PDB-7mfj: Structural Characterization of Beta Cyanoalanine Synthase from Te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mfj

タイトル

Structural Characterization of Beta Cyanoalanine Synthase from Tetranychus Urticae

要素

Beta-cyanoalanine synthase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Beta Cyanoalanine Synthase / PLP / two[spotted spider mite

機能・相同性

cysteine biosynthetic process / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / ACETATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Beta-cyanoalanine synthase

機能・相同性情報

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.351 Å

データ登録者

Daneshian, L. / Schlachter, C. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterization of beta-cyanoalanine synthase from Tetranychus urticae.
著者: Daneshian, L. / Renggli, I. / Hanaway, R. / Offermann, L.R. / Schlachter, C.R. / Hernandez Arriaza, R. / Henry, S. / Prakash, R. / Wybouw, N. / Dermauw, W. / Shimizu, L.S. / Van Leeuwen, T. / ...

履歴

登録	2021年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mfj.cif.gz	138.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mfj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mfj_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mfj_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7mfj_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	7mfj_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xo2C 6pmuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jyg-d 5msr-1 3gnv-2 6tbn-d 4aec-d 4c77-d 2xhv-1 3qge-1 4mka-1 3uoy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Beta-cyanoalanine synthase

BBB: Beta-cyanoalanine synthase

ヘテロ分子

69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.801, 91.801, 140.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 0 - 318 / Label seq-ID: 1 - 319

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Beta-cyanoalanine synthase 分子量: 34389.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107363798 / プラスミド: pMCSG35 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1KF23
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 6, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 25330 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.941 / CC star: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.127 / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1249 / CC_1/2: 0.941 / CC star: 0.985 / R_pim(I) all: 0.147 / R_rim(I) all: 0.472 / R_sym value: 0.42 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6PMU

6pmu

解像度: 2.351→39.403 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 7.257 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.246 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	1245	5.029 %
R_work	0.1708	23513	-
all	0.173	-	-
obs	-	24758	96.598 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.933 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.951 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.951 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.901 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.351→39.403 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4541	0	38	277	4856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.644	6331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.306	1.578	10200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.468	5	606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.529	23.805	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.378	15	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.289	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	4059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.168	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.049	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.595	3.59	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.591	3.589	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.891	5.372	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.891	5.373	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.131	3.884	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.131	3.884	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.873	5.7	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.872	5.7	3298
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.517	42.019	5121
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.489	41.955	5085
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	8848

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08353	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08353	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.351-2.412	0.301	92	0.26	1646	0.262	1862	0.856	0.871	93.3405	0.23
2.412-2.478	0.286	90	0.21	1707	0.214	1797	0.882	0.92	100	0.182
2.478-2.549	0.228	79	0.192	1676	0.194	1755	0.893	0.927	100	0.164
2.549-2.627	0.273	92	0.192	1613	0.197	1705	0.919	0.928	100	0.163
2.627-2.713	0.255	86	0.182	1576	0.186	1663	0.914	0.939	99.9399	0.158
2.713-2.808	0.203	79	0.156	1521	0.159	1602	0.931	0.955	99.8752	0.136
2.808-2.913	0.234	67	0.183	1451	0.185	1528	0.917	0.941	99.3456	0.162
2.913-3.031	0.279	82	0.173	1413	0.179	1522	0.913	0.946	98.226	0.156
3.031-3.165	0.219	72	0.182	1379	0.184	1451	0.94	0.95	100	0.165
3.165-3.319	0.235	66	0.186	1298	0.189	1366	0.922	0.939	99.8536	0.172
3.319-3.497	0.241	67	0.191	1259	0.194	1328	0.929	0.943	99.8494	0.177
3.497-3.707	0.224	63	0.164	1185	0.167	1251	0.947	0.962	99.7602	0.156
3.707-3.961	0.203	56	0.148	1114	0.151	1178	0.953	0.97	99.3209	0.145
3.961-4.274	0.178	52	0.157	1002	0.158	1111	0.956	0.965	94.8695	0.155
4.274-4.677	0.235	39	0.151	943	0.153	1041	0.941	0.968	94.3324	0.149
4.677-5.22	0.189	52	0.151	788	0.154	921	0.96	0.967	91.2052	0.142
5.22-6.01	0.256	39	0.168	667	0.173	848	0.938	0.961	83.2547	0.155
6.01-7.318	0.191	28	0.149	545	0.151	731	0.97	0.971	78.3858	0.144
7.318-10.175	0.135	26	0.118	452	0.118	585	0.977	0.984	81.7094	0.121
10.175-39.403	0.176	18	0.176	278	0.176	376	0.975	0.974	78.7234	0.18

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