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- PDB-7mh7: crystal structure of NAD kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mh7
タイトルcrystal structure of NAD kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素NAD kinase
キーワードTRANSFERASE / NAD KINASE / CSGID / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of NAD kinase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9252
ポリマ－32,1811
非ポリマー7431
水72140
1
A: NAD kinase
ヘテロ分子

A: NAD kinase
ヘテロ分子

A: NAD kinase
ヘテロ分子

A: NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6998
ポリマ－128,7254
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area16030 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area41570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.165, 99.165, 121.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-425-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NAD kinase / ATP-dependent NAD kinase


分子量: 32181.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: nadK, PA3088 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZC0, NAD+ kinase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M di-ammonium tartrate, 10% MPD, 1.5mM NADP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 11351 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 48.5 % / Biso Wilson estimate: 35.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 550309
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.6429.62.7825390.6590.5082.8310.924100
2.64-2.6935.62.2855510.7290.3842.3181.0299.8
2.69-2.7438.42.0325530.7630.3292.0590.932100
2.74-2.840.82.0665480.7790.3242.0910.931100
2.8-2.8648.61.8145500.9020.261.8330.941100
2.86-2.93511.5435510.9810.2161.5580.938100
2.93-352.41.1595620.9660.161.170.969100
3-3.0852.80.9375550.980.1290.9460.967100
3.08-3.1752.90.7295530.9870.10.7350.968100
3.17-3.2852.10.6055660.9910.0830.6110.985100
3.28-3.3948.40.4135560.9960.0590.4181.02100
3.39-3.5352.90.3385560.9970.0460.3411.032100
3.53-3.6955.10.2275690.9980.030.2291.04100
3.69-3.8854.80.1825580.9990.0240.1841.027100
3.88-4.1353.40.1435780.9990.020.1451.00999.8
4.13-4.4550.10.0985650.9990.0140.0991.021100
4.45-4.8952.60.085830.9990.0110.0811.025100
4.89-5.6530.0785860.9990.0110.0791.019100
5.6-7.0548.20.0686040.9990.010.0680.992100
7.05-5045.80.0586680.9990.0090.0590.97699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AN1.pdb

2an1


解像度: 2.61→40.62 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 509 5.04 %
Rwork0.2157 9591 -
obs0.2179 10100 89.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.89 Å2 / Biso mean: 50.1146 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2192 0 48 40 2280
Biso mean--33.55 32.91 -
残基数----290
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.61-2.870.3241680.26411446151455
2.87-3.280.31221620.247826212783100
3.28-4.140.25991310.207526842815100
4.14-40.620.22381480.198128402988100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.3958 Å / Origin y: 16.998 Å / Origin z: 70.8981 Å
111213212223313233
T0.1307 Å20.0788 Å20.0046 Å2-0.1781 Å2-0.0621 Å2--0.2275 Å2
L1.2821 °20.1499 °2-0.188 °2-2.685 °21.3745 °2--1.9289 °2
S-0.2262 Å °-0.2139 Å °0.2013 Å °0.2674 Å °-0.1457 Å °0.611 Å °0.0315 Å °-0.3197 Å °-0.0077 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 2 through 291)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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