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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m97 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the bromodomain from Plasmodium falciparum bromodomain protein 1 | ||||||
要素 | Bromodomain protein 1 | ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN / bromodomain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Glass, K.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the bromodomain from Plasmodium falciparum bromodomain protein 1 著者: Alkrimi, S. / Phillips, M. / Nix, J.C. / Glass, K.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7m97.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7m97.ent.gz | 51 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7m97.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/7m97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/7m97 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5ulcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15037.358 Da / 分子数: 1 / 変異: E458S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1033700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJ72 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.3 M lithium sulfate, 0.1 M tris, pH 8.5, 38% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→35.84 Å / Num. obs: 12597 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 29.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02602 / Rpim(I) all: 0.02602 / Rrim(I) all: 0.0368 / Net I/σ(I): 19.24 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / Rmerge(I) obs: 0.2672 / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / Num. unique obs: 1203 / CC1/2: 0.93 / CC star: 0.982 / Rpim(I) all: 0.2672 / Rrim(I) all: 0.3779 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ulc 解像度: 2→35.84 Å / SU ML: 0.1874 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8313 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 34.9863714822 Å / Origin y: 20.3868843445 Å / Origin z: 40.5860127109 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |