PDB-7m0n: The crystal structure of wild type PA endonuclease (A/Vietnam/120...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m0n

タイトル

The crystal structure of wild type PA endonuclease (A/Vietnam/1203/2004) in complex with Raltegravir

要素

Protein PA-X

キーワード

VIRAL PROTEIN/Inhibitor / NUCLEASE / INFLUENZA / INHIBITOR RESISTANCE / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cuypers, M.G. / Slavish, P.J. / Yun, M.K. / Dubois, R. / Rankovic, Z. / White, S.W.

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Chemical scaffold recycling: Structure-guided conversion of an HIV integrase inhibitor into a potent influenza virus RNA-dependent RNA polymerase inhibitor designed to minimize resistance potential.
著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / ...

履歴

登録	2021年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月29日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m0n.cif.gz	392.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m0n.ent.gz	270.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7m0n_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m0n_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7m0n_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	7m0n_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6v6xC 6v9eC 6vbrC 6vg9C 6vivC 6vjhC 6vl3C 6wijC 6wj4C 7k87C 7lm4C 7lw6C 7mpfC 7mtyC 7n47C 7n55C 7n68C 7n8fC 7rkpC 7umrC 7uuhC 8dipC 8dpjC 8dtwC 8e4sC 4e5fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e5g-d 4e5f-d 4e5e-d 4e5h-d 4e5j-d 4e5i-d 4n71-d 4e5l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein PA-X

B: Protein PA-X

C: Protein PA-X

D: Protein PA-X

ヘテロ分子

91.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.702, 135.126, 126.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Protein PA-X 分子量: 21915.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/ruddy turnstone/New Jersey/Sg-00524/2008(H4N6)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/ruddy turnstone/New Jersey/Sg-00524/2008(H4N6) / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6Y633

-
非ポリマー , 5種, 214分子

#2: 化合物	ChemComp-RLT / N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide / RALTEGRAVIR, MK0518 分子量: 444.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁FN₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.5M ammonium sulfate, 2% PEG1500, 0.1 M Tris pH 8.0, and 1 mM MnCl2. then overnight crystals soak in 1.65 M ammonium sulfate, 2% PEG1500, 0.1 M Tris pH 8.0, 5 mM MnCl2, 10 mM MnCl2 and 20mM Raltegravir.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97999 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→46.22 Å / Num. obs: 42607 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 53.2 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4317 / CC_1/2: 0.771 / R_pim(I) all: 0.303 / R_rim(I) all: 0.718 / Χ²: 0.86 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4E5F

4e5f

解像度: 2.4→42.44 Å / SU ML: 0.3039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8017
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: crazy

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2314	2099	4.94 %
R_work	0.1915	40425	-
obs	0.1935	42524	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5962	0	206	189	6357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	6293
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5275	8487
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0391	883
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	1084
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.6207	2390

