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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7lxr | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Kinesin-like protein at 61F (Klp61f) bound to AMPPNP | ||||||
Components | Kinesin-like protein Klp61F | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / microtubule-binding ATP-binding cell division mitosis plus-end directed motor protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationaster / plus-end directed microtubule sliding / fusome organization / fusome / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / centrosome separation / spindle elongation / mitotic spindle microtubule / microtubule bundle formation ...aster / plus-end directed microtubule sliding / fusome organization / fusome / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / centrosome separation / spindle elongation / mitotic spindle microtubule / microtubule bundle formation / plus-end-directed microtubule motor activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / mitotic centrosome separation / kinesin complex / microtubule associated complex / microtubule-based movement / mitotic spindle pole / Golgi organization / cytoskeletal motor activity / protein secretion / mitotic spindle assembly / mitotic spindle organization / spindle microtubule / spindle / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cell division / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.744 Å | ||||||
Authors | Worthylake, D.K. / Wojcik, E.J. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal Structure of the Klp61f motor domain bound to AMPPNP Authors: Wojcik, E.J. / Worthylake, D.K. #1: Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2010Title: ATP hydrolysis in Eg5 kinesin involves a catalytic two-water mechanism Authors: Parke, C.L. / Wojcik, E.J. / Kim, S. / Worthylake, D.K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7lxr.cif.gz | 508.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7lxr.ent.gz | 407.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7lxr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7lxr_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7lxr_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 7lxr_validation.xml.gz | 32.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 7lxr_validation.cif.gz | 45.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lxr | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3hqdS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 41425.965 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 339 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.75 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 10% ethylene glycol, 50mM 4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid sodium salt (sodium HEPES) pH 7.5, 180mM NaI and 15-17% polyethylene glycol MW 3,350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: BRUKER AXS MICROSTAR / Wavelength: 1.5418 Å |
| Detector | Type: Bruker Platinum 135 / Detector: CCD / Date: Dec 29, 2012 / Details: Helios |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.74→48.11 Å / Num. obs: 67986 / % possible obs: 91.8 % / Redundancy: 3.31 % / Rmerge(I) obs: 0.0569 / Net I/σ(I): 12.56 |
| Reflection shell | Resolution: 1.74→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.2722 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 9356 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3HQD Resolution: 1.744→48.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.203 / SU ML: 0.088 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.124 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 29.723 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.744→48.11 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
PDBj


















