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- PDB-7lyu: Reelin repeat 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lyu
タイトルReelin repeat 8
要素Reelin
キーワードSIGNALING PROTEIN / glycoprotein / secreted protein / egf-like motif
機能・相同性
機能・相同性情報


spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / Reelin signalling pathway / lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of AMPA receptor activity / positive regulation of CREB transcription factor activity / regulation of synaptic activity ...spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / Reelin signalling pathway / lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of AMPA receptor activity / positive regulation of CREB transcription factor activity / regulation of synaptic activity / postsynaptic density assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / ventral spinal cord development / regulation of behavior / positive regulation of synapse maturation / interneuron migration / motor neuron migration / receptor localization to synapse / layer formation in cerebral cortex / NMDA glutamate receptor clustering / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / glial cell differentiation / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / reelin-mediated signaling pathway / protein localization to synapse / regulation of synapse maturation / regulation of neuron migration / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of neuron differentiation / response to pain / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / forebrain development / dendrite development / associative learning / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of TOR signaling / long-term memory / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / serine-type peptidase activity / extracellular matrix / axon guidance / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / learning / hippocampus development / locomotory behavior / positive regulation of neuron projection development / modulation of chemical synaptic transmission / brain development / cerebral cortex development / long-term synaptic potentiation / cell morphogenesis / neuron migration / cell migration / regulation of gene expression / : / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / receptor ligand activity / dendrite / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Reelin / : / Reelin subrepeat B / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Teneurin-like EGF domain / Sialidase superfamily / Galactose-binding domain-like / Epidermal growth factor-like domain. ...Reelin / : / Reelin subrepeat B / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Teneurin-like EGF domain / Sialidase superfamily / Galactose-binding domain-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Turk, L.S. / Comoletti, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1755189 米国
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2022
タイトル: Structure of Reelin repeat 8 and the adjacent C-terminal region.
著者: Turk, L.S. / Currie, M.J. / Dobson, R.C.J. / Comoletti, D.
履歴
登録2021年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_keywords.text
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reelin
B: Reelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,94710
ポリマ－93,4682
非ポリマー3,4798
水00
1
A: Reelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6365
ポリマ－46,7341
非ポリマー1,9024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Reelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3125
ポリマ－46,7341
非ポリマー1,5784
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.171, 104.059, 67.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.109, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3054 through 3099 or resid 3104...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 3054 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILELYSA2 - 40
d_12ens_1THRALAA42 - 211
d_13ens_1VALGLYA213 - 239
d_14ens_1SERPROA241 - 314
d_15ens_1ASPLEUA316 - 362
d_21ens_1ILEPHEB2 - 11
d_22ens_1GLULYSB14 - 42
d_23ens_1THRLYSB45 - 153
d_24ens_1GLUALAB158 - 218
d_25ens_1VALGLYB220 - 246
d_26ens_1SERPROB248 - 321
d_27ens_1ASPLEUB323 - 369

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999938215944, -0.000139209413459, -0.0111150760615), (-0.0109799352515, 0.168311931275, 0.98567263065), (0.0017335850094, 0.985733774612, -0.168303060792) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999938215944, -0.000139209413459, -0.0111150760615), (-0.0109799352515, 0.168311931275, 0.98567263065), (0.0017335850094, 0.985733774612, -0.168303060792)
ベクター: 8.63923341159, -8.42383453201, 10.068156922)

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要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Reelin / Reeler protein


分子量: 46733.984 Da / 分子数: 2 / 断片: Reelin repeat 8 UNP residues 3052 to 3455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Reln, Rl / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q60841, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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糖 , 4種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH 8, 35% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953724 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→45.12 Å / Num. obs: 16263 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 64.52 Å2 / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2620 / CC1/2: 0.496

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 2.0E+26 / 解像度: 3→45.12 Å / SU ML: 0.3849 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.502
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 826 5.09 %
Rwork0.2271 15414 -
obs0.229 16240 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5449 0 226 0 5675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00535827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89497962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0619937
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3509912
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.789318584788 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.190.32881270.30992561X-RAY DIFFRACTION99.78
3.19-3.430.32791280.28282569X-RAY DIFFRACTION99.85
3.43-3.780.30021350.24662564X-RAY DIFFRACTION99.93
3.78-4.330.27781570.21362534X-RAY DIFFRACTION99.85
4.33-5.450.23181340.18932574X-RAY DIFFRACTION99.96
5.45-45.120.21741450.21472612X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.960224561350.2001721068260.9614958520931.29993132802-0.4297500369380.9693042182950.128732411756-0.407399048672-0.193043098090.01676617222010.0576274601340.196611974836-0.0114746984066-0.2474076220880.0002100302399830.315997705766-0.01204606777340.04983778083580.3878032413380.1029452915670.382672789856-20.4352904068-2.9682378628731.4433412931
21.75776901276-0.690244132537-0.6828304180650.657148633937-0.07492430696530.5455883800290.110660242213-0.6382345455240.1160585297490.0729692797623-0.03551901673670.110717691818-0.2671605975610.1141595152390.007912327294660.414747609917-0.05343521094190.04169187675010.536135816671-0.02149197164670.335754182508-11.03097527962.8601396831631.5816932519
30.9292871082350.258979301716-0.4673123048822.400207423230.3012715522821.20635918810.0590620983527-0.2958940211650.005880731637130.246250453199-0.0472266932981-0.4039336213330.08501748763760.215932204223-0.002548160145640.3027119271840.00469632308461-0.1002271972570.275689732721-0.03503418829770.3184931814812.1468454074-3.9241354040726.2951581055
41.25216381612-0.0871044968797-0.1745981703880.7503129853980.2474368609670.09830517638040.4102062802170.1299878580370.1085589633630.0610226126492-0.435131339345-0.439954031194-0.184867057998-0.1585700186640.02080230784310.319130247184-0.04653307964630.04759593994880.5337043691450.03213308691240.37773442214530.797615960226.73363579561.77152568827
50.3858855744790.346366324016-0.03591268043960.5143213649750.2400119349710.4500247255230.1700070518650.111409540183-0.481180077348-0.14036736777-0.124546133847-0.09162864849030.155467312852-0.0562257373171-7.02682682191E-50.3067321555550.03074736356670.02604700764630.3132027638390.04176409572560.38257363342920.807702309915.44368472314.98780374868
61.497927107820.1920528066020.3965292539831.50612832521-1.248905444841.370457618470.2447411988780.6902041111630.216587494244-0.210280034782-0.0530811304264-0.179837777708-0.294376327406-0.05177132171150.006645374664850.310754788335-0.04092015312770.003593681283840.3886039768510.02412706249220.31501746808524.496991327724.9785295343.32990448855
71.080429919730.344495745277-0.09074795653341.424699067070.6447803822391.318754730350.08266727377010.104319774942-0.0494150964247-0.06390523341480.03764457601570.0303592364625-0.191198424732-0.33078661070.03892412755190.306254274530.06972444320750.02638272820210.2204755455690.03009149500360.219135073631-2.3930193539118.51917167982.51314790164
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3053 through 3160 )AA3053 - 31601 - 98
22chain 'A' and (resid 3161 through 3260 )AA3161 - 326099 - 194
33chain 'A' and (resid 3261 through 3430 )AA3261 - 3430195 - 364
44chain 'B' and (resid 3053 through 3126 )BB3053 - 31261 - 67
55chain 'B' and (resid 3127 through 3205 )BB3127 - 320568 - 146
66chain 'B' and (resid 3206 through 3243 )BB3206 - 3243147 - 184
77chain 'B' and (resid 3244 through 3430 )BB3244 - 3430185 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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