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- PDB-7m8b: Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m8b
タイトルHuman DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 140 s
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
  • DNA polymerase eta
  • DNA/RNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-R(P*A)-D(P*A)-3')
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / Time resolved crystallography / deprotonation / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. ...Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gregory, M.T. / Gao, Y. / Yang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK036146 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction.
著者: Gregory, M.T. / Gao, Y. / Cui, Q. / Yang, W.
履歴
登録2021年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
T: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
P: DNA/RNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-R(P*A)-D(P*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,04912
ポリマ－54,9953
非ポリマー1,0549
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.707, 98.707, 81.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド , 3種, 3分子 ATP

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / RAD30 homolog A / Xeroderma pigmentosum variant type protein


分子量: 48601.707 Da / 分子数: 1 / 変異: S113A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLH, RAD30, RAD30A, XPV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y253, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3628.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-R(P*A)-D(P*A)-3')


分子量: 2764.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 6種, 488分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: 15% PEG 2000 MME, 100 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 38394 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 158226
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.884.10.61118961.009197.7
1.88-1.924.10.50219091.043198
1.92-1.954.10.45418801.052198.3
1.95-1.994.10.33619071.029198.5
1.99-2.044.10.30319131.04198.7
2.04-2.084.10.25218991.035198.9
2.08-2.144.10.21719221.035199
2.14-2.194.10.18619131.021199.3
2.19-2.264.10.16119291.038199.3
2.26-2.334.10.13619250.985199.4
2.33-2.414.10.11519231.038199.7
2.41-2.514.10.1119341.002199.7
2.51-2.624.10.09219231.015199.7
2.62-2.764.10.07819320.998199.9
2.76-2.944.10.06619510.972199.9
2.94-3.164.10.06219380.977199.7
3.16-3.484.20.06419431.001199.4
3.48-3.984.20.05819291.078198.7
3.98-5.024.20.03719110.975198
5.02-404.20.02519171.066195.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4ecq

4ecq


解像度: 1.85→31.46 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 2945 7.68 %
Rwork0.1621 35409 -
obs0.1657 38354 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.15 Å2 / Biso mean: 27.6759 Å2 / Biso min: 5.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→31.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3365 409 61 479 4314
Biso mean--25.18 33.62 -
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9195773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.8051682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005664
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.880.28481630.2191613177696
1.88-1.910.25511270.20631692181998
1.91-1.940.28261380.20951669180798
1.94-1.980.24531300.18771686181699
1.98-2.020.26571390.18731646178598
2.02-2.070.20251480.17461686183499
2.07-2.110.22761240.16971681180599
2.11-2.170.21491480.16511697184599
2.17-2.230.22611440.15761679182399
2.23-2.290.23631330.161217011834100
2.29-2.370.21611260.164517121838100
2.37-2.450.21491600.166216711831100
2.45-2.550.24111640.176416851849100
2.55-2.660.23821370.174617141851100
2.66-2.80.21071480.170816921840100
2.8-2.980.24141380.170117081846100
2.98-3.210.20991300.167517191849100
3.21-3.530.18261370.14031704184199
3.53-4.040.18081470.13411683183099
4.04-5.090.15071280.13341697182598
5.09-31.460.21361360.17481674181095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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