PDB-7mci: MoFe protein from Azotobacter vinelandii with a sulfur-replenishe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mci

タイトル

MoFe protein from Azotobacter vinelandii with a sulfur-replenished cofactor

要素

(Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Azotobacter vinelandii / MoFe-protein / nitrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kang, W. / Lee, C. / Hu, Y. / Ribbe, M.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022
タイトル: Evidence of substrate binding and product release via belt-sulfur mobilization of the nitrogenase cofactor
著者: Lee, C.C. / Kang, W. / Jasniewski, A.J. / Stiebritz, M.T. / Tanifuji, K. / Ribbe, M.W. / Hu, Y.

履歴

登録	2021年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mci.cif.gz	915.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mci.ent.gz	666.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mci.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mci_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mci_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	7mci_validation.xml.gz	82.4 KB	表示
CIF形式データ	7mci_validation.cif.gz	122.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mci	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3u7qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain

B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

C: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain

D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

ヘテロ分子

235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.834, 73.995, 208.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.051, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I 分子量: 55363.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase
#2: タンパク質	Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase 分子量: 59535.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DGZ8, nitrogenase

-
非ポリマー , 8種, 1417分子

#3: 化合物	ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon 分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe₇MoS₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S
#6: 化合物	ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン分子量: 95.940 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#7: 化合物	ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER 分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₈S₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M CHC (pH5), 0.16M ammonium acetate, 25.6% (v/v) glycerol, 2% MPD, 0.1M CsCl, 1mM Dithiothreitol, 5mM Eu-EGTA, 16% PEG smear high

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→38.94 Å / Num. obs: 292285 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.78 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 3.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 14452 / CC_1/2: 0.628 / R_pim(I) all: 0.841 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U7Q

