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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mcb | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcus aureus Cystathionine gamma lyase Holoenzyme | ||||||||||||
要素 | Bifunctional cystathionine gamma-lyase/homocysteine desulfhydrase | ||||||||||||
キーワード | LYASE / Amino-acid biosynthesis / Cysteine biosynthesis / Hydrogen sulfide production / PLP dependent enzyme | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cystathionine gamma-synthase / : / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine beta-lyase / cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nuthanakanti, A. / Serganov, A. / Kaushik, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Inhibitors of bacterial H 2 S biogenesis targeting antibiotic resistance and tolerance. 著者: Shatalin, K. / Nuthanakanti, A. / Kaushik, A. / Shishov, D. / Peselis, A. / Shamovsky, I. / Pani, B. / Lechpammer, M. / Vasilyev, N. / Shatalina, E. / Rebatchouk, D. / Mironov, A. / Fedichev, ...著者: Shatalin, K. / Nuthanakanti, A. / Kaushik, A. / Shishov, D. / Peselis, A. / Shamovsky, I. / Pani, B. / Lechpammer, M. / Vasilyev, N. / Shatalina, E. / Rebatchouk, D. / Mironov, A. / Fedichev, P. / Serganov, A. / Nudler, E. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mcb.cif.gz | 117 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mcb.ent.gz | 72.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mcb_validation.pdf.gz | 450.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mcb_full_validation.pdf.gz | 452.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7mcb_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mcb_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mcb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7mclC 7mcnC 7mcpC 7mcqC 7mctC 7mcuC 7mcyC 7md0C 7md1C 7md6C 7md8C 7md9C 7mdaC 7mdbC 4ixzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41509.711 Da / 分子数: 1 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mccB, mccB_2, BTN44_10510, DD547_00421, DQV53_02590, EP54_01605, EQ90_13355, FA040_13395, G0X12_04165, G6Y10_12435, GO746_10250, GO803_10255, GO805_07485, GO821_10445, GO894_05080, GO942_ ...遺伝子: mccB, mccB_2, BTN44_10510, DD547_00421, DQV53_02590, EP54_01605, EQ90_13355, FA040_13395, G0X12_04165, G6Y10_12435, GO746_10250, GO803_10255, GO805_07485, GO821_10445, GO894_05080, GO942_04060, HMPREF2819_13610, HMPREF3211_01439, NCTC10654_00533, NCTC10702_00840, NCTC10988_00626, SAMEA1029528_01119, SAMEA1029547_02560, SAMEA1029553_00881, SAMEA103891286_02662, SAMEA1964876_02233, SAMEA1965205_02550, SAMEA1966505_02559, SAMEA1969349_02528, SAMEA1969845_00024, SAMEA1971706_00840, SAMEA1972827_00442, SAMEA2076212_02307, SAMEA2076218_02633, SAMEA2076220_02515, SAMEA2076226_02545, SAMEA2076463_02448, SAMEA2076464_02504, SAMEA2076470_02202, SAMEA2076472_02415, SAMEA2076478_01397, SAMEA2076480_02228, SAMEA2076481_02579, SAMEA2076743_02529, SAMEA2076745_00024, SAMEA2076746_01199, SAMEA2076747_02516, SAMEA2076749_02428, SAMEA2076751_02538, SAMEA2076752_00581, SAMEA2076755_02246, SAMEA2076756_02304, SAMEA2076758_02592, SAMEA2076759_02587, SAMEA2076761_00997, SAMEA2076762_02546, SAMEA2076763_01275, SAMEA2076764_00443, SAMEA2076765_02426, SAMEA2077023_00443, SAMEA2077025_02246, SAMEA2077027_02519, SAMEA2077029_02492, SAMEA2077031