PDB-7lxr: Kinesin-like protein at 61F (Klp61f) bound to AMPPNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lxr

タイトル

Kinesin-like protein at 61F (Klp61f) bound to AMPPNP

要素

Kinesin-like protein Klp61F

キーワード

CELL CYCLE / microtubule-binding ATP-binding cell division mitosis plus-end directed motor protein

機能・相同性

機能・相同性情報

aster / plus-end directed microtubule sliding / fusome organization / fusome / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / centrosome separation / spindle elongation / mitotic spindle microtubule / microtubule bundle formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.744 Å

データ登録者

Worthylake, D.K. / Wojcik, E.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Klp61f motor domain bound to AMPPNP
著者: Wojcik, E.J. / Worthylake, D.K.

履歴

登録	2021年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lxr.cif.gz	508.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lxr.ent.gz	407.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lxr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lxr_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lxr_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7lxr_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	7lxr_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lxr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hqdS S: 精密化の開始モデル
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リンク

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キネシン (Kinesin)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
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類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
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AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Kinesin-like protein Klp61F

B: Kinesin-like protein Klp61F

ヘテロ分子

84.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Kinesin-like protein Klp61F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Kinesin-like protein Klp61F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.692, 50.813, 93.344
Angle α, β, γ (deg.)	78.532, 77.869, 73.197
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Kinesin-like protein Klp61F / Bipolar kinesin KRP-130 分子量: 41425.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Klp61F, KLP2, CG9191 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P46863

-
非ポリマー , 5種, 339分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% ethylene glycol, 50mM 4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid sodium salt (sodium HEPES) pH 7.5, 180mM NaI and 15-17% polyethylene glycol MW 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月29日 / 詳細: Helios
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→48.11 Å / Num. obs: 67986 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 3.31 % / R_merge(I) obs: 0.0569 / Net I/σ(I): 12.56
反射シェル	解像度: 1.74→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.2722 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 9356

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
SAINT		データ削減
SAINT		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HQD

3hqd

解像度: 1.744→48.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.203 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	2669	3.981 %
R_work	0.185	64375	-
all	0.187	-	-
obs	-	67044	90.616 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.723 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.593 Å²	0.341 Å²	0.235 Å²
2-	-	0.678 Å²	-0.956 Å²
3-	-	-	-0.119 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.744→48.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5431	0	82	329	5842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5663
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5503
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.953	1.656	7681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.457	1.583	12706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.698	5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.05	21.667	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.326	15	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.63	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.08	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	5382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	2927
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.179	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.091	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.328	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.371	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.833	2.029	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.833	2.029	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.082	3.023	3468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.081	3.024	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.311	2.372	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.31	2.373	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.755	3.424	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.754	3.424	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.508	24.722	6153
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.507	24.721	6154

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.744-1.79	0.288	157	0.272	3894	X-RAY DIFFRACTION	73.5476
1.79-1.839	0.275	172	0.251	4545	X-RAY DIFFRACTION	89.3371
1.839-1.892	0.296	172	0.226	4506	X-RAY DIFFRACTION	89.8924
1.892-1.95	0.247	170	0.209	4409	X-RAY DIFFRACTION	90.1378
1.95-2.014	0.226	202	0.185	4191	X-RAY DIFFRACTION	90.5586
2.014-2.085	0.214	168	0.178	4114	X-RAY DIFFRACTION	90.4329
2.085-2.164	0.198	162	0.176	3982	X-RAY DIFFRACTION	90.8971
2.164-2.252	0.204	161	0.16	3845	X-RAY DIFFRACTION	90.9008
2.252-2.352	0.23	150	0.173	3663	X-RAY DIFFRACTION	91.1111
2.352-2.467	0.202	135	0.178	3479	X-RAY DIFFRACTION	90.7812
2.467-2.6	0.239	143	0.172	3344	X-RAY DIFFRACTION	91.2111
2.6-2.758	0.231	142	0.174	3142	X-RAY DIFFRACTION	90.8186
2.758-2.948	0.236	132	0.178	3029	X-RAY DIFFRACTION	92.1037
2.948-3.184	0.229	130	0.182	2806	X-RAY DIFFRACTION	93.772
3.184-3.487	0.223	109	0.189	2711	X-RAY DIFFRACTION	96.6415
3.487-3.898	0.209	108	0.176	2504	X-RAY DIFFRACTION	98.715
3.898-4.499	0.2	88	0.163	2196	X-RAY DIFFRACTION	99.4773
4.499-5.507	0.199	84	0.171	1868	X-RAY DIFFRACTION	99.2374
5.507-7.774	0.331	50	0.227	1432	X-RAY DIFFRACTION	98.1457
7.774-48.11	0.17	34	0.212	715	X-RAY DIFFRACTION	89.2729

