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- PDB-7lva: Solution structure of the HIV-1 PBS-segment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lva
タイトルSolution structure of the HIV-1 PBS-segment
要素RNA (103-MER)
キーワードRNA / Primer binding site / reverse transcription
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / molecular dynamics / distance geometry
データ登録者Heng, X. / Song, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI150460 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: The three-way junction structure of the HIV-1 PBS-segment binds host enzyme important for viral infectivity.
著者: Song, Z. / Gremminger, T. / Singh, G. / Cheng, Y. / Li, J. / Qiu, L. / Ji, J. / Lange, M.J. / Zuo, X. / Chen, S.J. / Zou, X. / Boris-Lawrie, K. / Heng, X.
履歴
登録2021年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年3月17日ID: 7K1Z
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (103-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2501
ポリマ－33,2501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (103-MER)


分子量: 33249.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
133isotropic12D 1H-1H NOESY
144isotropic12D 1H-1H NOESY
155isotropic12D 1H-1H NOESY
166isotropic12D 1H-1H NOESY
177isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1250 uM 1H RNA (103-MER), 100% D2O1H_sample100% D2O
solution2250 uM A-8D, C-D, G-H, U-5,6-D2 RNA (103-MER), 100% D2OA-8D, C-D, G-H, U-5,6-D2100% D2O
solution3250 uM A-8D, C-D, G-8D, U-H RNA (103-MER), 100% D2OA-8D, C-D, G-8D, U-H100% D2O
solution4250 uM A-8D, C-5,6-D2, G-D, U-5,6-D2 RNA (103-MER), 100% D2OA-8D, C-5,6-D2, G-D, U-5,6-D2100% D2O
solution5250 uM A-8D, C-D, G-8D, U-D RNA (103-MER), 100% D2OA-8D, C-D, G-8D, U-D100% D2O
solution6250 uM A-H, C-D, G-H, U-D RNA (103-MER), 100% D2OA-H, C-D, G-H, U-D100% D2O
solution7250 uM A-H, C-H, G-D, U-D RNA (103-MER), 100% D2OA-H, C-H, G-D, U-D100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
250 uMRNA (103-MER)1H1
250 uMRNA (103-MER)A-8D, C-D, G-H, U-5,6-D22
250 uMRNA (103-MER)A-8D, C-D, G-8D, U-H3
250 uMRNA (103-MER)A-8D, C-5,6-D2, G-D, U-5,6-D24
250 uMRNA (103-MER)A-8D, C-D, G-8D, U-D5
250 uMRNA (103-MER)A-H, C-D, G-H, U-D6
250 uMRNA (103-MER)A-H, C-H, G-D, U-D7
試料状態イオン強度: 3 mM / Label: condition_1 / pH: 7.5 pD / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
molecular dynamics4Structure minimization
distance geometry2The SAXS scattering profiles for each structure were back calculated and the structures with lowest chi2 compared with experimental SAXS data were selected.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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