PDB-7me1: YfeA oligomer crystal 1, form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7me1

タイトル

YfeA oligomer crystal 1, form 1

要素

Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

キーワード

METAL TRANSPORT / metal coordination

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to iron ion / iron ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Radka, C.D. / Aller, S.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Site 2 of the Yersinia pestis substrate-binding protein YfeA is a dynamic surface metal-binding site.
著者: Radka, C.D. / Aller, S.G.

履歴

登録	2021年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	5uxsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uy0-d 5uyg-d 1toa-1 5uye-d 3zk8-2 5uyv-d 3zk7-2 5hx7-d 6i90-d 5z2j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

B: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, crystallographic oligomer but monomer in solution
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.520, 76.910, 110.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA 分子量: 36048.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yfeA, YPO2439, y1897, YP_2227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56952
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.07 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 32% PEG 4000, 20 mM Bis-Tris propane, pH 6.3, 50 mM sodium chloride, 0.05%(w/v) sodium azide, 10 mM manganese chloride

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.283 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.1 Å / Num. obs: 68969 / % possible obs: 94.53 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.123 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.13 / Num. unique obs: 4633 / CC_1/2: 0.904

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UXS

5uxs

解像度: 2.05→46.1 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	3290	5.02 %
R_work	0.1661	62205	-
obs	0.1676	65495	94.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.61 Å² / B_iso mean: 29.151 Å² / B_iso min: 9.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→46.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4327	0	6	554	4887
B_iso mean	-	-	24.7	34.67	-
残基数	-	-	-	-	549