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1785	-0.2721	-0.6968	0.6665	0.5428	0.9103	0.0314	0.0492	-0.1442	-0.1644	-0.0952	0.1214	-0.1198	-0.0777	0.0637	0.077	0.0089	0.0024	0.0796	-0.0058	0.0877	-3.0354	-2.0207	-10.1162
2	1.7109	-1.5546	-1.383	1.5931	1.2772	1.1228	0.0141	0.0259	0.0789	-0.0491	0.0494	-0.1078	-0.0191	-0.0058	-0.0634	0.0774	-0.0126	0.0336	0.0951	-0.036	0.0707	11.8829	-9.799	-22.6826
3	0.5797	-0.2407	0.6692	4.8336	1.3088	1.3327	-0.0381	0.1184	-0.0021	-0.0948	-0.059	0.1517	-0.1076	0.0699	0.0971	0.0752	0.0194	-0.0022	0.1616	-0.0576	0.0869	-6.1296	-4.2427	-21.0566
4	0.4926	0.1447	0.0103	0.4452	0.6285	0.9744	0.0143	0.1243	0.0172	-0.0801	-0.0538	0.0274	-0.1377	-0.1257	0.0395	0.0915	0.0168	-0.0088	0.0811	0.0035	0.0801	-3.4489	-1.4703	-16.398
5	0.1548	-0.1255	-0.1758	0.6357	0.2707	0.2383	0.0017	0.0521	-0.0035	-0.0262	-0.0318	0.0405	-0.0149	-0.0414	0.0301	0.0787	0.005	-0.0005	0.0729	0.0014	0.108	-0.3532	2.5063	-1.1839
6	2.7966	-0.1798	0.649	2.5612	0.0406	2.6818	0.053	-0.1286	0.3024	-0.3746	0.1071	-0.2877	-0.49	0.3216	-0.1601	0.15	-0.0839	0.0884	0.0741	-0.0161	0.1714	9.7622	15.7179	-6.3296
7	0.5361	-0.6406	-0.546	1.4488	0.8252	0.6012	-0.0143	0.0064	0.0763	0.0015	0.0642	-0.0369	0.0185	0.0104	-0.0499	0.0903	-0.0031	0.0068	0.0336	0.0078	0.1397	1.0285	17.0865	2.3743
8	0.3371	-0.2057	-0.2439	1.0793	0.3872	0.2608	-0.0284	-0.0713	0.0072	0.1593	-0.013	-0.0491	0.0511	0.0354	0.0415	0.1036	0.0121	-0.0227	0.0672	0.0055	0.1141	8.4826	1.3221	12.0618
9	5.3354	-1.336	1.3898	0.3512	-0.5289	2.9333	-0.5799	-0.5578	-0.5561	0.1245	0.1667	0.1032	-0.0332	-0.0777	0.4132	0.1302	-0.0109	0.0781	0.1602	0.084	0.1755	7.1204	-5.3445	20.6441
10	0.7718	-6.1813	-0.4194	49.6073	3.3595	0.2279	0.3098	0.0135	-0.0283	-2.3987	-0.335	0.2538	-0.1623	-0.0089	0.0252	0.1647	0.0059	-0.0767	0.549	-0.0658	0.0977	-11.3014	-2.26	18.9066
11	8.5659	4.3943	-3.5251	2.2595	-1.8076	1.4527	-0.0002	0.058	0.214	0.0134	0.0659	0.1204	-0.0033	-0.0169	-0.0656	0.1333	0.063	-0.012	0.1468	0.0612	0.0907	1.9168	-0.9036	18.1814
12	0.7102	-0.3065	-0.2097	1.9665	0.0967	0.3305	0.0152	-0.1278	0.2172	-0.0031	0.0462	-0.2386	0.0028	0.0856	-0.0614	0.0498	-0.0029	-0.0208	0.0623	-0.023	0.1436	11.9359	11.3695	8.0076
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14	4.9415	3.6358	2.2487	4.8088	-0.1027	6.9639	-0.073	0.0066	-0.111	0.0385	-0.2774	-0.05	-0.2253	-0.3004	0.3503	0.0851	0.0183	0.0203	0.1047	-0.0543	0.0892	-13.735	21.9198	17.1988
15	1.1564	-1.7861	-1.4202	3.417	2.4489	1.8436	-0.0564	-0.0152	-0.0882	0.1355	-0.047	0.1064	0.0896	-0.0083	0.1034	0.0867	0.0042	0.0044	0.067	-0.0011	0.1102	0.0368	0.0022	4.2489
16	2.9616	-0.1577	0.2776	0.0471	0.0107	0.0604	0.0167	0.0921	-0.1613	0.0599	-0.0078	-0.0105	0.0634	-0.0136	-0.0089	0.1279	-0.0154	0.0185	0.0509	0.0078	0.1606	7.0717	-17.1206	2.2917
