PDB-7mbj: Crystal structure of cGMP dependent protein kinase I alpha (PKG I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mbj

タイトル

Crystal structure of cGMP dependent protein kinase I alpha (PKG I alpha)CNB-A domain with R177Q mutation

要素

cGMP-dependent protein kinase 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cGMP dependent protein kinase I alpha / second messenger / thoracic aortic aneurysms and aortic dissections causing mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm / relaxation of vascular associated smooth muscle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Kim, J.J. / Casteel, D.E. / Kim, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: An auto-inhibited state of protein kinase G and implications for selective activation.
著者: Sharma, R. / Kim, J.J. / Qin, L. / Henning, P. / Akimoto, M. / VanSchouwen, B. / Kaur, G. / Sankaran, B. / MacKenzie, K.R. / Melacini, G. / Casteel, D.E. / Herberg, F.W. / Kim, C.W.

履歴

登録	2021年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mbj.cif.gz	152.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mbj.ent.gz	97.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mbj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mbj_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mbj_full_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示
XML形式データ	7mbj_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	7mbj_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/7mbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/7mbj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lv3C 3shrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (12)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (8)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (7)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)

登録構造単位

A: cGMP-dependent protein kinase 1

B: cGMP-dependent protein kinase 1

30.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: cGMP-dependent protein kinase 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cGMP-dependent protein kinase 1

登録者が定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.198, 41.855, 48.312
Angle α, β, γ (deg.)	94.739, 113.664, 114.027
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	cGMP-dependent protein kinase 1 / cGK 1 / cGK1 / cGMP-dependent protein kinase I / cGKI 分子量: 15275.832 Da / 分子数: 2 / 変異: R177Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKG1, PRKG1B, PRKGR1A, PRKGR1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13976, cGMP-dependent protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 6% Tacsimate (pH 4.5), 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→50 Å / Num. obs: 62350 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.071 / Net I/σ(I): 25.04
反射シェル	解像度: 1.26→1.31 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 6.56 / Num. unique obs: 5426 / Χ²: 1.064 / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3shr