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.2487	99	0.2103	1678	1777	61
2.08-2.11	0.2367	112	0.1972	1799	1911	66
2.11-2.14	0.3068	78	0.1737	2042	2120	74
2.14-2.18	0.2654	119	0.1811	2277	2396	81
2.18-2.22	0.2136	139	0.1795	2494	2633	92
2.22-2.26	0.2306	140	0.1856	2680	2820	98
2.26-2.3	0.2184	101	0.1733	2767	2868	99
2.3-2.35	0.2061	141	0.1691	2741	2882	98
2.35-2.4	0.2085	155	0.1691	2725	2880	99
2.4-2.45	0.2292	161	0.1687	2730	2891	99
2.45-2.51	0.2089	119	0.1658	2729	2848	99
2.51-2.58	0.2061	149	0.1727	2736	2885	100
2.58-2.66	0.2273	141	0.1636	2700	2841	99
2.66-2.74	0.1958	171	0.1666	2760	2931	99
2.74-2.84	0.2126	126	0.167	2774	2900	99
2.84-2.96	0.1986	151	0.1749	2711	2862	100
2.96-3.09	0.186	148	0.1708	2751	2899	100
3.09-3.25	0.1928	137	0.1745	2738	2875	100
3.25-3.46	0.217	135	0.1673	2761	2896	100
3.46-3.72	0.1999	164	0.1557	2721	2885	100
3.72-4.1	0.1599	144	0.1567	2769	2913	100
4.1-4.69	0.1391	151	0.1349	2738	2889	100
4.69-5.91	0.1506	155	0.1607	2751	2906	100
5.91-46.1	0.2119	154	0.1745	2633	2787	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0054	-0.3297	-0.8234	2.2445	0.0835	2.3459	0.1251	0.3213	-0.2203	-0.3246	-0.1308	0.2026	0.3768	-0.3046	0.0148	0.195	-0.0107	-0.0323	0.1401	-0.0303	0.1127	-12.9525	6.5572	-14.5562
2	1.4902	0.5077	0.0602	3.4393	-0.0569	0.8341	-0.0213	0.003	-0.074	-0.0683	0.0418	-0.2692	0.1279	0.0977	-0.0251	0.1211	0.0232	-0.0156	0.0926	-0.0086	0.0962	-1.3778	4.7141	-7.6725
3	6.6804	-0.6418	2.6124	1.4274	-0.9424	3.0927	-0.2481	0.0319	0.1381	0.0697	0.089	-0.0838	-0.4777	0.2432	0.1709	0.1566	-0.0266	-0.0057	0.1339	-0.0586	0.2126	2.0666	18.8188	1.1346
4	1.4983	-0.0437	0.5086	5.5921	3.0301	4.2756	0.0529	0.2278	0.2149	-0.7304	0.006	-0.2515	-0.3623	0.0363	-0.0491	0.2124	0.0002	0.0033	0.1326	0.0217	0.1391	-6.8477	16.4003	-18.1019
5	1.5157	-1.2565	-1.1487	3.8152	2.6318	5.8274	0.2718	0.1968	0.1141	-0.741	-0.4204	0.4597	-0.7477	-0.6687	0.0708	0.2224	0.0543	-0.0696	0.1733	0.0062	0.2188	-16.7435	21.9229	-15.0415
6	1.347	-1.0617	0.0422	5.9445	0.7237	3.8575	-0.1828	-0.3118	0.5216	0.2891	0.1128	-0.057	-0.5789	-0.1048	-0.0349	0.2472	0.0021	-0.0091	0.2495	-0.1475	0.2937	-10.0652	28.8764	8.8833
7	1.458	0.295	-0.6375	2.4612	1.7967	3.7475	-0.0437	-0.4819	0.2375	0.5327	0.2038	-0.2286	-0.0697	0.4646	-0.1343	0.2234	0.0196	-0.0313	0.3356	-0.1353	0.2544	-1.6827	22.1909	12.0697
8	0.7966	0.3982	0.0894	3.0255	1.8574	4.2649	-0.1161	-0.529	0.07	0.54	-0.0424	0.1757	0.2476	-0.2992	0.0136	0.2423	0.0346	0.0105	0.3715	-0.0788	0.1627	-11.3752	17.9046	15.5184
9	2.1065	-0.3574	-0.6107	3.2098	-1.1656	2.6121	-0.0185	-0.256	0.2147	0.164	0.005	0.3468	-0.0016	-0.4162	0.0902	0.1005	0.0063	-0.0057	0.2769	-0.076	0.1959	-18.3371	18.0367	1.8677
10	1.5508	-0.657	-0.1895	2.6847	0.1534	2.4572	0.0383	0.1945	-0.3772	-0.165	-0.0082	0.013	0.2374	-0.0213	-0.0563	0.1294	-0.0024	0.0056	0.118	-0.0494	0.2132	-5.2712	43.3778	-12.1564
11	4.2068	0.1069	1.0701	2.2169	-0.1482	1.7517	-0.0756	-0.054	-0.0048	-0.0711	0.041	-0.045	-0.1599	0.0566	0.0661	0.1132	0.008	0.018	0.1009	0.0021	0.1211	1.053	58.0459	-2.8284
12	2.3596	-0.4069	-1.0452	2.4396	2.0819	5.0449	0.087	0.3574	0.0556	-0.3585	-0.0779	0.0371	-0.1949	-0.1739	-0.0002	0.2076	0.0387	-0.0234	0.1551	0.0447	0.1507	-13.7884	59.4614	-16.2332
13	4.2188	-0.9836	-0.3599	3.7672	0.752	3.7018	-0.1199	-0.4049	0.1157	0.268	0.1495	-0.0011	-0.0409	0.0402	-0.0396	0.0931	-0.0112	0.0093	0.142	-0.0231	0.097	-6.2264	61.3628	8.3364
14	3.7186	-1.9214	0.138	6.6652	-0.4134	3.4523	0.0485	-0.2456	-0.111	0.5418	-0.2272	-0.801	0.4671	1.1864	0.1965	0.4271	0.1243	-0.0904	0.7988	0.0595	0.2176	-1.1802	58.7926	21.0835
15	1.0664	0.3951	-0.1434	2.1887	0.793	2.7471	-0.0595	-0.5018	-0.269	0.6068	-0.0818	0.2833	0.3128	-0.3111	0.1688	0.2463	0.0154	0.0558	0.3065	0.0514	0.1399	-11.1182	53.3278	15.4093
16	3.6453	1.9438	-2.6481	4.3634	-2.6613	4.2368	-0.0551	-0.1143	-0.849	-0.2809	0.1921	0.4884	0.4315	-0.6475	-0.0532	0.1322	-0.0188	0.0096	0.2059	-0.0301	0.3411	-18.5395	47.1707	-2.3052
17	1.3883	-0.4425	-0.6628	2.9272	0.4084	0.8946	-0.1253	-0.3975	-0.052	0.5622	-0.3459	0.5546	-0.0796	-0.6324	0.3407	0.2043	0.0204	0.0377	0.3649	-0.0468	0.246	-21.0755	62.4747	9.1604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 40 through 67 )	A	40 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 68 through 129 )	A	68 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 145 )	A	130 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 146 through 164 )	A	146 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 165 through 193 )	A	165 - 193
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 194 through 210 )	A	194 - 210
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 211 through 248 )	A	211 - 248
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 249 through 281 )	A	249 - 281
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 282 through 311 )	A	282 - 311
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 116 )	B	40 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 117 through 145 )	B	117 - 145
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 146 through 192 )	B	146 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 193 through 233 )	B	193 - 233
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 234 through 248 )	B	234 - 248
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 249 through 281 )	B	249 - 281
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 282 through 293 )	B	282 - 293
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 294 through 316 )	B	294 - 316

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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