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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lpk | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of BPTF bromodomain in complex with inhibitor HZ-03-112 | |||||||||
![]() | Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF | |||||||||
![]() | GENE REGULATION/INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Model details | Cocrystal structure of BPTF bromodomain | |||||||||
![]() | Chan, A. / Schonbrunn, E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: New Design Rules for Developing Potent Cell-Active Inhibitors of the Nucleosome Remodeling Factor (NURF) via BPTF Bromodomain Inhibition. 著者: Zahid, H. / Buchholz, C.R. / Singh, M. / Ciccone, M.F. / Chan, A. / Nithianantham, S. / Shi, K. / Aihara, H. / Fischer, M. / Schonbrunn, E. / Dos Santos, C.O. / Landry, J.W. / Pomerantz, W.C.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7lp0C ![]() 7lrkC ![]() 7lroC ![]() 7rwnC ![]() 7rwoC ![]() 7rwpC ![]() 7rwqC ![]() 7k6rS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14455.415 Da / 分子数: 2 / 断片: BPTF bromodomain (uniprot residues 2917-3037) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 and 25% polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.39→38.38 Å / Num. obs: 48967 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.43 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / Num. unique obs: 3673 / CC1/2: 0.744 / Rrim(I) all: 0.585 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7K6R 解像度: 1.39→38.38 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.35 Å2 / Biso mean: 13.5807 Å2 / Biso min: 4.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.39→38.38 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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