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万見
- PDB-7lq7: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lq7
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies CV503 and COVA1-16
要素
  • COVA1-16 heavy chain
  • COVA1-16 light chain
  • CV503 heavy chain
  • CV503 light chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / coronavirus / Fab / spike / COVID-19 / RBD / receptor binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yuan, M. / Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021
タイトル: Bispecific antibodies targeting distinct regions of the spike protein potently neutralize SARS-CoV-2 variants of concern.
著者: Cho, H. / Gonzales-Wartz, K.K. / Huang, D. / Yuan, M. / Peterson, M. / Liang, J. / Beutler, N. / Torres, J.L. / Cong, Y. / Postnikova, E. / Bangaru, S. / Talana, C.A. / Shi, W. / Yang, E.S. / ...著者: Cho, H. / Gonzales-Wartz, K.K. / Huang, D. / Yuan, M. / Peterson, M. / Liang, J. / Beutler, N. / Torres, J.L. / Cong, Y. / Postnikova, E. / Bangaru, S. / Talana, C.A. / Shi, W. / Yang, E.S. / Zhang, Y. / Leung, K. / Wang, L. / Peng, L. / Skinner, J. / Li, S. / Wu, N.C. / Liu, H. / Dacon, C. / Moyer, T. / Cohen, M. / Zhao, M. / Lee, F.E. / Weinberg, R.S. / Douagi, I. / Gross, R. / Schmaljohn, C. / Pegu, A. / Mascola, J.R. / Holbrook, M. / Nemazee, D. / Rogers, T.F. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Crompton, P.D. / Tan, J.
履歴
登録2021年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
C: CV503 heavy chain
D: CV503 light chain
E: Spike protein S1
F: CV503 heavy chain
G: CV503 light chain
L: CV503 light chain
T: COVA1-16 heavy chain
U: COVA1-16 light chain
P: COVA1-16 heavy chain
y: COVA1-16 heavy chain
H: CV503 heavy chain
Q: COVA1-16 light chain
z: COVA1-16 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,30118
ポリマ－353,63715
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35090 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area136750 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)172.218, 122.742, 175.459
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22E
13B
23E
14C
24F
15C
25T
16C
26P
17C
27y
18C
28H
19D
29G
110D
210L
111F
211T
112F
212P
113F
213y
114F
214H
115G
215L
116T
216P
117T
217y
118T
218H
119U
219Q
120U
220z
121P
221y
122P
222H
123y
223H
124Q
224z

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRPROPROAA333 - 5271 - 195
21THRTHRPROPROBB333 - 5271 - 195
12THRTHRPROPROAA333 - 5271 - 195
22THRTHRPROPROEE333 - 5271 - 195
13THRTHRPROPROBB333 - 5271 - 195
23THRTHRPROPROEE333 - 5271 - 195
14GLNGLNCYSCYSCC1 - 2161 - 224
24GLNGLNCYSCYSFF1 - 2161 - 224
15GLNGLNCYSCYSCC1 - 2161 - 224
25GLNGLNCYSCYSTI1 - 2161 - 232
16GLNGLNCYSCYSCC1 - 2161 - 224
26GLNGLNCYSCYSPK1 - 2161 - 232
17GLNGLNCYSCYSCC1 - 2161 - 224
27GLNGLNCYSCYSyL1 - 2161 - 232
18GLNGLNLYSLYSCC1 - 2141 - 222
28GLNGLNLYSLYSHM1 - 2141 - 222
19SERSERGLUGLUDD2 - 2102 - 214
29SERSERGLUGLUGG2 - 2102 - 214
110SERSERTHRTHRDD2 - 2092 - 213
210SERSERTHRTHRLH2 - 2092 - 213
111GLNGLNCYSCYSFF1 - 2161 - 224
211GLNGLNCYSCYSTI1 - 2161 - 232
112GLNGLNCYSCYSFF1 - 2161 - 224
212GLNGLNCYSCYSPK1 - 2161 - 232
113GLNGLNCYSCYSFF1 - 2161 - 224
213GLNGLNCYSCYSyL1 - 2161 - 232
114GLNGLNSERSERFF1 - 2151 - 223
214GLNGLNSERSERHM1 - 2151 - 223
115SERSERTHRTHRGG2 - 2092 - 213
215SERSERTHRTHRLH2 - 2092 - 213
116GLNGLNCYSCYSTI1 - 2161 - 232
216GLNGLNCYSCYSPK1 - 2161 - 232
117GLNGLNCYSCYSTI1 - 2161 - 232
217GLNGLNCYSCYSyL1 - 2161 - 232
118GLNGLNSERSERTI1 - 2151 - 231
218GLNGLNSERSERHM1 - 2151 - 223
119ASPASPGLUGLUUJ1 - 2131 - 213
219ASPASPGLUGLUQN1 - 2131 - 213
120ASPASPGLUGLUUJ1 - 2131 - 213
220ASPASPGLUGLUzO1 - 2131 - 213
121GLNGLNCYSCYSPK1 - 2161 - 232
221GLNGLNCYSCYSyL1 - 2161 - 232
122GLNGLNSERSERPK1 - 2151 - 231
222GLNGLNSERSERHM1 - 2151 - 223
123GLNGLNSERSERyL1 - 2151 - 231
223GLNGLNSERSERHM1 - 2151 - 223
124ASPASPGLUGLUQN1 - 2131 - 213
224ASPASPGLUGLUzO1 - 2131 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABECFH

