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万見
- PDB-7m4d: DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m4d
タイトルDNA Polymerase Lambda, dCTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
  • DNA polymerase lambda
キーワードREPLICATION (DNA複製) / Time-Lapse Crystallography / Double Strand Break Repair / DNA Synthesis Fidelity
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.817 Å
データ登録者Jamsen, J.A. / Wilson, S.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01-ES050158 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01-ES050161 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1K99ES029572-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Watching right and wrong nucleotide insertion captures hidden polymerase fidelity checkpoints.
著者: Jamsen, J.A. / Shock, D.D. / Wilson, S.H.
履歴
登録2021年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase lambda
T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,86512
ポリマ－43,0634
非ポリマー8018
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.750, 59.917, 141.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase lambda / / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa


分子量: 36703.977 Da / 分子数: 1 / 変異: C543A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UGP5, DNAポリメラーゼ, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

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DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 1793.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 5種, 208分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP / デオキシシチジン三リン酸


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.817→50 Å / Num. obs: 43383 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.103 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.82-1.856.20.85921160.740.3670.9360.9599.8
1.85-1.896.50.81221110.7780.340.8810.96599.2
1.89-1.926.70.66621600.8280.2740.7220.98699.8
1.92-1.966.80.5521180.8870.2250.5951.03999.7
1.96-26.70.4721580.9090.1930.5091.08499.6
2-2.056.80.37621390.9470.1540.4071.111100
2.05-2.16.80.321320.9580.1230.3251.17799.7
2.1-2.166.80.25921500.9670.1060.281.2199.8
2.16-2.226.80.22521500.9760.0930.2441.26100
2.22-2.296.80.19421310.9790.080.211.27999.9
2.29-2.376.80.16321540.9830.0680.1761.19699.9
2.37-2.476.80.14221720.9890.0590.1541.24299.8
2.47-2.586.80.11921690.9880.050.1291.16299.9
2.58-2.726.80.10121560.9880.0430.111.126100
2.72-2.896.80.08921820.9920.0370.0961.0299.9
2.89-3.116.80.08421870.990.0360.0911.066100
3.11-3.436.80.07622090.9920.0320.0831.052100
3.43-3.926.80.07222120.9920.0310.0781.095100
3.92-4.946.70.07622380.9910.0330.0831.0299.6
4.94-506.30.09323390.9870.0410.1020.99498

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.15.2-3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UPQ

3upq


解像度: 1.817→39.212 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 2122 4.9 %
Rwork0.2104 41197 -
obs0.2125 43319 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 240.48 Å2 / Biso mean: 52.2665 Å2 / Biso min: 22.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.817→39.212 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2309 426 55 201 2991
Biso mean--72.21 55.09 -
残基数----339
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8173-1.85960.32091330.2769268098
1.8596-1.90610.29691420.26832671100
1.9061-1.95760.31231450.24712706100
1.9576-2.01520.30411400.24612705100
2.0152-2.08020.27911360.22622745100
2.0802-2.15460.25371340.22392721100
2.1546-2.24080.26681440.22382719100
2.2408-2.34280.2441490.22312716100
2.3428-2.46630.25991320.21192747100
2.4663-2.62080.26331480.21622730100
2.6208-2.82310.26541370.22182779100
2.8231-3.10710.25351510.22462742100
3.1071-3.55640.2271370.19292807100
3.5564-4.47970.23491500.18172802100
4.4797-39.2120.2621440.2158292798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71040.1107-0.68580.5715-0.40270.7890.0091-0.75160.50760.31230.221-0.28620.65710.68640.01510.56470.2217-0.14620.8273-0.05750.4502-8.623-27.8825.754
21.06660.5059-0.19782.14530.55461.54550.03540.07770.1144-0.02930.09910.0469-0.1447-0.01910.00010.24060.0312-0.00280.27840.00070.3309-13.323-5.8644.56
31.3493-0.3344-0.90931.17510.5032.1093-0.0198-0.38680.05430.38440.05330.07980.05630.0053-0.00010.40450.00070.02940.379-0.04910.3756-18.015-0.9922.018
40.15840.04760.05480.19180.09890.1423-0.5701-0.23250.3372-0.8380.59630.46270.6203-0.1735-0.00090.5329-0.10920.00890.48080.06450.3837-27.492-19.56726.465
50.29240.16750.22110.4201-0.42731.07090.0506-0.21820.09090.40590.53140.4503-1.0298-0.9840.02430.44150.06580.09640.50010.02860.4672-28.237-6.3139.411
60.1145-0.101-0.11180.2350.07490.24710.1453-0.40370.37420.3797-0.1088-0.2002-0.223-0.2648-0.00060.29750.0068-0.01230.3254-0.0210.287-25.75-13.5128.618
70.44840.083-0.07010.22380.17070.17060.0299-0.58520.32390.51780.09770.16291.05580.3219-0.00320.67830.05740.09290.58620.05430.4229-20.3-24.9630.697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 252:325 )A252 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 326:471 )A326 - 471
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 472:575 )A472 - 575
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN T AND RESID 1:5 )T1 - 5
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN T AND RESID 6:11 )T6 - 11
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN P AND RESID 1:6 )P1 - 6
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 1:4 )D1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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