[日本語] English
万見
- PDB-7lz6: The Cryo-EM structure of a complex between GAD65 and b96.11 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lz6
タイトルThe Cryo-EM structure of a complex between GAD65 and b96.11 Fab
要素
  • Glutamate decarboxylase 2
  • b96.11 Fab heavy chain
  • b96.11 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Neurotransmitter biosynthesis / Autoantibody / autoantigen / type 1 diabetes / stiff person syndrome / GABA
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA synthesis / gamma-aminobutyrate shunt / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling / glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / pyridoxal phosphate binding / presynaptic membrane ...GABA synthesis / gamma-aminobutyrate shunt / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling / glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / pyridoxal phosphate binding / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / Golgi membrane / axon / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate decarboxylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Reboul, C.F. / Le, S.N. / Williams, D.E. / Buckle, A.M.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure and dynamics of GAD65 in complex with an autoimmune polyendocrine syndrome type 2-associated autoantibody.
著者: Susanne H D Ständer / Cyril F Reboul / Sarah N Le / Daniel E Williams / Peter G Chandler / Mauricio G S Costa / David E Hoke / John D T Jimma / James Fodor / Gustavo Fenalti / Stuart I ...著者: Susanne H D Ständer / Cyril F Reboul / Sarah N Le / Daniel E Williams / Peter G Chandler / Mauricio G S Costa / David E Hoke / John D T Jimma / James Fodor / Gustavo Fenalti / Stuart I Mannering / Benjamin T Porebski / Peter Schofield / Daniel Christ / Malcolm Buckle / Sheena McGowan / Dominika Elmlund / Kasper D Rand / Ashley M Buckle /
要旨: The enzyme glutamate decarboxylase (GAD) produces the neurotransmitter GABA, using pyridoxal-5'-phosphate (PLP). GAD exists as two isoforms, GAD65 and GAD67. Only GAD65 acts as a major autoantigen, ...The enzyme glutamate decarboxylase (GAD) produces the neurotransmitter GABA, using pyridoxal-5'-phosphate (PLP). GAD exists as two isoforms, GAD65 and GAD67. Only GAD65 acts as a major autoantigen, frequently implicated in type 1 diabetes and other autoimmune diseases. Here we characterize the structure and dynamics of GAD65 and its interaction with the autoimmune polyendocrine syndrome type 2-associated autoantibody b96.11. Using hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX), X-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and computational approaches, we examine the conformational dynamics of apo- and holoGAD65 and the GAD65-autoantibody complex. HDX reveals local dynamics accompanying autoinactivation, with the catalytic loop promoting collective motions at the CTD-PLP domain interface. In the GAD65-b96.11 complex, heavy chain CDRs dominate the interaction, with a long CDRH3 bridging the GAD65 dimer via electrostatic interactions with the PEVKEKmotif. This bridging links structural elements controlling GAD65's conformational flexibility to its autoantigenicity. Thus, intrinsic dynamics, rather than sequence differences within epitopes, appear to be responsible for the contrasting autoantigenicities of GAD65 and GAD67. Our findings elucidate the structural and dynamic factors that govern the varying autoantibody reactivities of GAD65 and GAD67, offering a revised rationale for the autoimmune response to GAD65.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structure and dynamics of the autoantigen GAD65 in complex with the human autoimmune polyendocrine syndrome type 2-associated autoantibody b96.11
著者: Stander, S.H.D. / Reboul, C.F. / Le, S.N. / Williams, D.E. / Chandler, P.G. / Costa, M.G.S. / Hoke, D.E. / Jimma, J.D.T. / Fodor, J. / Fenalti, G. / Mannering, S.I. / Porebski, B.T. / ...著者: Stander, S.H.D. / Reboul, C.F. / Le, S.N. / Williams, D.E. / Chandler, P.G. / Costa, M.G.S. / Hoke, D.E. / Jimma, J.D.T. / Fodor, J. / Fenalti, G. / Mannering, S.I. / Porebski, B.T. / Schofield, P. / Christ, D. / Buckle, M. / McGowan, S. / Elmlund, D. / Rand, K.D. / Buckle, A.M.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_related
Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_related
Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutamate decarboxylase 2
B: Glutamate decarboxylase 2
C: b96.11 Fab heavy chain
D: b96.11 Fab light chain
E: b96.11 Fab heavy chain
F: b96.11 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,3366
ポリマ－208,3366
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS), surface plasmon resonance, The binding affinity of b96.11 to GAD65 was measured using surface plasmon resonance (BIAcore T-100)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Glutamate decarboxylase 2 / 65 kDa glutamic acid decarboxylase / GAD-65 / Glutamate decarboxylase 65 kDa isoform


分子量: 56554.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAD2, GAD65 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q05329, glutamate decarboxylase
#2: 抗体 b96.11 Fab heavy chain


分子量: 24553.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 b96.11 Fab light chain


分子量: 23060.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: GAD65-b96.11 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Constant temperature and 100% humidity during the blotting process
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 63.63 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: EMAN2 / カテゴリ: 画像取得 / 詳細: Automatically picked with the Gaussian picker
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25700 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る