PDB-7lmx: A HIGHLY SPECIFIC INHIBITOR OF INTEGRIN ALPHA-V BETA-6 WITH A DIS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lmx

タイトル

A HIGHLY SPECIFIC INHIBITOR OF INTEGRIN ALPHA-V BETA-6 WITH A DISULFIDE

要素

Integrin inhibitor

キーワード

DE NOVO PROTEIN / de novo design / inhibitor / integrin / fibrosis

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dong, X. / Bera, A.K. / Roy, A. / Shi, L. / Springer, T.A. / Baker, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: De novo design of highly selective miniprotein inhibitors of integrins αvβ6 and αvβ8.
著者: Anindya Roy / Lei Shi / Ashley Chang / Xianchi Dong / Andres Fernandez / John C Kraft / Jing Li / Viet Q Le / Rebecca Viazzo Winegar / Gerald Maxwell Cherf / Dean Slocum / P Daniel Poulson / ...
要旨: The RGD (Arg-Gly-Asp)-binding integrins αvβ6 and αvβ8 are clinically validated cancer and fibrosis targets of considerable therapeutic importance. Compounds that can discriminate between ...

履歴

登録	2021年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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CIF形式データ	7lmx_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/7lmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/7lmx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	41153C 41154C 7lmvC 8tcfC 8tcgC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrin inhibitor

B: Integrin inhibitor

C: Integrin inhibitor

25.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Integrin inhibitor

登録者が定義した集合体
8.55 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Integrin inhibitor

登録者が定義した集合体
8.55 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Integrin inhibitor

登録者が定義した集合体
8.55 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.690, 64.100, 80.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Integrin inhibitor 分子量: 8546.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.28 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tripotassium citrate, 20% PEG3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.07212 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07212 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40.69 Å / Num. obs: 20120 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 26.21 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 20060 / CC_1/2: 0.739

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc2_3793	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Design Model

解像度: 1.8→25.18 Å / SU ML: 0.282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.7408
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2618	1005	5.01 %
R_work	0.2283	19065	-
obs	0.23	20070	98.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1777	0	0	92	1869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	1813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6057	2442
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0475	273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9775	671

