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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mg9 | |||||||||
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タイトル | Concanavalin A bound to DNA glycoconjugates, Man-TTTT and Man-AAAA | |||||||||
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![]() | SUGAR BINDING PROTEIN/DNA / Lectin / DNA complex / SUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Partridge, B.E. / Winegar, P.H. / Mirkin, C.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Redefining Protein Interfaces within Protein Single Crystals with DNA. 著者: Partridge, B.E. / Winegar, P.H. / Han, Z. / Mirkin, C.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7mg1C ![]() 7mg2C ![]() 7mg3C ![]() 7mg4C ![]() 7mg5C ![]() 7mg6C ![]() 7mg7C ![]() 7mg8C ![]() 7mgaC ![]() 7mgbC ![]() 7mgcC ![]() 7mgdC ![]() 5cnaS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 237 / Label seq-ID: 1 - 237
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-
要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#2: DNA鎖 | 分子量: 1207.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 1171.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 156分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SQ0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SQ0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Sitting drop comprising 1 uL of Concanavalin A (32 uM), Man-TTTT (64 uM), and Man-AAAA (64 uM) + 1 uL crystallization condition (Helix screen, condition B5: 0.1 M lithium chloride, 0.01 M ...詳細: Sitting drop comprising 1 uL of Concanavalin A (32 uM), Man-TTTT (64 uM), and Man-AAAA (64 uM) + 1 uL crystallization condition (Helix screen, condition B5: 0.1 M lithium chloride, 0.01 M manganese(II) chloride tetrahydrate, 0.05 M MES (pH 6.5), 17% w/v PEG 4000). Reservoir contained 70 uL of crystallization condition |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→70.18 Å / Num. obs: 17243 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 5.9147 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 2376 / % possible all: 86 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CNA 解像度: 2.55→70.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.86 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.794 / SU B: 18.314 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.892 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→70.18 Å
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拘束条件 |
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