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- PDB-7lzq: Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with OICR-4425 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lzq
タイトルCrystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with OICR-4425
要素B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / immunity / inflammatory response / transcription repressor / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / heterochromatin formation / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YJV / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Kuntz, D.A. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of OICR12694: A Novel, Potent, Selective, and Orally Bioavailable BCL6 BTB Inhibitor.
著者: Mamai, A. / Chau, A.M. / Wilson, B.J. / Watson, I.D. / Joseph, B.B. / Subramanian, P.R. / Morshed, M.M. / Morin, J.A. / Prakesch, M.A. / Lu, T. / Connolly, P. / Kuntz, D.A. / Pomroy, N.C. / ...著者: Mamai, A. / Chau, A.M. / Wilson, B.J. / Watson, I.D. / Joseph, B.B. / Subramanian, P.R. / Morshed, M.M. / Morin, J.A. / Prakesch, M.A. / Lu, T. / Connolly, P. / Kuntz, D.A. / Pomroy, N.C. / Poda, G. / Nguyen, K. / Marcellus, R. / Strathdee, G. / Theriault, B. / Subramaniam, R. / Mohammed, M. / Abibi, A. / Chan, M. / Winston, J. / Kiyota, T. / Undzys, E. / Aman, A. / Austin, N. / Du Jardin, M. / Packman, K. / Phillippar, U. / Attar, R. / Edwards, J. / O'Meara, J. / Uehling, D.E. / Al-Awar, R. / Prive, G.G. / Isaac, M.B.
履歴
登録2021年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1973
ポリマ－14,8021
非ポリマー3952
水2,324129
1
A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子

A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3946
ポリマ－29,6042
非ポリマー7904
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area4830 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.412, 71.626, 54.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.782, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-344-

HOH

21A-363-

HOH

31A-409-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 14802.160 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB domain, residues 1-129 / 変異: C8Q, C67R, C84N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P41182
#2: 化合物 ChemComp-YJV / N-(3-chloropyridin-4-yl)-2-(5-methyl-4-oxo-4,5-dihydro-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-1-yl)acetamide


分子量: 316.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13ClN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein (Bcl6 BTB domain(1-129) 13 mg/ml in protein buffer( 20 mM Tris pH 8.3, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM TECEP)) was mixed 1:1 with reservoir buffer (1.3M sodium formate, 0.1M Na ...詳細: Protein (Bcl6 BTB domain(1-129) 13 mg/ml in protein buffer( 20 mM Tris pH 8.3, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM TECEP)) was mixed 1:1 with reservoir buffer (1.3M sodium formate, 0.1M Na acetate pH 5.2. Ostwald ripening of the early appearing crystals took place over about 5 days. To affect a partial dehydration the reservoir buffer was exchanged in 0.5 M steps to 4 M Na formate/0.1M Na acetate pH 5.2. In separate wells drops of soaking buffer ((1 M Na formate, 5% glycerol, 50 mM Na acetate pH5.2, 10 mM Tris pH 8.3, 150 mM NaCl) was also equilibrated against the 4 M formate/acetate. Crystals were transferred to equilibrated soaking buffer to which 2.5 mM OICR-4425 and 5% DMSO had been added.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→27.21 Å / Num. obs: 12163 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 16.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique obs: 1464 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.153 / % possible all: 80.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R28

1r28


解像度: 1.71→27.2 Å / SU ML: 0.2335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.8962
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 564 4.73 %
Rwork0.156 11372 -
obs0.1578 11936 96.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→27.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1024 0 26 129 1179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01461107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6741501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0953174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9246423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.880.27841410.21982602X-RAY DIFFRACTION89.79
1.88-2.150.19791290.16692928X-RAY DIFFRACTION99.12
2.15-2.710.19881470.1512889X-RAY DIFFRACTION99.05
2.71-27.20.17051470.14312953X-RAY DIFFRACTION99.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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