[日本語] English
万見
- PDB-7lns: NMR solution structure of PsDef2 defensin from P. sylvestris -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lns
タイトルNMR solution structure of PsDef2 defensin from P. sylvestris
要素Defensin-2
キーワードPLANT PROTEIN / antifungal protein / antibacterial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pinus sylvestris (植物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nesmelova, I.V. / Kovaleva, V. / Hrunyk, N.I. / Yusypovych, Y.M. / Shalovylo, Y.I.
資金援助 米国, Ukraine, 2件
組織認可番号国
CRDF GlobalFSA-19-65490-0 米国
CRDF GlobalFSA-19-65491-0 Ukraine
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure, dynamics, and function of PsDef2 defensin from Pinus sylvestris.
著者: Bukhteeva, I. / Hrunyk, N.I. / Yusypovych, Y.M. / Shalovylo, Y.I. / Kovaleva, V. / Nesmelova, I.V.
履歴
登録2021年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Defensin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6461
ポリマ－5,6461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Defensin-2


分子量: 5645.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pinus sylvestris (植物) / 遺伝子: Def2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4L7R8
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-15N HSQC
141isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic13D HCACO
161isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D 1H-13C NOESY
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.8 mM [U-13C; U-15N] defensin-2, PsDef2, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: defensin-2, PsDef2 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli, Markleyデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli, Markleychemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli, Markleypeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る