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- PDB-7luh: Burkholderia pseudomallei Disulfide bond forming protein A (DsbA)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7luh
タイトルBurkholderia pseudomallei Disulfide bond forming protein A (DsbA) liganded with fragment bromophenoxy propanamide
要素Thiol:disulfide interchange protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / BpsDsbA / Fragment / cryptic-pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{R})-2-(4-bromanylphenoxy)propanamide / Thiol:disulfide interchange protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Petit, G.A. / Martin, J.L. / McMahon, R.M.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Other privateRamaciotti health investment grant- 2017HIG0094 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1099151 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1144046 オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Identification and characterization of two drug-like fragments that bind to the same cryptic binding pocket of Burkholderia pseudomallei DsbA.
著者: Petit, G.A. / Mohanty, B. / McMahon, R.M. / Nebl, S. / Hilko, D.H. / Wilde, K.L. / Scanlon, M.J. / Martin, J.L. / Halili, M.A.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2662
ポリマ－22,0221
非ポリマー2441
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, Weak binding between the protein and the ligand.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.539, 62.941, 69.363
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein


分子量: 22022.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The 3 first amino acids are left over from TEV cleavage scar
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain K96243) (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: dsbA, BPSL0381 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63Y08
#2: 化合物 ChemComp-YCS / (2~{R})-2-(4-bromanylphenoxy)propanamide / [R,(-)]-2-(p-ブロモフェノキシ)プロピオンアミド


分子量: 244.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10BrNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.35 % / 解説: Long needles, transparent
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 60% Tacsimate Cryo protected in 20% Ethylen Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→46.62 Å / Num. obs: 23090 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 1.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 2249 / CC1/2: 0.633 / CC star: 0.88 / Rpim(I) all: 0.512 / Rrim(I) all: 1.37 / % possible all: 98.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K2D

4k2d


解像度: 1.84→46.61 Å / SU ML: 0.2374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.0311
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Cycle of automated refinement with Phenix refine, using geometry and ADP weight optimisation. TLS (3 groups: residues 7-70, 71-137 and 138-197). Occupancy of the ligand was set to 0.5 and ...詳細: Cycle of automated refinement with Phenix refine, using geometry and ADP weight optimisation. TLS (3 groups: residues 7-70, 71-137 and 138-197). Occupancy of the ligand was set to 0.5 and then refined using occupancy refinement. Manual refinement using coot V 0.9.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1992 8.62 %Random
Rwork0.165 21119 --
obs0.1701 23063 98.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1494 0 13 206 1713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83742165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6181584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.880.39591160.36891379X-RAY DIFFRACTION90.72
1.88-1.930.3011370.28051475X-RAY DIFFRACTION98.59
1.93-1.990.2751470.22811489X-RAY DIFFRACTION98.85
1.99-2.050.22551380.19561493X-RAY DIFFRACTION98.91
2.05-2.130.22651410.17591497X-RAY DIFFRACTION99.15
2.13-2.210.22141520.17681471X-RAY DIFFRACTION99.33
2.21-2.310.20451360.1731507X-RAY DIFFRACTION99.52
2.31-2.430.2091390.17351503X-RAY DIFFRACTION99.45
2.43-2.590.22671470.16751521X-RAY DIFFRACTION99.52
2.59-2.790.21681420.16361527X-RAY DIFFRACTION99.7
2.79-3.070.22031430.18541519X-RAY DIFFRACTION99.76
3.07-3.510.18251520.1581552X-RAY DIFFRACTION99.82
3.51-4.420.14951460.13551548X-RAY DIFFRACTION99.53
4.42-46.610.1721560.15371638X-RAY DIFFRACTION99.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.727844027080.154152243429-0.03430967161414.519751911050.8415811569732.294445838930.02924520184230.16398618451-0.3363276313790.1426449108080.0497592410651-0.08228342853480.233149921504-0.00453667546246-0.07623810348190.204112124533-0.00168211012615-0.03009103957320.258337197568-0.04727030413680.2068698672453.65725777819-24.3385411747-4.96911904385
26.41801351279-0.6199657069950.1972330472353.6880202071.273151945064.45314999141-0.0435102016111-0.2440246913190.7030166595710.005641395646410.01614966186920.0318955674196-0.338294763125-0.1822929452980.02582755980910.2338992609220.0485235508814-0.002307963415690.219499154097-0.02636627631490.274194069973.92690114276-3.032518534230.778351847274
34.193692083792.825188646130.5989406304395.146445998551.674354443881.15333404765-0.03503811269590.379138923817-0.372164542929-0.02074743880240.0686515938999-0.3573483216870.06285197930310.00455981422427-0.01020184049090.2332335998460.0307568617573-0.005479157833670.305877717584-0.04001286709760.230555864747.53326676803-23.7227951756-8.35425920152
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and (resid 7:70)7 - 701 - 64
22chain A and (resid 71:137)71 - 13765 - 131
33chain A and (resid 138:197)138 - 197132 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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