3shr

解像度: 1.26→36.54 Å / SU ML: 0.142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.8058
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.197	3133	5.03 %
R_work	0.1775	59187	-
obs	0.1785	62320	94.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→36.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1917	0	0	361	2278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2079
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1775	2827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1086	334
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	357
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.2366	300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.26-1.28	0.2847	147	0.267	2394	X-RAY DIFFRACTION	85.79
1.28-1.3	0.2576	138	0.2403	2662	X-RAY DIFFRACTION	92.32
1.3-1.33	0.2444	114	0.2243	2614	X-RAY DIFFRACTION	92.29
1.33-1.35	0.2411	142	0.2198	2674	X-RAY DIFFRACTION	92.75
1.35-1.38	0.2734	143	0.2072	2636	X-RAY DIFFRACTION	93.35
1.38-1.4	0.2508	146	0.2099	2661	X-RAY DIFFRACTION	93.26
1.4-1.43	0.2265	143	0.207	2666	X-RAY DIFFRACTION	93.76
1.43-1.47	0.2413	134	0.1919	2694	X-RAY DIFFRACTION	94.14
1.47-1.5	0.2025	143	0.1897	2711	X-RAY DIFFRACTION	94.13
1.5-1.54	0.1993	150	0.1855	2647	X-RAY DIFFRACTION	94.27
1.54-1.59	0.2252	136	0.1866	2717	X-RAY DIFFRACTION	95.1
1.59-1.64	0.2089	141	0.1817	2737	X-RAY DIFFRACTION	95.2
1.64-1.7	0.1972	146	0.1827	2729	X-RAY DIFFRACTION	95.32
1.7-1.77	0.1852	149	0.1841	2716	X-RAY DIFFRACTION	95.92
1.77-1.85	0.2075	137	0.1781	2749	X-RAY DIFFRACTION	95.94
1.85-1.95	0.2291	149	0.1782	2747	X-RAY DIFFRACTION	96.44
1.95-2.07	0.1823	154	0.1708	2747	X-RAY DIFFRACTION	96.89
2.07-2.23	0.1754	140	0.1616	2786	X-RAY DIFFRACTION	97.5
2.23-2.45	0.19	147	0.1714	2833	X-RAY DIFFRACTION	97.74
2.45-2.81	0.2097	147	0.1787	2758	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.81-3.53	0.1759	146	0.1727	2782	X-RAY DIFFRACTION	97.63
3.54-36.54	0.1797	141	0.1626	2527	X-RAY DIFFRACTION	88.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1508527987	1.56386302362	0.458990081727	5.29102062375	-0.112629109367	4.76252515649	-0.0403888880102	-0.30381496711	0.0657780375936	0.174222128879	0.0339171221416	-0.203256089183	0.0455141029631	0.240314491529	0.0518831327747	0.142510655658	0.0697753400945	-0.0156384060639	0.170314708281	-0.0575118769466	0.103163431422	-5.71666471853	2.08192298352	15.8953247962
2	2.47661413811	-0.593015976955	1.52001110145	8.91949703624	6.79552038355	7.50342181772	-0.113421840046	0.00643281174253	0.233836086219	-0.100851975292	-0.102428064322	0.162994118523	-0.282125825452	-0.187479423411	0.203959468307	0.10726930832	0.01500533491	-0.00366156460875	0.0748969483065	0.0198758540304	0.0624262229697	-9.81869182686	-1.50438726458	2.9783521566
3	1.81510663792	-0.563760858373	2.49205548203	3.61216381325	0.130132160862	4.89909223553	0.0424616171994	0.113536088945	-0.4412194827	0.241907507395	0.253175672418	-0.286181646798	0.77528123112	0.255040119191	-0.331242204102	0.289484143252	0.0516809800987	-0.0270675075415	0.151502743786	-0.0186101702931	0.168936064077	-4.98192622076	-18.7365956063	2.50843093176
4	7.50771001238	-8.42179384645	-0.163439702741	9.45075829522	0.194467942137	2.07143231437	0.187862956674	0.6905097803	-0.0566405831367	-0.260584680723	0.0311828996497	-0.970939378777	0.453415638576	0.974823238068	-0.172459862439	0.170822398053	0.0622846341442	-0.0115148592474	0.300920272582	-0.0571750909622	0.243272593768	3.89296906333	-10.160166335	1.87648783069
5	3.34215108498	-0.608567846891	1.23339723007	5.25079620904	-0.767013280695	2.54279897214	0.0614593833266	-0.106554566974	-0.356781757212	0.371522517949	0.0254903728871	-0.0618885146327	0.429042636971	0.0161373374901	-0.187072197725	0.240608579433	0.00313287218809	-0.00332501960696	0.0936742572824	0.0033845142967	0.0891686918426	-5.57740605867	-15.7335506249	9.73664010221
6	6.16993974751	-5.28288464935	-0.470930477792	4.56084014478	0.414940321145	8.36350778355	-0.614217150408	-0.156317135416	-0.211385346226	1.25804876172	0.493216983625	-0.303582012064	0.17024135468	-0.0360766178862	-0.0677182348036	0.381183553046	-0.046289351955	-0.0733048448226	0.198830671517	0.020429298588	0.221395614604	-3.25257390857	-20.7059374842	14.878370528
7	7.47826193337	1.79213257267	1.1196428678	2.22265187381	0.710467554411	1.31399582297	0.0919327895828	-0.548367200173	0.00114206145441	0.497939810483	-0.128947062729	-0.0413531856415	0.176232688701	-0.039830133251	0.0057806933384	0.205393579152	-0.00621234009005	-0.000499208328147	0.121760289901	0.0175490423274	0.0890673895727	-7.53098337855	-9.7204441448	12.501215313
8	8.02830181512	0.729839736167	2.58490539907	6.63756212612	1.75669760695	4.3684111964	-0.113333956438	-0.000850036978361	-0.0701241755394	-0.0480577981925	0.226314146348	-0.466780560581	-0.0229127600417	0.446724642146	-0.142915257721	0.165066819174	0.0121080260333	-0.0276244352456	0.177177435774	-0.00646029758141	0.188885513888	6.40693892674	-5.36747155377	9.77520575582
9	2.84756659384	0.552562093316	0.834212191967	3.91044229985	0.472785378018	2.46051849502	0.0435356718975	0.0332801570655	-0.207789027742	0.299383115547	0.0767922930282	-0.177259705941	0.402311180389	0.125393872624	-0.0974873472075	0.18262661703	0.0140001528496	-0.00425448558483	0.0861213576272	-0.00608189020845	0.0497630559732	-5.35536287857	-12.2849020614	5.05184468965
10	5.59683931694	1.92176822546	-0.856636393931	6.61895420399	0.541896497192	7.3044246881	0.403558647454	-0.349639399099	0.577773706085	0.214594289858	0.255109043538	-0.0832156026605	-0.619616633521	1.08032825004	-0.182886948928	0.218090160922	-0.0754120673189	0.0553372289334	0.232211202488	-0.0227477229067	0.179576503427	1.11371746005	3.84811824093	5.03203150845
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23	2.00002278359	7.77921026448	-6.33618820257	4.27697309239	-2.97681680048	8.56220192068	-0.0964623444111	0.334399410387	-0.00239407743588	0.32341099727	0.803550642269	1.23305978216	0.168967419594	-1.20587300854	-0.728213114712	0.122911007126	0.0754515224369	0.04206391468	0.355227328551	0.192515670134	0.310638765431	-10.4086305444	14.5352382604	-23.4117911554

