PDB-7lkj: Crystal structure of Helicobacter pylori aminofutalosine deaminas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lkj

タイトル

Crystal structure of Helicobacter pylori aminofutalosine deaminase (AFLDA)

要素

Aminofutalosine deaminase

キーワード

HYDROLASE / Aminofutalosine deaminase / AFLDA / Inhibitor / Inhibitor complex / H. pylori

機能・相同性

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase / : / Putative

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Harijan, R.K. / Feng, M. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Aminofutalosine Deaminase in the Menaquinone Pathway of Helicobacter pylori .
著者: Feng, M. / Harijan, R.K. / Harris, L.D. / Tyler, P.C. / Frohlich, R.F.G. / Brown, M. / Schramm, V.L.

履歴

登録	2021年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lkj.cif.gz	613.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lkj.ent.gz	507.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lkj_validation.pdf.gz	479.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lkj_full_validation.pdf.gz	507.3 KB	表示
XML形式データ	7lkj_validation.xml.gz	58 KB	表示
CIF形式データ	7lkj_validation.cif.gz	78.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/7lkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/7lkj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lkkC 3v7pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lkk-1 7lkk-2 7lkj-2 6foa-d 3h5c-d 4yu6-2 3v7p-1 6eje-d 3p2a-d 1g3n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Aminofutalosine deaminase

B: Aminofutalosine deaminase

C: Aminofutalosine deaminase

D: Aminofutalosine deaminase

ヘテロ分子

191 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminofutalosine deaminase

B: Aminofutalosine deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
95.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aminofutalosine deaminase

D: Aminofutalosine deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.295, 73.295, 157.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.590, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 1 through 28 or (resid 29...
2	1	(chain B and (resid 1 through 69 or resid 75...
3	1	(chain C and (resid 1 through 28 or (resid 29...
4	1	(chain D and (resid 1 through 28 or (resid 29...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ASP	ASP	(chain A and (resid 1 through 28 or (resid 29...	A	A	1 - 28	15 - 42
1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain A and (resid 1 through 28 or (resid 29...	A	A	29 - 30	43 - 44
1	3	MET	MET	ILE	ILE	(chain A and (resid 1 through 28 or (resid 29...	A	A	1 - 409	15 - 423
1	4	MET	MET	ILE	ILE	(chain A and (resid 1 through 28 or (resid 29...	A	A	1 - 409	15 - 423
1	5	MET	MET	ILE	ILE	(chain A and (resid 1 through 28 or (resid 29...	A	A	1 - 409	15 - 423
1	6	MET	MET	ILE	ILE	(chain A and (resid 1 through 28 or (resid 29...	A	A	1 - 409	15 - 423
2	1	MET	MET	GLU	GLU	(chain B and (resid 1 through 69 or resid 75...	B	B	1 - 69	15 - 83
2	2	ALA	ALA	LEU	LEU	(chain B and (resid 1 through 69 or resid 75...	B	B	75 - 112	89 - 126
2	3	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain B and (resid 1 through 69 or resid 75...	B	B	113	127
2	4	MET	MET	ILE	ILE	(chain B and (resid 1 through 69 or resid 75...	B	B	1 - 409	15 - 423
2	5	MET	MET	ILE	ILE	(chain B and (resid 1 through 69 or resid 75...	B	B	1 - 409	15 - 423
2	6	MET	MET	ILE	ILE	(chain B and (resid 1 through 69 or resid 75...	B	B	1 - 409	15 - 423
2	7	MET	MET	ILE	ILE	(chain B and (resid 1 through 69 or resid 75...	B	B	1 - 409	15 - 423
3	1	MET	MET	ASP	ASP	(chain C and (resid 1 through 28 or (resid 29...	C	C	1 - 28	15 - 42
3	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain C and (resid 1 through 28 or (resid 29...	C	C	29 - 30	43 - 44
3	3	MET	MET	ILE	ILE	(chain C and (resid 1 through 28 or (resid 29...	C	C	1 - 409	15 - 423
3	4	MET	MET	ILE	ILE	(chain C and (resid 1 through 28 or (resid 29...	C	C	1 - 409	15 - 423
3	5	MET	MET	ILE	ILE	(chain C and (resid 1 through 28 or (resid 29...	C	C	1 - 409	15 - 423
3	6	MET	MET	ILE	ILE	(chain C and (resid 1 through 28 or (resid 29...	C	C	1 - 409	15 - 423
4	1	MET	MET	ASP	ASP	(chain D and (resid 1 through 28 or (resid 29...	D	D	1 - 28	15 - 42
4	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain D and (resid 1 through 28 or (resid 29...	D	D	29 - 30	43 - 44
4	3	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 1 through 28 or (resid 29...	D	D	1 - 409	15 - 423
4	4	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 1 through 28 or (resid 29...	D	D	1 - 409	15 - 423
4	5	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 1 through 28 or (resid 29...	D	D	1 - 409	15 - 423
4	6	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 1 through 28 or (resid 29...	D	D	1 - 409	15 - 423

#1: タンパク質	Aminofutalosine deaminase / AFLDA 分子量: 47520.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: orf1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZMG8
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Sodium malonate pH 4.0 and 12% w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→155.73 Å / Num. obs: 39040 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 2.79→2.9 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4432 / CC_1/2: 0.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V7P

3v7p

解像度: 2.79→155.727 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	1997	5.12 %
R_work	0.2525	37009	-
obs	0.2543	39006	94.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.97 Å² / B_iso mean: 41.1664 Å² / B_iso min: 24.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.79→155.727 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12564	0	23	151	12738
B_iso mean	-	-	46.93	30.47	-
残基数	-	-	-	-	1615

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4744	X-RAY DIFFRACTION	1.909	TORSIONAL
1	2	B	4744	X-RAY DIFFRACTION	1.909	TORSIONAL
1	3	C	4744	X-RAY DIFFRACTION	1.909	TORSIONAL
1	4	D	4744	X-RAY DIFFRACTION	1.909	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7901-2.8598	0.3993	129	0.342	2611	94
2.8598-2.9372	0.3696	132	0.3427	2756	97
2.9372-3.0236	0.382	124	0.3281	2724	98
3.0236-3.1212	0.4228	142	0.3138	2700	97
3.1212-3.2328	0.3282	138	0.2881	2761	98
3.2328-3.3622	0.3552	160	0.2719	2748	98
3.3622-3.5152	0.2963	117	0.2645	1966	71
3.5152-3.7006	0.3231	114	0.2482	2381	84
3.7006-3.9325	0.2627	164	0.2395	2392	87
3.9325-4.2361	0.2718	170	0.22	2765	99
4.2361-4.6624	0.241	153	0.2183	2722	97
4.6624-5.3371	0.2547	167	0.2117	2788	99
5.3371-6.7243	0.287	134	0.2508	2845	99
6.7243-155.727	0.2258	153	0.223	2850	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.2035 Å / Origin y: 24.2803 Å / Origin z: 38.9466 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2333 Å²	-0.0177 Å²	-0.051 Å²	-	0.2519 Å²	-0.0081 Å²	-	-	0.5177 Å²
L	0.0073 °²	-0.0908 °²	-0.036 °²	-	-0.043 °²	0.0431 °²	-	-	0.241 °²
S	-0.0034 Å °	-0.038 Å °	0.0127 Å °	-0.0235 Å °	-0.0074 Å °	0.0036 Å °	-0.0018 Å °	-0.0092 Å °	0.0165 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 409
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 409
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 409
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 409
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	W	1 - 151
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 3
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	501 - 901

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関連情報:EMDBヘッダ

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