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.319	119	0.2866	2569	X-RAY DIFFRACTION	94.65
2.46-2.52	0.2808	139	0.2422	2609	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.52-2.59	0.3	133	0.2331	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.59-2.66	0.283	140	0.2396	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.66-2.75	0.3683	137	0.2699	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.75-2.85	0.342	126	0.272	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.85-2.96	0.2988	139	0.2413	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.96-3.09	0.3049	141	0.2394	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.09-3.26	0.2882	148	0.2509	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.46	0.2978	139	0.224	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.46-3.73	0.2436	130	0.1853	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.73-4.1	0.2129	139	0.1579	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.7	0.1874	136	0.1412	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.7-5.91	0.168	162	0.1631	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.91-42.44	0.1885	171	0.1722	2817	X-RAY DIFFRACTION	98.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.06418079317	-1.36536621431	1.94278200227	6.36182294872	3.17043588063	6.04670319435	-0.581298820898	-0.119801778958	0.774189784377	-0.0777272320698	0.434090662925	0.657385156332	-0.772607136068	-0.628308148571	0.15883523089	0.716493457624	0.211201177192	0.0843318611933	0.478341576447	0.207361698576	0.638168569437	-41.9454163468	-3.44866178717	24.8810451745
2	3.19593331459	0.388118617088	2.62690046317	2.36710968327	0.859225474485	4.15895526283	-0.0434586846847	-0.0515504104093	-0.0425745716426	0.154146066171	0.0402261276201	0.307157340891	0.455170672606	-0.0682238835987	0.0132627731245	0.591184176542	0.0210995292776	0.131420373088	0.433293071589	0.218236191518	0.489257272209	-47.7147218058	-19.5687821522	17.1423790598
3	8.06347637131	0.796448950921	1.1604656995	6.60722107085	-0.957694190421	8.68500061112	0.0594984371422	-0.737877394324	0.2048285267	0.225527497948	-0.296581840792	0.368957300971	0.5700040882	-1.03474070857	0.185445598867	0.963766516116	0.0107441171463	0.0781501714953	0.616323074204	0.165666370446	0.46268014096	-48.0136632618	-27.2263371514	27.9167367963
4	4.11257042595	3.05222077195	2.46730835493	6.40887616625	3.6520419486	4.19970640099	0.0805219059914	-0.114947995178	-0.527145589251	0.398262610914	0.259870731788	-0.545132130961	0.349084739501	0.23780356273	-0.31807333902	0.633407031801	0.182315384836	0.0808475380854	0.49690926148	0.212587917468	0.446181838439	-33.0504580107	-22.5363638584	25.2500613345
5	4.33773996823	-0.396077589497	-0.709964574114	2.95664248739	2.06562724363	3.4798903139	-0.083512798964	-0.282275640645	-0.311544385715	0.724938691684	0.222964686219	0.718085356145	-0.158245360888	-1.17046529239	-0.128140858858	1.12961120014	0.0495163859643	0.168505120762	1.01857048391	0.172070022832	0.552386255093	-42.9360342966	-14.3253752401	36.9664782691
6	9.16189871363	-1.22910834807	-3.68269421754	7.7069670192	0.616382275905	9.06049869298	0.114616904109	0.426699522777	1.10183310489	-0.363692102594	0.571761631291	-0.404405412607	-1.22859646258	0.0881601178093	-0.728443911109	0.620779137308	-0.142330236502	-0.0788304824505	0.36521646317	0.100251992435	0.659185233881	-53.625388067	-4.66050006517	-9.02431213064
7	9.77493948967	-5.6154271092	-0.0389482173471	3.42064074281	0.243515883185	2.25957760926	0.0631561818551	0.735562125625	0.607215759286	-0.262309430147	-0.142360028919	-0.17571833753	-0.199748104111	-0.270126685677	0.138909496168	0.574464239122	-0.184009847383	-0.108405072125	0.537415730974	0.119571076009	0.640597656132	-55.055617808	-11.277181931	-11.1180732536
8	4.86525573933	1.05870261986	-3.89611210603	4.74679692381	-1.29249231833	6.03232492678	-0.0215304904732	0.321600331279	-0.267855847452	-0.33652963608	-0.00967874032658	0.126997415835	0.19909435468	-0.136055685745	0.0676998804148	0.412918360151	-0.154493236233	-0.0755227597606	0.38779395996	-0.0718488824498	0.492456072284	-45.3948922042	-22.6843188454	-19.0739911121
9	8.3949850065	2.8940566427	-4.14234368515	7.62653259616	-2.831427645	2.33221950729	-0.676828707983	0.714910543579	0.202000393973	-0.635074651015	0.170305311763	0.488445922702	0.992954621735	-1.49220444634	0.529520373308	0.688664707221	-0.24639638272	-0.0140869057672	0.707973591782	-0.0630657611705	1.03215395564	-61.5830977092	-28.0383749268	-16.9999216936
10	6.57477034245	0.352518997566	-0.526483064325	5.64609930502	-3.3591865843	2.15564549085	0.32715099967	-0.0091644308294	-0.467143259292	-0.358086804415	-0.0236918479072	-0.14556666445	-0.23604998256	0.525209808324	-0.2361032939	0.474564909998	-0.219658976954	-0.00502310635505	0.443040751161	-0.0342431149774	0.799211264053	-53.1087680922	-28.9747816901	-15.496516566
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18	6.02753243093	0.38719471868	4.29109415307	3.9262919544	1.25407566216	5.67152567871	0.177392609285	-0.0319891328159	-0.148978006982	-0.158992097934	0.0192149546899	-0.317918427816	0.41018573065	0.223351981126	-0.184584171537	0.559624075681	0.0491266909287	0.0295885826363	0.392671045318	-0.180640581852	0.49533195341	-11.0607710254	-22.5782874342	-13.9055677162
19	5.94982217682	2.63392738323	0.25051198624	7.29394407685	-0.917587791161	5.79450796371	0.125083861676	0.235364702794	-0.505816352825	0.177558659618	-0.125494070405	-1.12707516202	0.708866354902	0.8208534039	-0.0581789637788	0.746104300371	0.0214260394475	-0.0290545436381	0.664473924335	-0.308229733944	0.641381650437	-13.435200672	-28.9657582235	-25.8935496201
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21	6.99468733144	-0.328397543716	-1.41443248355	4.54745195745	-2.29944027675	1.50121543851	0.0590916075454	1.89032994678	-0.869508370832	-0.997622114919	0.223038379232	-0.398006130484	0.570815541072	1.79817730989	-0.191608447995	0.98737882012	-0.0269496751174	0.115289031391	1.36024240631	-0.18645515012	0.609547628236	-19.1213979236	-16.0797088237	-33.4769542229

