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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ljk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the deacylation deficient KPC-2 F72Y mutant | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / KPC / Carbapenemase / Beta-lactamase / Antibiotic Resistance / Enzyme / Beta-lactam / antibiotics | ||||||
機能・相同性 | Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / beta-lactam antibiotic catabolic process / Beta-lactamase/transpeptidase-like / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / beta-lactamase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Furey, I. / Palzkill, T. / Sankaran, B. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Local interactions with the Glu166 base and the conformation of an active site loop play key roles in carbapenem hydrolysis by the KPC-2 beta-lactamase. 著者: Furey, I.M. / Mehta, S.C. / Sankaran, B. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T. #1: ![]() タイトル: Strategic Approaches to Overcome Resistance against Gram-Negative Pathogens Using Beta-Lactamase Inhibitors and Beta-Lactam Enhancers: Activity of Three Novel Diazabicyclooctanes WCK ...タイトル: Strategic Approaches to Overcome Resistance against Gram-Negative Pathogens Using Beta-Lactamase Inhibitors and Beta-Lactam Enhancers: Activity of Three Novel Diazabicyclooctanes WCK 5153, Zidebactam (WCK 5107), and WCK 4234. 著者: Papp-Wallace, K.M. / Nguyen, N.Q. / Jacobs, M.R. / Bethel, C.R. / Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bajaksouzian, S. / Rudin, S.D. / Rather, P.N. / Bhavsar, S. / Ravikumar, T. / Deshpande, P.K. / ...著者: Papp-Wallace, K.M. / Nguyen, N.Q. / Jacobs, M.R. / Bethel, C.R. / Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bajaksouzian, S. / Rudin, S.D. / Rather, P.N. / Bhavsar, S. / Ravikumar, T. / Deshpande, P.K. / Patil, V. / Yeole, R. / Bhagwat, S.S. / Patel, M.V. / van den Akker, F. / Bonomo, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 259.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28008.506 Da / 分子数: 2 / 変異: F72Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: KPC-2, bla, bla_1, bla_4, blaKPC, blaKPC-2, kpc2, B4U25_43300, BANRA_05566, C2U49_28140, C3F39_16210, C3F39_28515, C3F39_28975, C4Y50_021815, CK508_026140, DM059_13800, DM060_30440, DM078_ ...遺伝子: KPC-2, bla, bla_1, bla_4, blaKPC, blaKPC-2, kpc2, B4U25_43300, BANRA_05566, C2U49_28140, C3F39_16210, C3F39_28515, C3F39_28975, C4Y50_021815, CK508_026140, DM059_13800, DM060_30440, DM078_27040, DN589_26110, EAO17_31575, FKC87_27985, GF489_24625, GS419_28405, IPF_358, KP64477d_00006, KPC_069, p628KPC_020, pCRE79_15, pCT-KPC_129, pFOS18_014, pkp469IL_0095, pkp53il_00095, SAMEA3649709_04840, SAMEA3649772_05181, UC330_005, UC332_005, UC334_005 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25% PEG 8,000, 0.1M KsCN, 0.1M Sodium Acetate pH:4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→37.15 Å / Num. obs: 32888 / % possible obs: 88.88 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 6.99 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.05725 / Net I/σ(I): 10.84 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.875 Å / Num. unique obs: 3244 / CC1/2: 0.8763 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3C5A 解像度: 1.81→37.15 Å / SU ML: 0.1465 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.4234 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→37.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.5512149977 Å / Origin y: 13.6164919473 Å / Origin z: 8.93250055521 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |