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- PDB-7mhm: Ensemble refinement structure of SARS-CoV-2 main protease (Mpro) ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7mhm
タイトルEnsemble refinement structure of SARS-CoV-2 main protease (Mpro) at 240 K
要素3C-like proteinase
キーワードHYDROLASE / SARS-CoV-2 / Coronavirus / main protease / 3CLpro / Mpro / ensemble refinement / temperature series / temperature / multitemperature
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. ...main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Trypsin-like serine proteases / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5302 Å
データ登録者Ebrahim, A. / Riley, B.T. / Kumaran, D. / Andi, B. / Fuchs, M.R. / McSweeney, S. / Keedy, D.A.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133769 米国
Department of Energy (DOE, United States)National Virtual Biotechnology Laboratory (NVBL) 米国
Department of Energy (DOE, United States)Coronavirus CARES Act 米国
Department of Energy (DOE, United States)BNL LDRD 20-042 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0012704 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM133893 米国
Department of Energy (DOE, United States)KP1605010 米国
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: The tem-per-ature-dependent conformational ensemble of SARS-CoV-2 main protease (M pro ).
著者: Ebrahim, A. / Riley, B.T. / Kumaran, D. / Andi, B. / Fuchs, M.R. / McSweeney, S. / Keedy, D.A.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The temperature-dependent conformational ensemble of SARS-CoV-2 main protease (M pro ).
著者: Ebrahim, A. / Riley, B.T. / Kumaran, D. / Andi, B. / Fuchs, M.R. / McSweeney, S. / Keedy, D.A.
#2: ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: The temperature-dependent conformational ensemble of SARS-CoV-2 main protease (Mpro)
著者: Ebrahim, A. / Riley, B.T. / Kumaran, D. / Andi, B. / Fuchs, M.R. / McSweeney, S. / Keedy, D.A.
#3: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The temperature-dependent conformational ensemble of SARS-CoV-2 main protease (M pro ).
著者: Ebrahim, A. / Riley, B.T. / Kumaran, D. / Andi, B. / Fuchs, M.R. / McSweeney, S. / Keedy, D.A.
履歴
登録2021年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02022年4月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / chem_comp / citation_author / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_keywords / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _software.version / _struct.title / _struct_keywords.text / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Ligand identity
詳細: X-ray fluorescence is consistent with the presence of Zn.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.32023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4389
ポリマ－33,8261
非ポリマー6128
水2,666148
1
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子

A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,87618
ポリマ－67,6512
非ポリマー1,22516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area27600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.188, 53.486, 44.998
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
モデル数43
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-642-

HOH

23A-525-

HOH

34A-530-

HOH

45A-517-

HOH

55A-612-

HOH

66A-513-

HOH

76A-557-

HOH

87A-507-

HOH

97A-595-

HOH

108A-583-

HOH

118A-597-

HOH

128A-599-

HOH

139A-570-

HOH

149A-604-

HOH

1512A-626-

HOH

1613A-523-

HOH

1713A-565-

HOH

1814A-588-

HOH

1915A-628-

HOH

2016A-507-

HOH

2117A-560-

HOH

2217A-606-

HOH

2317A-643-

HOH

2418A-586-

HOH

2519A-625-

HOH

2620A-522-

HOH

2720A-588-

HOH

2820A-625-

HOH

2921A-618-

HOH

3025A-576-

HOH

3126A-561-

HOH

3226A-564-

HOH

3326A-619-

HOH

3427A-530-

HOH

3527A-545-

HOH

3627A-552-

HOH

3728A-628-

HOH

3829A-639-

HOH

3930A-562-

HOH

4031A-513-

HOH

4131A-526-

HOH

4231A-544-

HOH

4331A-572-

HOH

4432A-545-

HOH

4532A-559-

HOH

4632A-563-

HOH

4733A-608-

HOH

4833A-626-

HOH

4934A-622-

HOH

5035A-559-

HOH

5135A-627-

HOH

5237A-555-

HOH

5337A-564-

HOH

5438A-585-

HOH

5538A-600-

HOH

5639A-514-

HOH

5739A-535-

HOH

5839A-616-

HOH

5939A-629-

HOH

6040A-519-

HOH

6140A-566-

HOH

6240A-601-

HOH

6341A-570-

HOH

6441A-589-

HOH

6542A-538-

HOH

6642A-632-

HOH

6743A-604-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 / SARS coronavirus main proteinase


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 22% PEG4000, 100 mM HEPES, pH 7.0, 3-5% DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 240 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5302→55.6217 Å / Num. obs: 39975 / % possible obs: 99.9725 % / 冗長度: 6.5909 % / CC1/2: 0.9951 / Rmerge(I) obs: 0.1801 / Rpim(I) all: 0.0756 / Rrim(I) all: 0.1957 / Net I/σ(I): 7.8732 / Num. measured all: 263470
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
1.5302-1.556699.44896.16571.46260.8531223919850.35580.63921.6003
1.5566-1.58491006.01861.37510.9261198319910.40160.60691.5078
1.5849-1.61541006.48821.29931.10431294419950.48660.55171.4146
1.6154-1.64841006.351.18211.25221246519630.42860.5111.2914
1.6484-1.68421006.22711.07951.40631242319950.51640.46731.1797
1.6842-1.72341006.83270.95281.87461348119730.60440.39471.033
1.7234-1.76651006.82540.87252.08651356219870.68290.36170.946
1.7665-1.81421006.78440.74652.57181346719850.73370.31170.8104
1.8142-1.86761006.78170.64583.27271360420060.76820.26920.7008
1.8676-1.92791006.74360.5534.03671338619850.82290.23130.6004
1.9279-1.99681006.65310.45155.20331327319950.87860.19030.4909
1.9968-2.07681006.47460.37766.17081285219850.91260.16090.4113
2.0768-2.17131006.07790.32427.29671232620280.91530.14240.3551
2.1713-2.28581006.68980.28278.88281328619860.94880.11840.307
2.2858-2.4291006.46170.24889.81381290419970.95730.10560.2709
2.429-2.61651007.1330.223511.88631421619930.97030.09010.2412
2.6165-2.87981007.07720.182114.42011421120080.98150.07370.1967
2.8798-3.29651006.90060.130318.95851396020230.98890.05340.141
3.2965-4.15311006.42860.08124.90731300520230.99460.03450.0882
4.1531-55.65841006.70030.064129.0291388320720.99730.02660.0695

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.ensemble_refinement:1.19.2_4158)精密化
xia20.7.32-g2f242514-dials-3.0データ削減
DIALS3.0.0-gb83e1fce8データスケーリング
PHASER1.18.2_3874位相決定
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YB7

6yb7


解像度: 1.5302→48.2 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 --
Rwork0.1575 --
obs0.1596 39931 99.86 %
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5302→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2367 0 0 0 2367
残基数----0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5302-1.570.31571420.2857267299
1.57-1.610.39811460.28372707100
1.61-1.660.30651330.26812707100
1.66-1.710.2961560.23972648100
1.71-1.770.28711400.2312690100
1.77-1.840.29841540.22282703100
1.84-1.930.261390.19132690100
1.93-2.030.2281280.16222714100
2.03-2.160.22641260.15572719100
2.16-2.320.1911310.14352748100
2.32-2.560.18241520.13972692100
2.56-2.930.19311530.13662715100
2.93-3.690.16531360.13652749100
3.69-48.20.13861690.12882772100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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