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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mca | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the S. cerevisiae origin recognition complex bound to the replication initiator Cdc6 and the ARS1 origin DNA. | |||||||||||||||
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![]() | REPLICATION / replication initiation | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / nuclear pre-replicative complex ...MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Orc1 removal from chromatin / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / nucleosome binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / chromosome / chromosome, telomeric region / cell division / chromatin binding / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
![]() | Feng, X. / Li, H. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of ORC-Cdc6 on an origin DNA reveals the mechanism of ORC activation by the replication initiator Cdc6. 著者: Xiang Feng / Yasunori Noguchi / Marta Barbon / Bruce Stillman / Christian Speck / Huilin Li / ![]() ![]() 要旨: The Origin Recognition Complex (ORC) binds to sites in chromosomes to specify the location of origins of DNA replication. The S. cerevisiae ORC binds to specific DNA sequences throughout the cell ...The Origin Recognition Complex (ORC) binds to sites in chromosomes to specify the location of origins of DNA replication. The S. cerevisiae ORC binds to specific DNA sequences throughout the cell cycle but becomes active only when it binds to the replication initiator Cdc6. It has been unclear at the molecular level how Cdc6 activates ORC, converting it to an active recruiter of the Mcm2-7 hexamer, the core of the replicative helicase. Here we report the cryo-EM structure at 3.3 Å resolution of the yeast ORC-Cdc6 bound to an 85-bp ARS1 origin DNA. The structure reveals that Cdc6 contributes to origin DNA recognition via its winged helix domain (WHD) and its initiator-specific motif. Cdc6 binding rearranges a short α-helix in the Orc1 AAA+ domain and the Orc2 WHD, leading to the activation of the Cdc6 ATPase and the formation of the three sites for the recruitment of Mcm2-7, none of which are present in ORC alone. The results illuminate the molecular mechanism of a critical biochemical step in the licensing of eukaryotic replication origins. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 585.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 450.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Origin recognition complex subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 104546.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORC1 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 71342.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORC2 / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 72161.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORC / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 60772.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORC4, YPR162C, P9325.5 / 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 55347.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORC5, YNL261W, N0834 / 発現宿主: ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 50369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORC6, AAP1, YHR118C / 発現宿主: ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 GH
#7: DNA鎖 | 分子量: 26184.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 26229.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 I
#9: タンパク質 | 分子量: 58112.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CDC6, YJL194W, J0347 / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 8分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/AGS.gif)
#10: 化合物 | ChemComp-MG / #11: 化合物 | ChemComp-AGS / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of origin replication complex with Cdc6 and ARS1 origin DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.47 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 76 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 177397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 118.5 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5V8F Accession code: 5V8F / Source name: PDB / タイプ: experimental model |