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- PDB-7lk3: Crystal structure of untwinned human GABARAPL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lk3
タイトルCrystal structure of untwinned human GABARAPL2
要素Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / autophagy / autophagosome / atg8 family / ubiquitin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to endoplasmic reticulum / GABA receptor binding / positive regulation of ATP-dependent activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Macroautophagy / autophagosome membrane ...negative regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to endoplasmic reticulum / GABA receptor binding / positive regulation of ATP-dependent activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / autophagosome maturation / beta-tubulin binding / mitophagy / autophagosome / SNARE binding / autophagy / protein transport / ATPase binding / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / Golgi membrane / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Scicluna, K. / Dewson, G. / Czabotar, P.E. / Birkinshaw, R.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: A new crystal form of GABARAPL2.
著者: Scicluna, K. / Dewson, G. / Czabotar, P.E. / Birkinshaw, R.W.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1293
ポリマ－28,0662
非ポリマー621
水2,666148
1
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0331
ポリマ－14,0331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0952
ポリマ－14,0331
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.402, 58.700, 67.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2 / GABA(A) receptor-associated protein-like 2 / Ganglioside expression factor 2 / GEF-2 / General ...GABA(A) receptor-associated protein-like 2 / Ganglioside expression factor 2 / GEF-2 / General protein transport factor p16 / Golgi-associated ATPase enhancer of 16 kDa / GATE-16 / MAP1 light chain 3-related protein


分子量: 14033.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAPL2, FLC3A, GEF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60520
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M KBr, 30% (w/v) PEG monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.65 Å / Num. obs: 17461 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.9293 / Net I/σ(I): 14.55
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.9177 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1693 / CC1/2: 0.806 / CC star: 0.945 / Rrim(I) all: 0.9881 / % possible all: 99.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4co7

4co7


解像度: 1.9→33.65 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 1764 -
Rwork0.1958 15741 -
obs-17445 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.48 Å2 / Biso mean: 32.7152 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→33.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1938 0 10 148 2096
Biso mean--45.32 35.86 -
残基数----236
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.950.34131360.30351155129198
1.95-2.010.31381480.254911991347100
2.01-2.070.29381150.23811205132098
2.07-2.140.26221340.217412031337100
2.14-2.230.26961440.22961192133699
2.23-2.330.29661210.21312391360100
2.33-2.450.26781420.21331176131899
2.45-2.610.23331310.21161242137399
2.61-2.810.23241370.213712191356100
2.81-3.090.26951410.21112131354100
3.09-3.540.2151350.185112241359100
3.54-4.460.17551360.159512151351100
4.46-44.230.19521440.180112591403100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.81412.4109-1.00984.35230.87613.63880.1183-1.0537-0.37280.9415-0.1504-0.42020.3835-0.0884-0.12550.46360.0044-0.05840.29080.02690.2876-2.3423-12.9496-23.521
22.78371.23010.20142.73130.72053.79460.0743-0.05030.0109-0.02740.04060.04560.1871-0.2626-0.0150.1766-0.01-0.00090.1915-0.01690.2692-9.3347-7.7098-34.4169
32.0738-0.5775-0.46789.37622.17474.58940.0803-0.979-0.26711.0582-0.0188-0.2410.74750.0735-0.1780.3060.0087-0.00620.4663-0.02020.2348-0.2992-0.4806-17.7446
41.86770.38860.37614.49521.8623.388-0.07690.010.0682-0.24640.0646-0.3189-0.1810.10410.02280.1574-0.02360.02710.1864-0.0210.32810.75194.4184-30.1215
51.86861.67330.38622.60470.66481.04280.00260.0177-0.2375-0.09590.194-0.40450.12760.3721-0.12420.16170.02250.01030.2381-0.04080.27454.3109-4.7101-28.2272
68.21935.922-0.43614.7198-0.36773.81180.3407-0.57730.89641.0365-0.07220.55780.12630.0721-0.27680.44770.01550.06880.2506-0.01910.4379-7.337313.984110.1503
72.26621.054-0.41484.8443-0.9524.44520.05490.14440.2467-0.26020.04290.0393-0.08880.0026-0.09550.18-0.00610.02150.19560.02350.2337-0.02249.2275-0.863
82.74080.381-1.19363.9189-1.64924.3916-0.1226-0.001-0.4152-0.0849-0.0136-0.1430.04060.03210.13420.1546-0.0044-0.00180.2327-0.01320.3741-8.2053-3.50188.902
93.31411.1739-2.08343.6279-0.23084.3439-0.14491.00380.1261-0.79020.32411.1285-0.1389-0.6126-0.00110.3619-0.0779-0.15010.40690.01680.4313-13.87991.6281-3.4038
103.85780.00110.17121.32450.52680.21880.09430.37610.26980.06920.20820.4102-0.1681-0.4322-0.17440.18810.0495-0.01860.26850.04390.3087-13.7185.93855.0321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 10 )A0 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 35 )A11 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 47 )A36 - 47
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 48 through 98 )A48 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 99 through 117 )A99 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 10 )B0 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 11 through 35 )B11 - 35
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 36 through 79 )B36 - 79
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 80 through 98 )B80 - 98
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 99 through 117 )B99 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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