PDB-7m1b: SusE-like protein BT2857

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m1b

タイトル

SusE-like protein BT2857

要素

Galactose-binding-like protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / SusE-like / Galactose / Bacteroides thetaiotaomicron

機能・相同性

Domain of unknown function DUF5000 / Domain of unknown function DUF4959 / Domain of unknown function DUF5126 / Domain of unknown function (DUF4959) / Domain of unknown function / Domain of unknown function (DUF5126) / Galactose-binding-like domain superfamily / Galactose-binding-like protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Suits, M.D.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: Analysis of Two SusE-Like Enzymes From Bacteroides thetaiotaomicron Reveals a Potential Degradative Capacity for This Protein Family.
著者: Stevenson, J. / Ngo, M. / Brandt, A. / Weadge, J.T. / Suits, M.D.L.

履歴

登録	2021年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m1b.cif.gz	128.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m1b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m1aSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ezb-d 3u1u-2 1dyi-d 2qdj-d 4bi4-d 5e8q-d 2yoy-d 4v0k-d 6dcn-d 1rb2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Galactose-binding-like protein

ヘテロ分子

43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.650, 48.790, 112.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.602, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-672- HOH
2	1	AAA-794- HOH

#1: タンパク質	Galactose-binding-like protein / BT3158 分子量: 43179.773 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-402 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3158 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A2Z7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 24% w/v PEG4000, 8.0% v/v ethylene glycol, 0.4 M magnesium chloride, 100 mM Tris:HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→40.5 Å / Num. obs: 63258 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 9179 / CC_1/2: 0.939 / R_pim(I) all: 0.193 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 7M1A

7m1a

解像度: 1.5→40.487 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 2.761 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2368	3163	5 %
R_work	0.2007	60093	-
all	0.203	-	-
obs	-	63256	99.913 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.879 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.098 Å²	0 Å²	0.473 Å²
2-	-	-2.217 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.797 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2160	0	4	229	2393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.92	1.638	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.948	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.529	22.823	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.191	15	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.361	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.202	2.549	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.292	3.814	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.764	2.898	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.852	4.216	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.567	35.427	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	9.606	3	2231

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.25	233	0.212	4427	0.214	4667	0.874	0.891	99.85	0.186
1.539-1.581	0.229	225	0.186	4282	0.189	4513	0.894	0.908	99.8671	0.162
1.581-1.627	0.206	219	0.174	4164	0.176	4387	0.915	0.92	99.9088	0.147
1.627-1.677	0.24	215	0.169	4074	0.172	4293	0.902	0.932	99.9068	0.143
1.677-1.732	0.206	207	0.166	3938	0.168	4147	0.924	0.935	99.9518	0.139
1.732-1.792	0.193	201	0.16	3826	0.161	4031	0.926	0.941	99.9008	0.136
1.792-1.86	0.222	195	0.151	3693	0.154	3891	0.92	0.942	99.9229	0.133
1.86-1.936	0.177	188	0.155	3569	0.156	3757	0.946	0.947	100	0.141
1.936-2.021	0.199	178	0.166	3383	0.168	3565	0.928	0.941	99.8878	0.157
2.021-2.12	0.207	173	0.171	3298	0.173	3473	0.937	0.945	99.9424	0.164
2.12-2.234	0.23	161	0.181	3061	0.183	3224	0.907	0.934	99.938	0.178
2.234-2.369	0.237	154	0.186	2911	0.189	3070	0.923	0.937	99.8371	0.188
2.369-2.532	0.243	146	0.185	2778	0.188	2927	0.927	0.944	99.8975	0.193
2.532-2.734	0.203	135	0.191	2570	0.192	2705	0.945	0.94	100	0.203
2.734-2.994	0.238	126	0.207	2396	0.209	2522	0.922	0.93	100	0.225
2.994-3.345	0.246	113	0.204	2137	0.206	2252	0.921	0.94	99.9112	0.235
3.345-3.858	0.229	101	0.202	1921	0.203	2023	0.928	0.943	99.9506	0.24
3.858-4.714	0.252	86	0.217	1636	0.219	1723	0.924	0.937	99.942	0.276
4.714-6.622	0.336	67	0.274	1279	0.277	1346	0.91	0.912	100	0.353
6.622-40.487	0.317	40	0.344	750	0.343	793	0.877	0.892	99.6217	0.479

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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