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.89	0.3791	142	0.3254	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.89-2.01	0.3312	143	0.2595	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.01-2.17	0.3136	142	0.2388	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.17-2.39	0.2649	143	0.2409	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.39-2.73	0.2743	141	0.2365	2696	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.73-3.44	0.2532	145	0.2283	2741	X-RAY DIFFRACTION	98.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.94671718061	1.04272859615	1.24160507783	7.61813545174	1.80013673729	4.6046295463	0.283096798284	-0.251663089429	-0.140566015028	0.996188156333	-0.153842879153	-0.161346141585	0.100412780405	0.235228117235	-0.152608103715	0.265481753098	-0.101041103461	-0.0156984487794	0.276935848744	0.0229795533377	0.168361618352	-5.66666389997	-1.87521560214	-20.4732355145
2	3.90076343341	0.0933453462275	1.05248976227	9.08217763168	-0.819894446065	7.10525448577	0.423576808339	0.0582501058276	0.128133275181	0.456389650739	-0.259499944356	-0.483155649665	0.0860435531015	0.787763915412	-0.177306279817	0.243674161055	-0.0959669840072	0.0120504637694	0.334180347126	-0.00906093190712	0.266457272791	-3.56717629762	4.33394989415	-22.4041992363
3	2.53021675071	-1.76286954958	0.282588160044	3.57613401392	2.39581159662	2.91207395142	0.52566337786	-0.647559589233	0.356577456106	1.65509405538	-0.113502213703	0.725252895988	-0.213399734319	-0.196126223054	-0.148536313769	0.609754350528	-0.114383919727	0.269857010888	0.373349405594	-0.0830832355942	0.421230202325	-14.1047440907	0.773395042705	-14.9170309478
4	2.46732754678	-0.200759892502	1.02768796078	5.40240981946	2.93796942338	2.08867283238	0.195312838273	-0.981883975256	0.899801928782	1.43820251727	0.178487470307	-0.533238068924	-0.581390218504	0.464741995014	-0.0302808393815	1.33161424988	-0.25840605883	0.0812574016431	0.448534276643	-0.225972354086	0.184354688016	-5.60338527411	2.31818181143	-11.770796325
5	3.19135871289	-1.91072355327	0.437564847139	4.1011610972	2.89469127191	3.531245366	0.764141426893	0.210614758417	0.763047455111	0.160396175863	0.143378470258	-0.0548059497592	0.437858990946	0.230786864387	-0.542579915349	0.485181499662	0.0590902359355	0.0126053399698	0.309080616378	-0.0597562710434	0.379130977887	-19.4809528857	2.20106752036	-36.1120850401
6	7.43231025806	1.50328826773	-4.0128913054	7.58429820195	-1.64393201521	6.66231334821	-0.0462242341	0.610468996485	0.297458341255	-0.974972065018	-0.195338257225	0.23121782284	-0.316880190434	-1.3949096861	0.0474873464164	0.388765107382	0.0755780521858	-0.0854202625204	0.335268065377	-0.0771794034245	0.340644060863	-29.1884993122	12.3486278584	-31.0036508176
7	4.57563965274	0.150470442027	-0.594076487056	5.15166218469	-0.646119214716	8.10498806211	-0.302812321003	0.683904546532	0.0169778445004	-1.44825321711	-0.0307683439325	0.381600239262	-0.233558799175	-0.235459109446	0.118589712002	0.581308971965	0.103340383337	-0.110177681121	0.480135159434	-0.0836185655924	0.28655339249	-25.7355943416	5.22831866202	-39.1096373035
8	7.64767834109	-1.29983698502	-1.043453411	9.35624934436	4.57226162783	2.93071001588	0.225334067716	0.301658194191	0.0633931563614	-0.642152935659	-0.330073526538	0.0543022249261	-0.0384559362093	-0.108800026525	0.0652056729516	0.314506487513	0.00124275267878	0.0498299302149	0.295567736188	-0.000451021830939	0.237473265065	-17.3983132658	9.11843586439	-30.8239654761
9	3.99161621746	-0.878191600661	-3.64157605586	7.03516157017	0.933376882565	3.4130122376	-0.286921307971	0.436238997273	0.0504430772341	-0.762692034094	0.788914092851	-0.0430248062389	0.344748811365	-0.367740118008	-0.301670015508	0.269941871052	-0.0780016698934	0.0147246514155	0.357768700491	-0.0100524396914	0.284450973147	-17.6207114355	-20.8041238485	-39.3068206639
10	5.55663632481	-0.709825941232	-2.15400737207	1.82057617651	-0.23470708849	7.29409532795	-0.0303638799667	-0.170242346003	-0.648132605988	0.079039160452	-0.282941033565	0.0754840062598	0.144534399084	0.540884416568	0.265800543894	0.146346116722	0.0168080937854	-0.00893669544377	0.213515086514	0.0210470201779	0.27778489613	-9.65777872235	-14.8638481558	-28.2970719742
11	6.55650500944	-0.532963223619	-1.22744126047	2.50784600222	-1.61630232284	7.37586548283	-0.14601617749	0.236562379236	-0.129200445525	0.00198445361919	0.109784920538	0.192620891481	0.389730990472	-0.0183834076252	0.00758952211912	0.216087910091	-0.00994437641325	0.0553625267137	0.248707534754	-0.00523573462569	0.329101625605	-12.6032129772	-19.8627563876	-36.7121544284
12	8.28421406193	0.858097770138	0.581021379773	5.08771428237	0.961285233319	5.63188851548	-0.238151285335	-0.305489122215	-0.141357899067	-0.24161960546	0.142287794688	0.325667215387	0.0319081154716	-0.947384473499	0.126116131118	0.302376601431	-0.0325712962502	0.0615526472947	0.29921691698	0.0714833525043	0.30067953222	-18.4338552192	-23.1041982425	-33.4352393444

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 28 )	A	A	0 - 28	1 - 29
2	2	chain 'A' and (resid 29 through 49 )	A	A	29 - 49	30 - 50
3	3	chain 'A' and (resid 50 through 63 )	A	A	50 - 63	51 - 64
4	4	chain 'A' and (resid 64 through 74 )	A	A	64 - 74	65 - 75
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 8 )	B	B	1 - 8	1 - 8
6	6	chain 'B' and (resid 9 through 28 )	B	B	9 - 28	9 - 28
7	7	chain 'B' and (resid 29 through 49 )	B	B	29 - 49	29 - 49
8	8	chain 'B' and (resid 50 through 73 )	B	B	50 - 73	50 - 73
9	9	chain 'C' and (resid 1 through 8 )	C	C	1 - 8	1 - 8
10	10	chain 'C' and (resid 9 through 28 )	C	C	9 - 28	9 - 28
11	11	chain 'C' and (resid 29 through 63 )	C	C	29 - 63	29 - 63
12	12	chain 'C' and (resid 64 through 74 )	C	C	64 - 74	64 - 74

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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