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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m4c | ||||||||||||
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タイトル | DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 960 min | ||||||||||||
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![]() | REPLICATION / Time-Lapse Crystallography / Double Strand Break Repair / DNA Synthesis Fidelity | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Jamsen, J.A. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Watching right and wrong nucleotide insertion captures hidden polymerase fidelity checkpoints. 著者: Jamsen, J.A. / Shock, D.D. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7m43C ![]() 7m44C ![]() 7m45C ![]() 7m46C ![]() 7m47C ![]() 7m48C ![]() 7m49C ![]() 7m4aC ![]() 7m4bC ![]() 7m4dC ![]() 7m4eC ![]() 7m4fC ![]() 7m4gC ![]() 7m4hC ![]() 7m4iC ![]() 7m4jC ![]() 7m4kC ![]() 7m4lC ![]() 3upqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36703.977 Da / 分子数: 1 / 変異: C543A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ |
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-DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD
#2: DNA鎖 | 分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2097.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
#4: DNA鎖 | 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 5種, 251分子 ![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-PPV / | ||||||
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#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 % / Mosaicity: 0.197 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 36795 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 323798 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3UPQ 解像度: 1.95→35.874 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.2 Å2 / Biso mean: 42.179 Å2 / Biso min: 18.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→35.874 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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