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万見
- PDB-7lwc: Goat beta-lactoglobulin mutant Q59A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lwc
タイトルGoat beta-lactoglobulin mutant Q59A
要素Beta-lactoglobulin
キーワードLIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Munoz, D.A. / Dobson, R.C.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineering food proteins for improved digestibility and lower allergenicity: a case study using caprine beta-lactoglobulin
著者: Munoz, D.A.
履歴
登録2021年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin
B: Beta-lactoglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3102
ポリマ－36,3102
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.234, 58.155, 144.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...
21(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A7 - 11
121(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A14 - 32
131(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A34 - 38
141(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A4 - 52
151(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A54 - 56
161(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A60 - 67
171(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A69 - 71
181(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A73 - 90
191(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A4 - 160
1101(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A91 - 106
1111(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A0
1121(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A4 - 160
1131(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A4 - 160
1141(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A141 - 144
1151(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A146 - 158
1161(chain A and (resid 7 through 11 or resid 14...A160
211(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B7 - 11
221(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B14 - 32
231(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B34 - 38
241(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B5 - 52
251(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B54 - 56
261(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B60 - 67
271(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B69 - 71
281(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B73 - 90
291(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B5 - 161
2101(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B91 - 106
2111(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B0
2121(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B5 - 161
2131(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B5 - 161
2141(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B141 - 144
2151(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B146 - 158
2161(chain B and (resid 7 through 11 or resid 14...B160

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin / Beta-LG


分子量: 18155.141 Da / 分子数: 2 / 変異: Q59A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pETDuet-1 / 詳細 (発現宿主): DsbC (MSCI), cBLG-Ala59 (MSCII) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami / 参照: UniProt: P02756
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 25 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→45.271 Å / Num. obs: 29406 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.459 / Rpim(I) all: 0.135 / Rrim(I) all: 0.479 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.69→2.82 Å / Rmerge(I) obs: 1.403 / Num. unique obs: 1060 / CC1/2: 0.814

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4tlj

4tlj


解像度: 3→45.271 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 539 4.7 %
Rwork0.2367 10925 -
obs0.2387 11464 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.71 Å2 / Biso mean: 40.0986 Å2 / Biso min: 1.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→45.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2461 0 0 6 2467
Biso mean---27.44 -
残基数----313
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A676X-RAY DIFFRACTION5.452TORSIONAL
12B676X-RAY DIFFRACTION5.452TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.0002-3.3020.30431370.25892727
3.302-3.77960.32271530.25522727
3.7796-4.76110.25041300.21292721
4.7611-45.2710.23361190.23292750
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0010.0029-0.00030.00420.00070.0002-0.0091-0.00020.00070.0004-0.0049-0.00050.0016-0.0062-00.3718-0.00170.04460.3812-0.01490.3567-24.5866-6.0578-3.7841
20.01950.00380.01050.0176-0.01110.0119-0.07420.0239-0.0705-0.05660.0007-0.0452-0.0409-0.02760-0.2467-0.01070.13920.05590.04560.0143-15.0975-7.0104-15.3985
3-0.0007-0.00040.0008-0.00050.0003-0.0023-0.00720.00190.00450.0046-0-0.0025-0.0139-0.010900.2614-0.04460.08930.0910.00130.1971-5.24532.3732-21.5751
40.0018-0.0012-0.0048-0.00080.0008-0.00090.04950.0520.0045-0.04190.0298-0.0134-0.01410.0118-0-0.14680.07160.0086-0.13080.1363-0.0049-1.201217.0622-25.7474
5-0.0009-0.0021-0.0028-0.0005-0.00120.00220.00460.03420.0164-0.00350.0081-0.0013-0.00470.000700.14260.03380.10450.06260.05640.05446.438618.6891-29.0597
60.00820.0061-0.0040.0039-0.00070.0070.01970.00110.0128-0.0228-0.0096-0.0254-0.0248-0.0433-00.07440.08870.1363-0.15460.02610.0151-7.177123.5837-26.2688
7-0.0006-0.00110.002-0.00160.00470.00410.0059-0.04710.00730.00910.0128-0.02640.00320.0474-0-0.12870.0595-0.02320.05290.0156-0.0886-7.018115.337-16.1738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 11 )A4 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 160 )A12 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 5 through 19 )B5 - 19
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 20 through 53 )B20 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 54 through 73 )B54 - 73
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 74 through 129 )B74 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 130 through 161 )B130 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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