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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lp0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BPTF bromodomain in complex with inhibitor Pdy-3-077 | ||||||
![]() | Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF | ||||||
![]() | GENE REGULATION/INHIBITOR / BPTF / bromodomain / inhibitor / GENE REGULATION / GENE REGULATION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding ...NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | Cocrystal structure of BPTF bromodomain | ||||||
![]() | Chan, A. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: New Design Rules for Developing Potent Cell-Active Inhibitors of the Nucleosome Remodeling Factor (NURF) via BPTF Bromodomain Inhibition. 著者: Zahid, H. / Buchholz, C.R. / Singh, M. / Ciccone, M.F. / Chan, A. / Nithianantham, S. / Shi, K. / Aihara, H. / Fischer, M. / Schonbrunn, E. / Dos Santos, C.O. / Landry, J.W. / Pomerantz, W.C.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 993.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1017.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7lpkC ![]() 7lrkC ![]() 7lroC ![]() 7rwnC ![]() 7rwoC ![]() 7rwpC ![]() 7rwqC ![]() 7k6rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14455.415 Da / 分子数: 2 / 断片: BPTF bromodomain (uniprot residues 2917-3037) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.69 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 and 25% PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日 |
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03321 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→38.05 Å / Num. obs: 25204 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.7 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1843 / CC1/2: 0.672 / Rrim(I) all: 0.652 / % possible all: 91.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDBID 7K6R 解像度: 1.66→38.05 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 30.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.58 Å2 / Biso mean: 27.8499 Å2 / Biso min: 13.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.66→38.05 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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