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万見
- PDB-7mfh: Crystal structure of BIO-32546 bound mouse Autotaxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mfh
タイトルCrystal structure of BIO-32546 bound mouse Autotaxin
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / hydrolase inhibitor / Autotaxin / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dinucleotide phosphatase activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / scavenger receptor activity ...dinucleotide phosphatase activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of epithelial cell migration / phospholipid metabolic process / chemotaxis / nucleic acid binding / immune response / calcium ion binding / extracellular space / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase ...Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZF7 / Autotaxin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chodaparambil, J.V.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Potent Selective Nonzinc Binding Autotaxin Inhibitor BIO-32546.
著者: Ma, B. / Zhang, L. / Sun, L. / Xin, Z. / Kumaravel, G. / Marcotte, D. / Chodaparambil, J.V. / Wang, Q. / Wehr, A. / Jing, J. / Hong, V.S. / Wang, T. / Huang, C. / Shao, Z. / Mi, S.
履歴
登録2021年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,44527
ポリマ－95,8451
非ポリマー3,60126
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.020, 61.620, 67.320
Angle α, β, γ (deg.)89.071, 74.202, 79.877
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD


分子量: 95844.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Npps2, Pdnp2
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9R1E6, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 196分子

#4: 化合物 ChemComp-ZF7 / (1R,3S,5S)-8-{(1S)-1-[8-(trifluoromethyl)-7-{[(1s,4R)-4-(trifluoromethyl)cyclohexyl]oxy}naphthalen-2-yl]ethyl}-8-azabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxylic acid / BIO-32546


分子量: 543.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31F6NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium iodide, 0.1M sodium iodide, 28% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.13 Å / Num. obs: 40464 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 4035 / CC1/2: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3nkm

3nkm


解像度: 2.3→46.13 Å / SU ML: 0.358 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.8948
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 2024 5 %
Rwork0.2149 38436 -
obs0.2176 40460 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6237 0 209 172 6618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00296605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60638944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6479973
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.40611450.35592756X-RAY DIFFRACTION96.7
2.36-2.420.39861420.32792688X-RAY DIFFRACTION97.52
2.42-2.490.35851450.31922760X-RAY DIFFRACTION97.35
2.49-2.570.36311430.2912728X-RAY DIFFRACTION97.85
2.57-2.660.38371440.26472733X-RAY DIFFRACTION97.82
2.66-2.770.28431470.24672776X-RAY DIFFRACTION98.12
2.77-2.90.28831430.23882723X-RAY DIFFRACTION98.05
2.9-3.050.29551450.24732760X-RAY DIFFRACTION98.11
3.05-3.240.30021460.23682765X-RAY DIFFRACTION98.28
3.24-3.490.26171430.20192725X-RAY DIFFRACTION98.22
3.49-3.840.25541460.2042765X-RAY DIFFRACTION98.34
3.84-4.40.21421450.17312761X-RAY DIFFRACTION98.44
4.4-5.540.21621460.1742765X-RAY DIFFRACTION98.64
5.54-46.130.25241440.19552731X-RAY DIFFRACTION97.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89915773012-0.110675972485-0.2020044209472.53445301599-0.03765623905041.804558194780.07262464755280.1417601880.188256958121-0.211856704244-0.108421498749-0.334791403318-0.2620307811480.1500639191130.04807791860310.36986543147-0.03212741580340.1153790559440.338976963935-0.02336435381810.504197121902-2.8676818021944.3101184192-41.623334981
22.82787366818-0.344324149381-0.2168972850363.29644254789-1.904983680392.631057724490.09907036064220.232062914557-0.3095866827970.2093722758140.1819265460440.8867466040260.237503232337-0.727761435964-0.3097304759390.421083257417-0.02009859307490.1336594573140.641389866357-0.1300882011160.863972880693-39.834849865517.6610232203-1.26545940359
30.693129645858-0.074763100826-0.1026697415932.1773521359-1.61851104482.518511513740.0220971322682-0.178901924246-0.1060295586420.282325707836-0.152814376845-0.154123924013-0.05227015367640.1291666104450.1769829927920.385823845231-0.06422976012540.05188940723490.377153380097-0.07749277335830.51239729565-19.342921858223.8427895848-5.11997877304
40.723018985470.174455126999-0.3322635555693.86132343899-1.646006618941.80846177990.141522463352-0.1260779783660.1663938077080.447690782351-0.09232823436610.0430754013661-0.4728053522950.0383035601539-0.05996104843670.360007279958-0.04354647958170.03847060106810.353647583269-0.09959137025020.430720616434-19.89188504541.2568096234-12.641393635
51.538924913180.374824931718-0.9295214518581.05243053913-1.021053255893.70289449249-0.04800609222920.151137263742-0.249267219186-0.358300651551-0.218660339771-0.3410360538190.1566197893260.3026176115810.2323827222610.4389304788020.04003385917580.1202303684280.348931617839-0.0796485034780.616663848834-3.2578208181730.3887488178-38.5279286682
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 646 through 859 )646 - 859563 - 776
22chain 'A' and (resid 51 through 93 )51 - 931 - 42
33chain 'A' and (resid 94 through 280 )94 - 28043 - 229
44chain 'A' and (resid 281 through 483 )281 - 483230 - 422
55chain 'A' and (resid 484 through 645 )484 - 645423 - 562

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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