_02282, SAMEA2077034_02536, SAMEA2077035_00908, SAMEA2077039_00580, SAMEA2077040_02514, SAMEA2077041_00442, SAMEA2077044_02519, SAMEA2077045_01356, SAMEA2077046_02211, SAMEA2077293_01201, SAMEA2077294_01116, SAMEA2077295_02535, SAMEA2077297_02465, SAMEA2077300_00660, SAMEA2077301_02506, SAMEA2077302_01011, SAMEA2077303_02488, SAMEA2077307_02470, SAMEA2077832_02515, SAMEA2078252_01326, SAMEA2078256_02526, SAMEA2078307_01240, SAMEA2078308_02477, SAMEA2078553_02466, SAMEA2078558_00909, SAMEA2078560_01135, SAMEA2078569_01369, SAMEA2078570_02481, SAMEA2078572_01608, SAMEA2078824_02504, SAMEA2078837_01023, SAMEA2079048_02598, SAMEA2079051_01218, SAMEA2079277_01392, SAMEA2079291_02442, SAMEA2079503_01420, SAMEA2079507_02480, SAMEA2079512_02454, SAMEA2079517_02461, SAMEA2079724_02523, SAMEA2079727_02402, SAMEA2079728_02358, SAMEA2079732_00024, SAMEA2079946_02619, SAMEA2079949_02348, SAMEA2079951_02599, SAMEA2079952_00024, SAMEA2079957_00024, SAMEA2079958_00024, SAMEA2079960_02599, SAMEA2079961_02614, SAMEA2079968_02549, SAMEA2080329_00310, SAMEA2080330_00310, SAMEA2080334_02579, SAMEA2080433_00024, SAMEA2080812_02589, SAMEA2080898_01599, SAMEA2080900_02516, SAMEA2080904_02530, SAMEA2080913_02537, SAMEA2081043_02522, SAMEA2081053_02264, SAMEA2081054_02235, SAMEA2081055_02550, SAMEA2081060_02563, SAMEA2081211_02363, SAMEA2081213_02446, SAMEA2081218_00838, SAMEA2081341_02527, SAMEA2081342_02593, SAMEA2081349_02540, SAMEA2081359_02598, SAMEA2081362_00464, SAMEA2081468_01079, SAMEA2081474_00910, SAMEA2081475_02534, SAMEA2081476_02404, SAMEA2081479_00996, SAMEA2081480_00533, SAMEA2081560_02486, SAMEA2081561_02504, SAMEA2081564_01449, SAMEA2081567_02515, SAMEA2081568_01446, SAMEA2081569_02545, SAMEA2081570_01449, SAMEA2081571_01216, SAMEA2081572_02471, SAMEA2081573_02217, SAMEA2081575_00580, SAMEA2081577_01158, SAMEA2081578_02511, SAMEA2081579_02531, SAMEA2081581_02162, SAMEA2081582_02344, SAMEA2081673_02599, SAMEA2081674_02397, SAMEA4008573_02705, SAMEA4008676_02295, SAMEA70146418_02721, SAMEA958766_00501, SAMEA958770_02469, SAMEA958772_00350, SAMEA958778_00586, SAMEA958779_02116, SAMEA958785_02543, SAMEA958793_02555, SAMEA958798_02471, SAMEA958804_02558, SAMEA958810_02365, SAMEA958836_00976, SAMEA958838_01939, SAMEA958845_00024, SAMEA958846_02565, SAMEA958848_02402, SAMEA958855_02196, SAMEA958858_00594, SAMEA958898_01850, SAMEA958906_02198, SAMEA958924_02531, SAMEA958925_02436, SAMEA958951_01115, SAMEA958953_00350, SAMEA958961_02116, SAMEA958979_00024, SAMEA958987_02419, SAMEA958995_02394 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: X5E0F1, cystathionine gamma-lyase, cystathionine beta-lyase, cystathionine gamma-synthase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.1 M HEPES , pH 7.6 1.4 M Tri sodium Citrate |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→30 Å / Num. obs: 45133 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 36.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.19 Å / 冗長度: 18.1 % / Num. unique obs: 3211 / CC1/2: 0.955 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IXZ 解像度: 2.14→29.39 Å / SU ML: 0.1632 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.3738 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→29.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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