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 31 )	A	A	1 - 31	1 - 31
2	2	chain 'A' and (resid 32 through 126 )	A	A	32 - 126	32 - 107
3	3	chain 'A' and (resid 127 through 149 )	A	A	127 - 149	108 - 130
4	4	chain 'A' and (resid 150 through 185 )	A	A	150 - 185	131 - 166
5	5	chain 'A' and (resid 186 through 203 )	A	A - B	186 - 301	167
6	6	chain 'B' and (resid 1 through 23 )	B	C	1 - 23	1 - 23
7	7	chain 'B' and (resid 24 through 50A)	B	C	24 - 50	24 - 51
8	8	chain 'B' and (resid 50B through 126 )	B	C	50 - 126	52 - 107
9	9	chain 'B' and (resid 127 through 138 )	B	C	127 - 138	108 - 119
10	10	chain 'B' and (resid 139 through 149 )	B	C	139 - 149	120 - 130
11	11	chain 'B' and (resid 150 through 185 )	B	C	150 - 185	131 - 166
12	12	chain 'B' and (resid 186 through 202 )	B	C	186 - 202	167 - 183
13	13	chain 'C' and (resid 1 through 31 )	C	G	1 - 31	1 - 31
14	14	chain 'C' and (resid 32 through 126 )	C	G	32 - 126	32 - 107
15	15	chain 'C' and (resid 127 through 185 )	C	G	127 - 185	108 - 166
16	16	chain 'C' and (resid 186 through 205 )	C	G	186 - 205	167 - 186
17	17	chain 'D' and (resid 1 through 50A)	D	I	1 - 50	1 - 51
18	18	chain 'D' and (resid 50B through 126 )	D	I	50 - 126	52 - 107
19	19	chain 'D' and (resid 127 through 149 )	D	I	127 - 149	108 - 130
20	20	chain 'D' and (resid 150 through 185 )	D	I	150 - 185	131 - 166
21	21	chain 'D' and (resid 186 through 202 )	D	I - M	186 - 304	167

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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