and 1.44 mM NMM in 10 mM Tris, pH 7.03, and 100 mM KCl. An equal volume of RNA sample solution and reservoir solution were mixed and suspended over the reservoir solution consisting of 0.5 M Na/K tartarate, 0.1 M TrisHCl, pH 8.5, 5 mM NaOH. Cryoprotection: reservoir solution supplemented with 30% ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月27日
放射モノクロメーター: Si <111> / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.239
11K, H, -L20.25
11-K, -H, -L30.242
11-h,-k,l40.269
反射解像度: 1.97→21.61 Å / Num. obs: 5407 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 63.54 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05163 / Rpim(I) all: 0.0231 / Rrim(I) all: 0.05684 / Net I/σ(I): 16.09
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.7553 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 529 / CC1/2: 0.966 / CC star: 0.991 / Rpim(I) all: 0.3083 / Rrim(I) all: 0.8172 / % possible all: 99.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.97→21.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.968 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Authors state that 4-way twin law was applied during refinement, while the validation program recalculated with different twin law. This causes the discrepancies between calculated and ...詳細: Authors state that 4-way twin law was applied during refinement, while the validation program recalculated with different twin law. This causes the discrepancies between calculated and reported Rwork/Rfree values.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29145 476 8.8 %RANDOM
Rwork0.26869 ---
obs0.27053 4922 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.86 Å20 Å29.54 Å2
2--9.07 Å20 Å2
3----29.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→21.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 493 49 0 542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.012597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.019258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0721.523928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0962.214624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.721106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9526.716597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9496.716596
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.18210.068929
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.78868.126901
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.78468.125902
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.018 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.885 21 -
Rwork0.748 356 -
obs--93.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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