PDB-7m26: Human carbonic anhydrase II in complex with pioglitazone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m26

タイトル

Human carbonic anhydrase II in complex with pioglitazone

要素

Carbonic anhydrase 2

炭酸脱水酵素

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / glitazone drug class / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport /

分泌 /

cyanamide hydratase /

cyanamide hydratase activity /

arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Mueller, S.L. / Peat, T.S.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: The Glitazone Class of Drugs as Carbonic Anhydrase Inhibitors-A Spin-Off Discovery from Fragment Screening.
著者: Mueller, S.L. / Chrysanthopoulos, P.K. / Halili, M.A. / Hepburn, C. / Nebl, T. / Supuran, C.T. / Nocentini, A. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A.

履歴

登録	2021年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m26.cif.gz	132.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m26.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m23C 7m24C 6odzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ugb-d 3po6-d 3s75-d 1cnb-d 3rz8-d 4cnr-4 5ekj-d 1g53-d 1fqr-d 5jdv-d 6yqu-d 1i9l-d 3dc9-d 1teu-d 3ibl-d 1cnw-d 1tg9-d 1kwq-d 3p5l-d 5m78-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.379, 41.437, 72.069
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.380, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / 炭酸脱水酵素 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29070.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-P1B / (5R)-5-{4-[2-(5-ethylpyridin-2-yl)ethoxy]benzyl}-1,3-thiazolidine-2,4-dione / PIOGLITAZONE / (5R)-5-[4-[2-(5-エチル-2-ピリジル)エトキシ]ベンジル]チアゾリジン-2,4-ジオン / ピオグリタゾン分子量: 356.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein concentration was 4 mg/mL; equal volumes (250 nL) of protein plus reservoir were added to the plate; the reservoir was 1.5 M tri-potassium citrate, 0.1 M tris buffer at pH 8.3.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953656 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953656 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→41.44 Å / Num. obs: 59758 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / R_merge(I) obs: 0.479 / Num. unique obs: 2962 / CC_1/2: 0.862 / R_pim(I) all: 0.32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ODZ

6odz

解像度: 1.3→35.658 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 1.299 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1454	2937	4.916 %
R_work	0.1187	56803	-
all	0.12	-	-
obs	-	59740	99.881 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.912 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.558 Å²	0 Å²	0.187 Å²
2-	-	-0.374 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.739 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→35.658 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2059	0	26	290	2375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.708	1.656	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.491	1.606	5120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.15	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.052	23.846	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.762	15	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.497	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	542
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.236	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.126	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.07	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.082	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.264	1.183	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.26	1.18	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.727	1.791	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.73	1.793	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.854	1.458	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.855	1.458	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.338	2.073	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.338	2.073	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.915	24.199	10641
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.597	23.495	10365
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.241	3	4584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.205	208	0.164	4178	X-RAY DIFFRACTION	99.7045
1.334-1.37	0.186	211	0.153	4078	X-RAY DIFFRACTION	99.559
1.37-1.41	0.171	186	0.132	3979	X-RAY DIFFRACTION	99.6888
1.41-1.453	0.131	187	0.116	3806	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.453-1.501	0.152	183	0.104	3747	X-RAY DIFFRACTION	99.9237
1.501-1.554	0.139	188	0.095	3604	X-RAY DIFFRACTION	99.9736
1.554-1.612	0.138	198	0.089	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
1.612-1.678	0.113	150	0.088	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.753	0.139	162	0.092	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
1.753-1.838	0.139	152	0.094	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.838-1.938	0.141	155	0.104	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.9676
1.938-2.055	0.132	162	0.109	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.055-2.197	0.132	128	0.113	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.197-2.373	0.129	134	0.104	2416	X-RAY DIFFRACTION	99.9608
2.373-2.599	0.139	130	0.111	2233	X-RAY DIFFRACTION	99.9154
2.599-2.905	0.162	113	0.126	2025	X-RAY DIFFRACTION	99.8599
2.905-3.353	0.164	98	0.135	1800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-4.105	0.119	90	0.121	1525	X-RAY DIFFRACTION	99.8763
4.105-5.795	0.16	74	0.147	1195	X-RAY DIFFRACTION	100
5.795-35.658	0.206	28	0.206	695	X-RAY DIFFRACTION	99.0411

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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