3u7q

解像度: 1.65→38.22 Å / SU ML: 0.2002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7158
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1952	14399	4.93 %
R_work	0.1721	277585	-
obs	0.1732	291984	98.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→38.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15764	0	170	1390	17324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	16352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.115	22236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0648	2334
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	2846
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.5153	2202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.3581	468	0.3523	9174	X-RAY DIFFRACTION	98.24
1.67-1.69	0.3461	511	0.3354	9315	X-RAY DIFFRACTION	98.63
1.69-1.71	0.3357	480	0.3157	9145	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.71-1.73	0.3129	490	0.3026	9244	X-RAY DIFFRACTION	98.51
1.73-1.75	0.3144	485	0.2887	9268	X-RAY DIFFRACTION	98.34
1.75-1.78	0.2885	463	0.2717	9203	X-RAY DIFFRACTION	98.43
1.78-1.8	0.3	454	0.2612	9266	X-RAY DIFFRACTION	98.1
1.8-1.83	0.2956	458	0.2538	9231	X-RAY DIFFRACTION	98.06
1.83-1.86	0.283	414	0.2506	9305	X-RAY DIFFRACTION	98.21
1.86-1.89	0.2634	483	0.2355	9116	X-RAY DIFFRACTION	97.78
1.89-1.92	0.2512	470	0.2217	9094	X-RAY DIFFRACTION	97.24
1.92-1.96	0.2358	474	0.2087	9085	X-RAY DIFFRACTION	96.11
1.96-1.99	0.2351	476	0.2025	9000	X-RAY DIFFRACTION	95.92
1.99-2.03	0.2251	494	0.1878	9286	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.03-2.08	0.2077	471	0.1841	9286	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.08-2.13	0.1972	501	0.1791	9262	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.13-2.18	0.2062	474	0.1751	9304	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.18-2.24	0.1871	451	0.1708	9354	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.24-2.31	0.188	513	0.1602	9260	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.31-2.38	0.1779	499	0.1629	9276	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.38-2.46	0.2007	482	0.1623	9230	X-RAY DIFFRACTION	97.65
2.46-2.56	0.1942	438	0.1648	8924	X-RAY DIFFRACTION	94.81
2.56-2.68	0.1891	471	0.1615	9386	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.68-2.82	0.1983	499	0.1612	9390	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.82-3	0.1737	505	0.1555	9355	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3-3.23	0.1853	517	0.1518	9369	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.23-3.55	0.1731	502	0.1478	9325	X-RAY DIFFRACTION	98.42
3.55-4.07	0.1548	480	0.1345	9135	X-RAY DIFFRACTION	96.27
4.07-5.12	0.1394	499	0.1232	9476	X-RAY DIFFRACTION	99.11
5.12-38.22	0.1625	477	0.1513	9521	X-RAY DIFFRACTION	97.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.872416435434	-0.0628351761193	0.292011185302	0.476773209024	0.131675681688	1.06408087948	-0.00387072214878	0.251863741778	-0.0637693019101	-0.133299742024	0.0439564453755	0.0978326766316	0.0826882903179	-0.0730909877968	-0.0477390995665	0.349267109712	-0.057615759247	-0.00822192812379	0.323758806481	0.0124559110473	0.181564474578	33.1768894375	25.1250946027	9.16910682584
2	0.783438757845	-0.244069887279	0.323239319169	1.32699711634	-0.303727567263	2.02843209983	-0.0297697244294	0.119762203521	0.153094909248	-0.0911983653728	0.0537000024577	-0.127664529971	-0.233130361449	0.234282381745	-0.00841724508746	0.257770486076	-0.0646396316508	0.0266636711441	0.244907909404	-0.00776860810764	0.17598926731	54.4639748664	39.4435153043	23.3484136683
3	0.452462052291	0.000299532790658	-0.0365613475645	0.391647031084	0.0492062592707	0.797896467344	-0.00207739740038	0.126511457665	-0.0743873745232	-0.058753768089	0.0550184260167	-0.0298308007288	0.191706776432	0.0575027940516	-0.0518187179881	0.350739301349	-0.0272079769852	-0.00789290038385	0.271377559488	-0.0356564581202	0.188403429238	45.7096277458	13.6298827883	15.5408625008
4	2.23592197186	-1.00410369343	-2.79075530036	1.24788884603	0.984037712724	3.57489146084	-0.115408620529	0.295834406957	-0.133262700789	0.0599922721391	0.081622635904	0.102717015775	0.252393282724	-0.332092489848	0.0434275608733	0.329736000989	-0.0986827948748	-0.0298015366134	0.221772402139	-0.00212987323625	0.167600562288	30.32056908	10.6559664423	29.5955761895
5	0.780597235806	-0.105868899942	0.0853808172252	0.940232181455	0.444149385936	0.91107844485	0.0495879857269	0.0582239211515	-0.0216408648141	0.081660446938	0.0444684894598	-0.102477538005	0.101871352697	0.256573461444	-0.0955656166244	0.237911789689	-0.014488286029	-0.00164803771077	0.273836201107	-0.0112751019407	0.121649722703	56.9374166073	25.1108616949	35.5298555949
6	0.305316704937	-0.0828626262228	0.181307696109	0.872944083535	-0.646291875872	2.27140603024	0.0179011237306	0.11996915404	0.0708443186694	-0.11960861919	0.032259325523	0.0605853708738	-0.15866019701	-0.185366360747	-0.0481800998102	0.289652050159	-0.00209598178882	0.00612805100112	0.273564603321	0.0410475487182	0.177637761871	26.5738206027	41.4791278208	15.4415952358
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13	13	chain 'C' and (resid 50 through 141 )	C	R	50 - 141	47 - 138
14	14	chain 'C' and (resid 142 through 275 )	C	R	142 - 275	139 - 272
15	15	chain 'C' and (resid 276 through 383 )	C	R	276 - 383	273 - 380
16	16	chain 'C' and (resid 384 through 440 )	C	R	384 - 440	381 - 437
17	17	chain 'C' and (resid 441 through 480 )	C	R	441 - 480	438 - 477
18	18	chain 'D' and (resid 2 through 70 )	D	AA	2 - 70	1 - 69
19	19	chain 'D' and (resid 71 through 127 )	D	AA	71 - 127	70 - 126
20	20	chain 'D' and (resid 128 through 246 )	D	AA	128 - 246	127 - 245
21	21	chain 'D' and (resid 247 through 277 )	D	AA	247 - 277	246 - 276
22	22	chain 'D' and (resid 278 through 362 )	D	AA	278 - 362	277 - 361
23	23	chain 'D' and (resid 363 through 485 )	D	AA	363 - 485	362 - 484
24	24	chain 'D' and (resid 486 through 523 )	D	AA	486 - 523	485 - 522
25	25	chain 'A' and (resid 501 through 503)	A	B - D	501 - 503
26	26	chain 'C' and (resid 501 through 503)	C	S - U	501 - 503

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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