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万見
- PDB-7lkc: Crystal Structure of Keratinimicin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lkc
タイトルCrystal Structure of Keratinimicin A
要素Keratinimicin A peptide moiety
キーワードANTIBIOTIC / Glycopeptide / ACTINOMYCETE / BIOSYNTHESIS
機能・相同性FORMIC ACID / alpha-D-mannopyranose / Chem-YBJ
機能・相同性情報
生物種Amycolatopsis keratiniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / AB_INITIO / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Davis, K.M. / Jeffrey, P.D. / Seyedsayamdost, M.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129496 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)4R00GM129460 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Potent and specific antibiotic combination therapy against Clostridioides difficile.
著者: Chioti, V.T. / McWhorter, K.L. / Blue, T.C. / Li, Y. / Xu, F. / Jeffrey, P.D. / Davis, K.M. / Seyedsayamdost, M.R.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Keratinimicin A peptide moiety
B: Keratinimicin A peptide moiety
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,87311
ポリマ－2,4102
非ポリマー1,4639
水97354
1
A: Keratinimicin A peptide moiety
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9546
ポリマ－1,2051
非ポリマー7495
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Keratinimicin A peptide moiety
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9195
ポリマ－1,2051
非ポリマー7144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)20.720, 32.251, 37.941
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質・ペプチド Keratinimicin A peptide moiety


分子量: 1205.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Amycolatopsis keratiniphila (バクテリア)

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
LRhapa1-2DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-L-Rhap]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 59分子

#4: 化合物 ChemComp-YBJ / (2~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-4-azanyl-5-methoxy-6-methyl-oxan-2-ol / L-actinosamine


分子量: 161.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H15NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.5), 2 M sodium formate, and 10 mM L-proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.61992 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.61992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→20.72 Å / Num. obs: 19493 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 157929 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
0.9-0.921.68459039200.4570.7121.8350.998.3
4.93-20.720.0319831540.9980.0140.03547.298.4

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位相決定

位相決定手法: AB_INITIO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.17-3644精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95→18.97 Å / SU ML: 0.0871 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.4574
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1681 806 4.93 %
Rwork0.1543 15534 -
obs0.155 16340 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→18.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数254 0 7 54 315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0109284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8459394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.811723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.95-1.010.24881330.24572429X-RAY DIFFRACTION94.43
1.01-1.090.18461290.16782518X-RAY DIFFRACTION97.1
1.09-1.20.13051090.13462607X-RAY DIFFRACTION99.02
1.2-1.370.17711430.13212586X-RAY DIFFRACTION99.6
1.37-1.730.16851460.16312645X-RAY DIFFRACTION99.82
1.73-18.970.16421460.15212749X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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