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- PDB-7lm0: Crystal structure of GenB3 in complex with PLP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lm0
タイトルCrystal structure of GenB3 in complex with PLP
要素C-6' aminotransferase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PLP-dependent enzyme / gentamicin / biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / C-6' aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Bury, P.S. / Huang, F. / Leadlay, P.F. / Dias, M.V.B.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15971-3 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/09188-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/00351-1 ブラジル
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of GenB4 in complex with external aldimine of PLP-sisomicin
著者: Bury, P.S. / Huang, F. / Leadlay, P.F. / Dias, M.V.B.
履歴
登録2021年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-6' aminotransferase
B: C-6' aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8735
ポリマ－98,2722
非ポリマー6003
水11,403633
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10010 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area30270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.531, 156.753, 63.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 C-6' aminotransferase / Glutamate-1-semialdehyde aminotransferase-like protein / GntJ


分子量: 49136.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: gacC, gntJ, genB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70KE4
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Sodium malonate, pH 4 and 12% (v/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→46.53 Å / Num. obs: 59080 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 353510 / Scaling rejects: 127
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.09-2.155.30.212273943280.9650.0980.234689.3
9.12-46.536.80.04651497590.9970.0190.0493797.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LLD

7lld


解像度: 2.09→31.08 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 2819 4.78 %
Rwork0.1614 56199 -
obs0.1631 59018 94.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.33 Å2 / Biso mean: 38.7879 Å2 / Biso min: 20.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→31.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6881 0 37 633 7551
Biso mean--29.67 46 -
残基数----895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9789623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581063
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2131008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.09-2.130.29171400.2232592273287
2.13-2.170.281330.20062745287895
2.17-2.210.26691430.18862769291292
2.21-2.250.23621460.18292669281593
2.25-2.30.23171290.18542722285191
2.3-2.360.26251240.17392769289393
2.36-2.420.24751350.17682774290995
2.42-2.480.2221350.17492813294895
2.48-2.550.21161310.16212844297596
2.55-2.640.19491330.1622819295295
2.64-2.730.19481260.1652838296496
2.73-2.840.22011750.17282789296495
2.84-2.970.23141400.17032866300696
2.97-3.130.20811360.16832834297095
3.13-3.320.20291010.16562908300997
3.32-3.580.19011650.15982852301798
3.58-3.940.17071540.14792891304597
3.94-4.510.16431560.13262890304698
4.51-5.670.16441610.15442869303097
5.67-31.080.18951560.16442946310298
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 77.0536 Å / Origin y: 35.5115 Å / Origin z: 19.0588 Å
111213212223313233
T0.1882 Å20.0019 Å2-0.0045 Å2-0.2449 Å20.0218 Å2--0.1848 Å2
L0.583 °20.2877 °20.0924 °2-1.5202 °20.2604 °2--0.3899 °2
S-0.0144 Å °0.0875 Å °0.0658 Å °-0.1655 Å °0.0146 Å °0.0354 Å °-0.0246 Å °-0.0068 Å °-0.0059 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 506
2X-RAY DIFFRACTION1allB5 - 450
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 657
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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