PDB-7lvl: Dihydrodipicolinate synthase bound with allosteric inhibitor (S)-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lvl

タイトル

Dihydrodipicolinate synthase bound with allosteric inhibitor (S)-lysine from Candidatus Liberibacter solanacearum

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

(R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Liberibacter solanacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Gilkes, J.M. / Frampton, R.A. / Board, A.J. / Sheen, C.R. / Smith, G.R. / Dobson, R.C.J.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dihydrodipicolinate synthase bound with allosteric inhibitor (S)-lysine from Candidatus Liberibacter solanacearum
著者: Gilkes, J.M. / Frampton, R.A. / Board, A.J. / Sheen, C.R. / Smith, G.R. / Dobson, R.C.J.D.

履歴

登録	2021年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lvl.cif.gz	688.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lvl.ent.gz	573.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lvl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lvl_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lvl_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7lvl_validation.xml.gz	67.4 KB	表示
CIF形式データ	7lvl_validation.cif.gz	97 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7loyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7loy-2 4i7w-1 4woz-1 6xgs-d 4ime-1 7loy-1 5a8g-1 4woq-1 1f5z-d 2rfg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

197 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.763, 133.484, 155.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.45, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-572- HOH

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase 分子量: 32695.988 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Liberibacter solanacearum (バクテリア) 遺伝子: dapA, DJ66_0589 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F4VK59, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 876 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% w/v PEG3000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 210 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→46.24 Å / Num. obs: 135620 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 31.38 Å² / CC_1/2: 0.954 / Net I/σ(I): 13.45
反射シェル	解像度: 2.01→2.082 Å / Num. unique obs: 13469 / CC_1/2: 0.802

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 7LOY

7loy

解像度: 2.01→46.202 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	6892	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1685	-	-	-
obs	0.1704	135599	99.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→46.202 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13404	0	60	876	14340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13692
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.841	18570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.69	8262
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2160
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2418

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.0328	0.292	226	0.2533	4236	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0328-2.0568	0.2751	229	0.2318	4292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0568-2.0818	0.2686	226	0.2237	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0818-2.1082	0.2309	225	0.2082	4279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1082-2.1359	0.2577	252	0.2051	4243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1359-2.1652	0.2474	238	0.2009	4291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1652-2.1961	0.2457	239	0.1963	4262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1961-2.2289	0.2452	226	0.201	4277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2289-2.2637	0.2317	244	0.1883	4280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2637-2.3008	0.2292	214	0.1845	4269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3008-2.3405	0.234	248	0.1824	4299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3405-2.3831	0.2275	258	0.178	4227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3831-2.4289	0.239	240	0.1783	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4289-2.4785	0.2224	229	0.1719	4316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4785-2.5324	0.2208	244	0.1738	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5324-2.5913	0.2399	250	0.1749	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5913-2.6561	0.2215	232	0.1779	4265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6561-2.7279	0.2181	223	0.1747	4334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7279-2.8081	0.2367	205	0.1846	4337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8081-2.8988	0.2274	216	0.1805	4308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8988-3.0023	0.2285	221	0.1876	4294	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0023-3.1225	0.2408	225	0.1867	4286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1225-3.2646	0.2344	185	0.1975	4329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2646-3.4367	0.2035	201	0.1804	4318	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4367-3.6519	0.2055	249	0.1751	4313	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6519-3.9337	0.1906	222	0.1537	4299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9337-4.3293	0.1614	228	0.1359	4303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3293-4.9552	0.1472	232	0.1264	4329	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9552-6.2406	0.1781	232	0.1469	4319	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.2875 Å / Origin y: -2.2409 Å / Origin z: 42.7079 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1619 Å²	-0.0075 Å²	0.0085 Å²	-	0.1975 Å²	0.022 Å²	-	-	0.2185 Å²
L	0.2041 °²	-0.0519 °²	0.1744 °²	-	0.071 °²	-0.0496 °²	-	-	0.6486 °²
S	-0.0341 Å °	0.0919 Å °	0.0493 Å °	-0.0051 Å °	-0.0152 Å °	0.0169 Å °	-0.0566 Å °	-0.0329 Å °	-0.0389 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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