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- PDB-7luf: HSV1 polymerase ternary complex with dsDNA and PNU-183792 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7luf
タイトルHSV1 polymerase ternary complex with dsDNA and PNU-183792
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
  • DNA polymerase
キーワードTransferase/DNA / Herpesvirus / B-family Polymerase / Nucleotide competing inhibitor / non-nucleoside inhibitor / REPLICATION / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase catalytic subunit Pol, C-terminal / DNA polymerase catalytic subunit Pol / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family ...DNA polymerase catalytic subunit Pol, C-terminal / DNA polymerase catalytic subunit Pol / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YE4 / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hayes, R.P. / Klein, D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural understanding of non-nucleoside inhibition in an elongating herpesvirus polymerase.
著者: Hayes, R.P. / Heo, M.R. / Mason, M. / Reid, J. / Burlein, C. / Armacost, K.A. / Tellers, D.M. / Raheem, I. / Shaw, A.W. / Murray, E. / McKenna, P.M. / Abeywickrema, P. / Sharma, S. / Soisson, S.M. / Klein, D.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
B: DNA polymerase
E: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,8928
ポリマ－290,0406
非ポリマー8522
水00
1
A: DNA polymerase
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4464
ポリマ－145,0203
非ポリマー4261
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area48790 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase
E: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4464
ポリマ－145,0203
非ポリマー4261
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area49580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.300, 181.300, 233.685
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 60 through 79 or (resid 80...
21(chain B and (resid 60 through 99 or (resid 100...
12chain C
22chain E
13chain D
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 60 through 79 or (resid 80...AA60 - 7926 - 45
121ARGARGARGARG(chain A and (resid 60 through 79 or (resid 80...AA8046
131THRTHRHISHIS(chain A and (resid 60 through 79 or (resid 80...AA59 - 119725 - 1163
141THRTHRHISHIS(chain A and (resid 60 through 79 or (resid 80...AA59 - 119725 - 1163
151THRTHRHISHIS(chain A and (resid 60 through 79 or (resid 80...AA59 - 119725 - 1163
161THRTHRHISHIS(chain A and (resid 60 through 79 or (resid 80...AA59 - 119725 - 1163
211GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 60 through 99 or (resid 100...BD60 - 9926 - 65
221LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 60 through 99 or (resid 100...BD10066
231ASNASNHISHIS(chain B and (resid 60 through 99 or (resid 100...BD43 - 11979 - 1163
241ASNASNHISHIS(chain B and (resid 60 through 99 or (resid 100...BD43 - 11979 - 1163
251ASNASNHISHIS(chain B and (resid 60 through 99 or (resid 100...BD43 - 11979 - 1163
261ASNASNHISHIS(chain B and (resid 60 through 99 or (resid 100...BD43 - 11979 - 1163
112DADADGDGchain CCB-12 - 52 - 19
212DADADGDGchain EEE-12 - 52 - 19
113DCDCDCDCchain DDC-13 - 19 - 23
213DCDCDCDCchain FFF-13 - 19 - 23

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 129636.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: I7GY94, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 8461.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 6921.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-YE4 / N-(4-chlorobenzyl)-1-methyl-6-(morpholinomethyl)-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxamide / PNU-183792


分子量: 425.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24ClN3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.42 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Na HEPES pH 6.8 and 0.4-0.7 M disodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→181.3 Å / Num. obs: 94834 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / Num. unique obs: 4777 / CC1/2: 0.702

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GV9

2gv9


解像度: 3.5→57.33 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 4710 4.97 %
Rwork0.2258 90012 -
obs0.2268 94722 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 265 Å2 / Biso mean: 109.9042 Å2 / Biso min: 39.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→57.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16121 1350 60 0 17531
Biso mean--82.68 --
残基数----2164
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9148X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
12B9148X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
21C354X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
22E354X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
31D292X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
32F292X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.540.33281800.310829833163100
3.54-3.580.31411920.302629313123100
3.58-3.630.33751300.302630393169100
3.63-3.670.33991350.303429853120100
3.67-3.720.28451540.300630353189100
3.72-3.770.31641270.281130323159100
3.77-3.820.29211490.289629843133100
3.82-3.880.31421870.279629423129100
3.88-3.940.2711710.265730343205100
3.94-4.010.29121630.263429493112100
4.01-4.080.27271760.261429733149100
4.08-4.150.30491390.262630083147100
4.15-4.230.3051470.25830423189100
4.23-4.320.29641500.24829843134100
4.32-4.410.26351840.236229823166100
4.41-4.510.25071690.218329793148100
4.51-4.620.24651540.220130143168100
4.62-4.750.23781590.213629673126100
4.75-4.890.20551370.202230203157100
4.89-5.050.22291500.208130143164100
5.05-5.230.20481540.216330033157100
5.23-5.440.24381530.224229983151100
5.44-5.680.25041380.229430543192100
5.68-5.980.25021810.231829803161100
5.98-6.360.25931600.232429733133100
6.36-6.850.26221610.235430213182100
6.85-7.530.20811650.203130343199100
7.54-8.620.2051350.186830423177100
8.62-10.850.15011560.147830173173100
10.85-57.330.21751540.19512993314798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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