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 95 through 114 )	A	A	95 - 114	17 - 36
2	2	chain 'A' and (resid 115 through 123 )	A	A	115 - 123	37 - 45
3	3	chain 'A' and (resid 124 through 133 )	A	A	124 - 133	46 - 55
4	4	chain 'A' and (resid 134 through 139 )	A	A	134 - 139	56 - 61
5	5	chain 'A' and (resid 140 through 153 )	A	A	140 - 153	62 - 75
6	6	chain 'A' and (resid 154 through 160 )	A	A	154 - 160	76 - 82
7	7	chain 'A' and (resid 161 through 167 )	A	A	161 - 167	83 - 89
8	8	chain 'A' and (resid 168 through 175 )	A	A	168 - 175	90 - 97
9	9	chain 'A' and (resid 176 through 194 )	A	A	176 - 194	98 - 116
10	10	chain 'A' and (resid 195 through 201 )	A	A	195 - 201	117 - 123
11	11	chain 'A' and (resid 202 through 202 )	A	A	202	124
12	12	chain 'B' and (resid 96 through 102 )	B	B	96 - 102	16 - 22
13	13	chain 'B' and (resid 103 through 114 )	B	B	103 - 114	23 - 34
14	14	chain 'B' and (resid 115 through 123 )	B	B	115 - 123	35 - 43
15	15	chain 'B' and (resid 124 through 139 )	B	B	124 - 139	44 - 59
16	16	chain 'B' and (resid 140 through 153 )	B	B	140 - 153	60 - 73
17	17	chain 'B' and (resid 154 through 160 )	B	B	154 - 160	74 - 80
18	18	chain 'B' and (resid 161 through 167 )	B	B	161 - 167	81 - 87
19	19	chain 'B' and (resid 168 through 176 )	B	B	168 - 176	88 - 96
20	20	chain 'B' and (resid 177 through 188 )	B	B	177 - 188	97 - 108
21	21	chain 'B' and (resid 189 through 194 )	B	B	189 - 194	109 - 114
22	22	chain 'B' and (resid 195 through 201 )	B	B	195 - 201	115 - 121
23	23	chain 'B' and (resid 202 through 204 )	B	B	202 - 204	122 - 124

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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