PDB-7m1j: Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with 2,6-dibro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m1j

タイトル

Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with 2,6-dibromophenol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.554 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Bridging the functional gap between reactivity and inhibition in dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata: Mechanistic and structural studies with 2,4- and 2,6-dihalophenols.
著者: Malewschik, T. / Carey, L.M. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2021年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m1j.cif.gz	144.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m1j.ent.gz	111 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7m1j_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m1j_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7m1j_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	7m1j_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m1iC 7m1kC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.756, 66.594, 68.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 182分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-94N / 2,6-bis(bromanyl)phenol / 2,6-ジブロモフェノ-ル分子量: 251.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄Br₂O
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfite, sodium cacodylate, MPEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30.4 Å / Num. obs: 36705 / % possible obs: 91.92 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 1.554→1.594 Å / Num. unique obs: 2538 / CC_1/2: 0.868

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ixf

3ixf

解像度: 1.554→30.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 5.507 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2057	1785	4.863 %
R_work	0.1459	34920	-
all	0.149	-	-
obs	-	36705	91.919 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.048 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.913 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.75 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.164 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.554→30.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2123	0	111	176	2410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.953	1.699	3855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.624	1.623	5743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.696	5	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.063	23.377	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.127	15	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.077	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.291	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.135	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.921	1.944	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.906	1.943	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.674	2.94	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.672	2.941	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.567	2.364	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.575	2.363	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.521	3.432	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.534	3.421	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.296	25.157	3471
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.269	25.011	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.736	3	5258

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.554-1.594	0.324	117	0.203	2538	X-RAY DIFFRACTION	91.3627
1.594-1.638	0.3	127	0.195	2598	X-RAY DIFFRACTION	96.6312
1.638-1.685	0.256	119	0.177	2539	X-RAY DIFFRACTION	96.2346
1.685-1.737	0.244	129	0.153	2440	X-RAY DIFFRACTION	95.8582
1.737-1.794	0.242	136	0.146	2371	X-RAY DIFFRACTION	95.7967
1.794-1.857	0.233	128	0.134	2272	X-RAY DIFFRACTION	95.1626
1.857-1.927	0.244	107	0.133	2146	X-RAY DIFFRACTION	92.4497
1.927-2.006	0.2	118	0.123	1826	X-RAY DIFFRACTION	83.541
2.006-2.095	0.21	102	0.122	1852	X-RAY DIFFRACTION	86.4219
2.095-2.197	0.193	87	0.125	1961	X-RAY DIFFRACTION	94.1176
2.197-2.315	0.187	83	0.116	1844	X-RAY DIFFRACTION	94.3221
2.315-2.455	0.188	86	0.118	1768	X-RAY DIFFRACTION	94.0639
2.455-2.624	0.197	107	0.125	1603	X-RAY DIFFRACTION	93.0359
2.624-2.834	0.189	71	0.131	1514	X-RAY DIFFRACTION	91.9907
2.834-3.103	0.226	79	0.146	1368	X-RAY DIFFRACTION	90.721
3.103-3.468	0.185	66	0.151	1223	X-RAY DIFFRACTION	89.3278
3.468-4	0.099	23	0.12	939	X-RAY DIFFRACTION	74.4006
4-4.891	0.149	58	0.144	937	X-RAY DIFFRACTION	89.8014
4.891-6.881	0.288	23	0.229	751	X-RAY DIFFRACTION	88.0546
6.881-30.4	0.261	19	0.256	430	X-RAY DIFFRACTION	84.5574

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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