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23104.867 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質 CV503 heavy chain


分子量: 23544.420 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
抗体 , 3種, 9分子 DGLTPyUQz

#3: 抗体 CV503 light chain


分子量: 22713.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 COVA1-16 heavy chain


分子量: 25100.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: 抗体 COVA1-16 light chain


分子量: 23415.799 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 1種, 3分子

#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.38 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 4.2, 1 M lithium chloride, and 9% (w/v) polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 87462 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.611 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 589794
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.4-3.486.81.58258350.5360.6491.7120.41799.8
3.48-3.576.81.20758590.6340.4951.3060.41799.7
3.57-3.666.80.92758190.7150.3811.0040.42899.4
3.66-3.776.80.7157950.8260.2920.7690.42398.8
3.77-3.896.50.5158180.8930.2150.5550.43698.3
3.89-4.0360.34356040.930.1520.3760.4696.1
4.03-4.196.80.24658560.9740.1010.2660.4998.9
4.19-4.387.20.16658820.9880.0660.1790.53599.7
4.38-4.617.10.12258310.9930.0490.1320.61199.6
4.61-4.96.90.09858770.9950.040.1060.64999.5
4.9-5.286.70.08658690.9950.0360.0940.67399.6
5.28-5.816.40.07957340.9950.0330.0860.70497.3
5.81-6.656.60.06958320.9970.0290.0750.73998.2
6.65-8.377.20.04959400.9990.020.0530.89199.7
8.37-506.50.03559110.9990.0150.0381.28297.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JMW

7jmw


解像度: 3.4→41.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 27.734 / SU ML: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2334 2000 2.3 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.1983 85417 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 314.66 Å2 / Biso mean: 131.837 Å2 / Biso min: 64.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å20 Å2-0.95 Å2
2---2.76 Å2-0 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→41.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24270 0 42 0 24312
Biso mean--191.35 --
残基数----3216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01224941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg11.64234003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.37553192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.21323.0931080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.192153771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2951592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.23302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219097
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A59710.08
12B59710.08
21A59970.08
22E59970.08
31B60070.06
32E60070.06
41C60880.07
42F60880.07
51C49010.2
52T49010.2
61C50600.2
62P50600.2
71C48960.2
72y48960.2
81C61920.08
82H61920.08
91D57640.11
92G57640.11
101D58240.1
102L58240.1
111F49040.2
112T49040.2
121F49710.19
122P49710.19
131F48920.2
132y48920.2
141F61320.06
142H61320.06
151G58830.1
152L58830.1
161T63950.08
162P63950.08
171T64190.08
172y64190.08
181T48980.2
182H48980.2
191U64000.07
192Q64000.07
201U63720.08
202z63720.08
211P64230.08
212y64230.08
221P50730.2
222H50730.2
231y48900.2
232H48900.2
241Q64300.07
242z64300.07
LS精密化 シェル解像度: 3.401→3.489 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 149 -
Rwork0.342 6121 -
all-6270 -
obs--95.94 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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