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- PDB-7mda: Crystal structure of Staphylococcus aureus cystathionine gamma ly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mda
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus cystathionine gamma lyase holoenzyme Y103A mutant co-crystallized with NL1
要素Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase
キーワードLYASE / Amino-acid biosynthesis / Cysteine biosynthesis / Hydrogen sulfide production / PLP dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine gamma-synthase / : / cystathionine beta-lyase / cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding ...cystathionine gamma-synthase / : / cystathionine beta-lyase / cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(6-bromo-1H-indol-1-yl)acetyl]glycine / Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Nuthanakanti, A. / Serganov, A. / Kaushik, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)PR171734 米国
Department of Defense (DOD, United States)PR171734P1 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Inhibitors of bacterial H 2 S biogenesis targeting antibiotic resistance and tolerance.
著者: Shatalin, K. / Nuthanakanti, A. / Kaushik, A. / Shishov, D. / Peselis, A. / Shamovsky, I. / Pani, B. / Lechpammer, M. / Vasilyev, N. / Shatalina, E. / Rebatchouk, D. / Mironov, A. / Fedichev, ...著者: Shatalin, K. / Nuthanakanti, A. / Kaushik, A. / Shishov, D. / Peselis, A. / Shamovsky, I. / Pani, B. / Lechpammer, M. / Vasilyev, N. / Shatalina, E. / Rebatchouk, D. / Mironov, A. / Fedichev, P. / Serganov, A. / Nudler, E.
履歴
登録2021年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3246
ポリマ－41,4181
非ポリマー9075
水2,090116
1
H: Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase
ヘテロ分子

H: Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase
ヘテロ分子

H: Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase
ヘテロ分子

H: Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,29724
ポリマ－165,6704
非ポリマー3,62620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area24030 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area45100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.227, 105.227, 287.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-595-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase / Cystathionine beta-lyase / Cystathionine gamma-lyase / Cystathionine gamma-synthase


分子量: 41417.617 Da / 分子数: 1 / 変異: Y103A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mccB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: X5E0F1, cystathionine gamma-lyase, cystathionine beta-lyase, cystathionine gamma-synthase
#2: 化合物 ChemComp-LB6 / N-[(6-bromo-1H-indol-1-yl)acetyl]glycine


分子量: 311.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11BrN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, 1.3 M tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.91956 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→30 Å / Num. obs: 39094 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 53.47 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.24→2.29 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 1.405 / Mean I/σ(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 2261 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.489 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
autoPROC1.14_3260data processing
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4IXZ

4ixz


解像度: 2.24→29.95 Å / SU ML: 0.313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.4127 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 3783 5.14 %
Rwork0.1841 69754 -
obs0.1855 39022 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2900 0 32 116 3048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00672989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89614068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.16861076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.270.38631210.34072261X-RAY DIFFRACTION87.28
2.27-2.30.34181380.32932537X-RAY DIFFRACTION98.89
2.3-2.330.31441400.31982602X-RAY DIFFRACTION99.56
2.33-2.360.33331370.3132619X-RAY DIFFRACTION99.86
2.36-2.40.34111400.30232594X-RAY DIFFRACTION99.82
2.4-2.440.33211430.27942596X-RAY DIFFRACTION99.75
2.44-2.480.37161400.27262606X-RAY DIFFRACTION99.78
2.48-2.520.29821390.27462557X-RAY DIFFRACTION99.7
2.52-2.570.3181460.26192650X-RAY DIFFRACTION99.86
2.57-2.610.28641400.26622603X-RAY DIFFRACTION99.85
2.61-2.670.2771380.25942562X-RAY DIFFRACTION99.93
2.67-2.730.26921400.24972594X-RAY DIFFRACTION99.82
2.73-2.790.26861430.23272611X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.860.26391370.21492606X-RAY DIFFRACTION99.93
2.86-2.940.24771420.21022611X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.020.23831440.21172601X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.120.20231390.19812581X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.230.24581450.19042623X-RAY DIFFRACTION99.89
3.23-3.360.20531430.19052578X-RAY DIFFRACTION99.85
3.36-3.510.18921470.17192594X-RAY DIFFRACTION99.78
3.51-3.70.20441410.17482582X-RAY DIFFRACTION99.67
3.7-3.930.19181420.15282604X-RAY DIFFRACTION99.71
3.93-4.230.17221410.13982603X-RAY DIFFRACTION99.56
4.23-4.660.15591360.13942582X-RAY DIFFRACTION99.82
4.66-5.330.17491400.1452595X-RAY DIFFRACTION99.64
5.33-6.70.20521460.16752601X-RAY DIFFRACTION99.89
6.7-29.950.15921350.15582601X-RAY DIFFRACTION99.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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