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Yorodumi- PDB-7mci: MoFe protein from Azotobacter vinelandii with a sulfur-replenishe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mci | |||||||||
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Title | MoFe protein from Azotobacter vinelandii with a sulfur-replenished cofactor | |||||||||
Components | (Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Azotobacter vinelandii / MoFe-protein / nitrogenase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Azotobacter vinelandii DJ (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | |||||||||
Authors | Kang, W. / Lee, C. / Hu, Y. / Ribbe, M.W. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Catal / Year: 2022 Title: Evidence of substrate binding and product release via belt-sulfur mobilization of the nitrogenase cofactor Authors: Lee, C.C. / Kang, W. / Jasniewski, A.J. / Stiebritz, M.T. / Tanifuji, K. / Ribbe, M.W. / Hu, Y. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mci.cif.gz | 915.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7mci.ent.gz | 666.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mci.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7mci_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7mci_full_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | |
Data in XML | 7mci_validation.xml.gz | 82.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7mci_validation.cif.gz | 122.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mci | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3u7qS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 55363.043 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Azotobacter vinelandii DJ (bacteria) / References: UniProt: P07328, nitrogenase #2: Protein | Mass: 59535.879 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Azotobacter vinelandii DJ (bacteria) / References: UniProt: C1DGZ8, nitrogenase |
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-Non-polymers , 8 types, 1417 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MO / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.1M CHC (pH5), 0.16M ammonium acetate, 25.6% (v/v) glycerol, 2% MPD, 0.1M CsCl, 1mM Dithiothreitol, 5mM Eu-EGTA, 16% PEG smear high |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.88557 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.88557 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→38.94 Å / Num. obs: 292285 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.78 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 3.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Redundancy: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 14452 / CC1/2: 0.628 / Rpim(I) all: 0.841 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3U7Q Resolution: 1.65→38.22 Å / SU ML: 0.2002 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.7158 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→38.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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