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30	9.9603	-0.0456	-5.6247	1.6494	-0.8415	3.6906	-0.1405	0.3137	0.1123	0.0175	0.1369	-0.0466	-0.0339	-0.2576	0.0036	0.1933	0.0221	-0.0647	0.0651	0.0289	0.0803	-18.8644	7.3983	44.78
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34	0.4715	0.2338	0.3546	0.2396	0.4895	1.1171	0.0605	-0.0003	0.0409	0.028	0.0042	-0.0315	0.0946	0.0057	-0.0647	0.0991	0.005	-0.0049	0.1219	-0.0123	0.0802	-3.8269	-6.2274	57.3507
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39	2.0169	1.1832	2.8506	1.8707	2.0032	4.1325	-0.081	0.2708	-0.0617	0.0132	0.1851	-0.0127	-0.1022	0.4211	-0.1041	0.0139	-0.0439	0.017	0.2147	-0.0445	0.0486	6.0625	-10.7931	36.251
40	0.7184	0.4074	1.1812	0.4635	1.7717	7.1997	-0.0465	0.0155	0.059	-0.0403	0.0464	0.0118	-0.1249	0.1427	0.0001	0.0792	-0.0154	-0.014	0.0971	-0.0085	0.086	4.816	0.2445	61.101

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	18 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	30 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	43 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	54 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	88 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	116 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	131 - 151
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	152 - 173
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	A	174 - 182
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	A	183 - 188
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	A	189 - 196
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	A	197 - 216
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	A	217 - 242
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	A	243 - 251
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	A	252 - 268
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	A	274 - 296
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	A	297 - 323
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	A	324 - 343
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	A	344 - 358
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	A	359 - 367
21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	B	18 - 29
22	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	B	30 - 42
23	X-RAY DIFFRACTION	23	ALL	B	43 - 52
24	X-RAY DIFFRACTION	24	ALL	B	53 - 60
25	X-RAY DIFFRACTION	25	ALL	B	61 - 74
26	X-RAY DIFFRACTION	26	ALL	B	75 - 115
27	X-RAY DIFFRACTION	27	ALL	B	116 - 123
28	X-RAY DIFFRACTION	28	ALL	B	124 - 129
29	X-RAY DIFFRACTION	29	ALL	B	130 - 172
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	ALL	B	361 - 367

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