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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mda | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcus aureus cystathionine gamma lyase holoenzyme Y103A mutant co-crystallized with NL1 | ||||||||||||
![]() | Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase | ||||||||||||
![]() | LYASE / Amino-acid biosynthesis / Cysteine biosynthesis / Hydrogen sulfide production / PLP dependent enzyme | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cystathionine gamma-synthase / : / cystathionine beta-lyase / cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding ...cystathionine gamma-synthase / : / cystathionine beta-lyase / cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Nuthanakanti, A. / Serganov, A. / Kaushik, A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Inhibitors of bacterial H 2 S biogenesis targeting antibiotic resistance and tolerance. 著者: Shatalin, K. / Nuthanakanti, A. / Kaushik, A. / Shishov, D. / Peselis, A. / Shamovsky, I. / Pani, B. / Lechpammer, M. / Vasilyev, N. / Shatalina, E. / Rebatchouk, D. / Mironov, A. / Fedichev, ...著者: Shatalin, K. / Nuthanakanti, A. / Kaushik, A. / Shishov, D. / Peselis, A. / Shamovsky, I. / Pani, B. / Lechpammer, M. / Vasilyev, N. / Shatalina, E. / Rebatchouk, D. / Mironov, A. / Fedichev, P. / Serganov, A. / Nudler, E. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7mcbC ![]() 7mclC ![]() 7mcnC ![]() 7mcpC ![]() 7mcqC ![]() 7mctC ![]() 7mcuC ![]() 7mcyC ![]() 7md0C ![]() 7md1C ![]() 7md6C ![]() 7md8C ![]() 7md9C ![]() 7mdbC ![]() 4ixzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41417.617 Da / 分子数: 1 / 変異: Y103A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mccB / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: X5E0F1, cystathionine gamma-lyase, cystathionine beta-lyase, cystathionine gamma-synthase | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EPE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.41 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, 1.3 M tri-sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91956 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→30 Å / Num. obs: 39094 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 53.47 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.29 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 1.405 / Mean I/σ(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 2261 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.489 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4IXZ 解像度: 2.24→29.95 Å / SU ML: 0.313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.4127 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→29.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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