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万見
- PDB-7m6j: Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 by Single Parti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m6j
タイトルHuman Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 by Single Particle Cryo-EM
要素
  • Septin-2
  • Septin-6
  • Septin-7
キーワードCELL CYCLE / Complex / SPA / Cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


septin collar / regulation of L-glutamate import across plasma membrane / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / photoreceptor connecting cilium / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium ...septin collar / regulation of L-glutamate import across plasma membrane / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / photoreceptor connecting cilium / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / cell division site / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / axoneme / cilium assembly / intercellular bridge / stress fiber / enzyme regulator activity / axon terminus / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MAPK6/MAPK4 signaling / kinetochore / spindle / synaptic vesicle / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / regulation of protein localization / microtubule cytoskeleton / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cilium / cadherin binding / GTPase activity / synapse / GTP binding / structural molecule activity / cell surface / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Septin 2 / Septin 7 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Septin-6 / Septin-2 / Septin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Mendonca, D.C. / Pereira, H.M. / van Heel, M. / Portugal, R.V. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/15340-2 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/20209-5 ブラジル
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021
タイトル: An atomic model for the human septin hexamer by cryo-EM.
著者: Deborah C Mendonça / Samuel L Guimarães / Humberto D'Muniz Pereira / Andressa A Pinto / Marcelo A de Farias / Andre S de Godoy / Ana P U Araujo / Marin van Heel / Rodrigo V Portugal / Richard C Garratt /
要旨: In order to form functional filaments, human septins must assemble into hetero-oligomeric rod-like particles which polymerize end-to-end. The rules governing the assembly of these particles and the ...In order to form functional filaments, human septins must assemble into hetero-oligomeric rod-like particles which polymerize end-to-end. The rules governing the assembly of these particles and the subsequent filaments are incompletely understood. Although crystallographic approaches have been successful in studying the separate components of the system, there has been difficulty in obtaining high resolution structures of the full particle. Here we report a first cryo-EM structure for a hexameric rod composed of human septins 2, 6 and 7 with a global resolution of ~3.6 Å and a local resolution of between ~3.0 Å and ~5.0 Å. By fitting the previously determined high-resolution crystal structures of the component subunits into the cryo-EM map, we are able to provide an essentially complete model for the particle. This exposes SEPT2 NC-interfaces at the termini of the hexamer and leaves internal cavities between the SEPT6-SEPT7 pairs. The floor of the cavity is formed by the two α helices including their polybasic regions. These are locked into place between the two subunits by interactions made with the α and α helices of the neighbouring monomer together with its polyacidic region. The cavity may serve to provide space allowing the subunits to move with respect to one another. The elongated particle shows a tendency to bend at its centre where two copies of SEPT7 form a homodimeric G-interface. Such bending is almost certainly related to the ability of septin filaments to recognize and even induce membrane curvature.
履歴
登録2021年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年7月7日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23698
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-2
B: Septin-6
C: Septin-7
D: Septin-7
E: Septin-6
F: Septin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,15113
ポリマ－262,3076
非ポリマー2,8437
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area24750 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area71900 Å2

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AFBECD

#1: タンパク質 Septin-2 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 5 / NEDD-5


分子量: 31748.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN2, DIFF6, KIAA0158, NEDD5, SEPT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15019
#2: タンパク質 Septin-6


分子量: 48948.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN6, KIAA0128, SEP2, SEPT6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14141
#3: タンパク質 Septin-7 / CDC10 protein homolog


分子量: 50456.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN7, CDC10, SEPT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16181

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非ポリマー , 3種, 7分子

#4: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 1/2 BIT CUT-OFF / 粒子像の数: 108262 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00413171
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69317879
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.9931813
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0482039
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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