PDB-7m1k: Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with 2,6-diflu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m1k

タイトル

Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with 2,6-difluorophenol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.795 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Bridging the functional gap between reactivity and inhibition in dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata: Mechanistic and structural studies with 2,4- and 2,6-dihalophenols.
著者: Malewschik, T. / Carey, L.M. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2021年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m1k.cif.gz	133 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m1k.ent.gz	101 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7m1k_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m1k_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7m1k_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	7m1k_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m1iC 7m1jC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.145, 66.697, 68.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 139分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FFP / 2,6-DIFLUOROPHENOL / 2,6-ジフルオロフェノ-ル分子量: 130.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄F₂O
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulfate, sodium cacodylate, MPEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→37.122 Å / Num. obs: 24292 / % possible obs: 94.22 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.795→1.842 Å / Num. unique obs: 1670 / CC_1/2: 0.776

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ixf

3ixf

解像度: 1.795→37.122 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.318 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	1217	5.01 %
R_work	0.1713	23075	-
all	0.174	-	-
obs	-	24292	94.224 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.311 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.085 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.396 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.795→37.122 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2137	0	144	128	2409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.929	1.698	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.574	1.622	5902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.968	5	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.33	23.289	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.251	15	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.104	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.138	1.675	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.138	1.674	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.761	2.51	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.761	2.512	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.942	1.969	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.937	1.964	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.911	2.878	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.911	2.874	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.652	21.244	3592
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.612	21.137	3575

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.795-1.842	0.251	72	0.234	1670	X-RAY DIFFRACTION	93.9084
1.842-1.892	0.262	111	0.214	1666	X-RAY DIFFRACTION	97.0508
1.892-1.947	0.265	94	0.201	1633	X-RAY DIFFRACTION	96.8049
1.947-2.007	0.219	76	0.198	1525	X-RAY DIFFRACTION	92.8654
2.007-2.072	0.236	71	0.168	1509	X-RAY DIFFRACTION	94.2159
2.072-2.145	0.248	90	0.173	1488	X-RAY DIFFRACTION	96.9883
2.145-2.226	0.2	60	0.158	1446	X-RAY DIFFRACTION	96.4766
2.226-2.316	0.267	65	0.168	1396	X-RAY DIFFRACTION	96.372
2.316-2.419	0.193	67	0.149	1324	X-RAY DIFFRACTION	95.931
2.419-2.537	0.187	58	0.147	1276	X-RAY DIFFRACTION	95.2857
2.537-2.673	0.214	63	0.155	1196	X-RAY DIFFRACTION	94.0957
2.673-2.835	0.242	56	0.149	1117	X-RAY DIFFRACTION	93.1692
2.835-3.03	0.242	58	0.162	1052	X-RAY DIFFRACTION	92.887
3.03-3.272	0.215	50	0.162	964	X-RAY DIFFRACTION	91.6817
3.272-3.582	0.19	38	0.154	911	X-RAY DIFFRACTION	92.1359
3.582-4.002	0.187	50	0.159	807	X-RAY DIFFRACTION	90.4963
4.002-4.616	0.175	36	0.154	725	X-RAY DIFFRACTION	92.1308
4.616-5.64	0.262	46	0.202	621	X-RAY DIFFRACTION	91.3699
5.64-7.921	0.218	32	0.22	473	X-RAY DIFFRACTION	89.0653
7.921-37.122	0.285	24	0.221	275	X-RAY DIFFRACTION	83.9888

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3049	-0.2724	-0.1717	1.2514	-0.5366	0.569	-0.0298	0.0076	-0.0133	0.1355	-0.0166	-0.0446	-0.0585	0.003	0.0464	0.0399	-0.0154	-0.0068	0.0076	0.0013	0.0039	5.6575	2.3272	-21.294
2	0.2903	0.158	-0.0187	0.5994	-0.2422	0.878	-0.0227	-0.0103	0.0145	-0.0327	0.0464	0.0066	0.0466	-0.0397	-0.0237	0.0242	-0.0102	-0.0018	0.015	0.0039	0.0045	-21.3248	4.7503	-19.3236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 137

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 139分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 139分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 139分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)